話説清朝嘉慶年間，江蘇山陽縣發生一樁因查賑而引發的命案，死者名叫李毓昌。殊不知，此因案情複雜、審理周折、涉及面廣、人犯之多而震動朝野，與刺馬案、楊乃武案、楊月樓案合稱為清代四大奇案。
李毓昌，字言皋，山東即墨人，嘉慶十三年進士，分發江南，以知縣候補。嘉慶十四年，李毓昌奉兩江總督鐵保委任，前往山陽縣（今淮安縣）查勘賑災款發放事宜。
山陽知縣王伸漢為人貪婪，還是個趨炎附勢、見利忘義之徒。朝廷發放的賑災銀子，大部分進了他的腰包，根本沒有施捨於民。
李毓昌等一行查賑大員突然來到山陽縣，王伸漢唯恐吞賑之事敗露，到那時不但頂戴花翎不保，就連項上人頭也難保。為了堵住李毓昌一行人的嘴，他不惜重金賄賂。
李毓昌為人耿直，不肯受賄。為了避嫌，他不住王伸漢為之安排的縣衙公館，而是住進了城郊一座善緣庵。
王伸漢惶惶不可終日，召集幕僚，讓幕僚為其出謀劃策，不管用什麼方法也要堵住李毓昌之口。王伸漢有個跟班僕役，名叫包祥，也怕主人因此而丟官獲罪。於是向王伸漢密陳，原為主人效犬馬之勞。
隨後，包祥設法拉攏到李毓昌的僕人李祥，許以重金，要李祥想法離間李毓昌身邊之人，並向李毓昌許諾，只要李毓昌不再查下去，便將贓款的半數孝敬。
李毓昌再次拒絕，執意要將查到的結果上報兩江總督鐵保。王伸漢為求活命，只能狗急跳牆，決定透過包祥買通李祥等李毓昌身邊之人，殺人滅口，以絕後患。
這天，王伸漢依照官場規例，在縣衙為李毓昌設宴餞行，飲酒至天黑方散。李毓昌回到住處，口渴難耐，連命進茶。李祥與同夥趁機將事先準備好的毒藥摻入茶水中奉上，李毓昌喝飽了水，正待就寢之時，突然腹中劇烈疼痛，不由大聲呼救。
包祥、李祥、顧祥、馬連升四人早在暗中窺伺，本以為李毓昌中毒後會立即死去，沒想到李毓昌居然大聲呼救，於是四人合力，用一條腰帶將李毓昌勒斃，而後將屍體懸掛在房樑上，製造李毓昌自縊身亡的假象，搜出所有查賑清單等物品，由包祥帶回去交由王伸漢過目之後全部銷燬。
天明，李祥與顧祥、馬連升佯裝驚慌奔赴縣衙，申報主子於子夜間自縊身亡。王伸漢隨即帶人去查驗，以確保李毓昌真的已經死掉後，以“確為自縊”報告淮安府知府王轂。
朝廷命官在查賑期間自縊身亡，這不是一件小事，王轂多次收到過王伸漢的孝敬，不用明説，他也已經明白這其中的端倪。但仍舊依照規例，派檢驗吏前往山陽縣複查此事。
檢驗吏回稟，死者嘴角有血跡，似乎遭人毆打所致。王轂勃然大怒，斥其妄言生事，重打二十板子。檢驗吏只得以自縊報告，接着王轂層層上報，各級衙門全部以自縊身亡定案。
李毓昌的叔父李太清獲悉侄子自縊身亡之後，與親戚沈某前往山陽迎喪。王伸漢親自迎接，並且贈銀百兩作為盤纏，還殷殷囑告：“天氣炎熱，就讓死者早些入土為安吧。”
李太清知道李毓昌身邊有幾個貼身僕人，如今主人的葬禮還沒有辦，僕人卻不見了蹤影，問詢王伸漢可知道李毓昌身邊的僕人去向，王伸漢説：“主死僕散，乃是常理，各投生計，不知去向。”
既如此，李太清也便不再多問，只想着把侄子的遺物整理一下，帶着棺柩回老家安葬。就在李太清為侄子整理遺物時，突然在一冊書籍中發現半截殘稿，上寫：“山陽縣冒賑，以利啖毓昌，毓昌不敢受，恐上負天子……”
李太清一看這些字跡，心中不禁翻騰，這半截殘稿一定是侄子未成文稿，作為書籤之用，沒想到居然讓叔父看到，這難道不是天意安排麼？
李太清儘管心如刀絞，但沒有絲毫聲張，他知道這裏是王伸漢的地盤，自己倘若有一句話説漏嘴，便要招來殺身之禍。於是辭別王伸漢，拉着棺柩回到原籍後，立即找人重新驗屍。
李毓昌的屍體並未腐壞，面現青色，以銀針刺試，針尖變黑，顯然是中毒所致，另外在李毓昌所穿長衫之上，發現一片黑血。
李太清隨即到即墨縣申訴，但即墨縣令卻以證據不足為由，拒絕受理此案。李太清又向東昌府申訴，仍不予受理。先後去了很多地方，全都駁回，並威脅李太清不可將此事鬧大，否則招惹禍端。
李太清不懼威脅，居然躲過每天盯着他的眼線，幾番周折來到京師都察院擊鼓鳴冤告御狀。都察院受理此案，命令濟南府派兵丁將李毓昌的棺柩運往濟南，巡撫吉綸、濟南知府、歷城知縣、佈政、按察兩司以及刑部派來的檢驗吏均臨現場，開棺驗屍。
但此時屍體已經腐壞，只能用蒸骨之法檢驗。三名檢驗吏全部驗過之後，得出一致結果：“兩鎖子骨、肋骨全黑，餘骨未全變色，委系中毒後，又以人力致死。”
經三司會審之後，將檢驗結果上奏嘉慶帝。嘉慶帝龍顏大怒，要求刑部必須徹查此案。不出一個月，案件大白於天下，嘉慶帝親自下詔，將王伸漢、包祥斬立決，李祥、顧祥、馬連升凌遲寸磔，取出心肝祭奠主人。淮安府知府王轂與幕僚八人處以絞刑。所有牽涉此案，予以包庇的官吏，全部革除並分別處以徒刑、流放、杖責。兩江總督鐵保懈怠失察，革職後充軍烏魯木齊。另有巡撫汪日章、布政使楊護，按察使胡克家等四十餘朝廷官吏全部革職，大部分罰到河工擔當苦力，少部分流放關外。
嘉慶帝追贈李毓昌知府，其事蹟由翰林院記載，列入《循吏傳》。另有嘉慶帝親筆書寫《憫忠詩》三十韻，豎立御詩碑立於李毓昌墓前，以示旌表。
不止如此，李毓昌的繼子李希佐欽賜舉人，叔父李太清欽賜武舉人。對於李毓昌來説，家族成員能得到這樣的厚待，算是死後哀榮了。