萬曆皇帝確實三十年不上朝，但是他並非不理政。他其實一直在理政，只是不和大臣們直接見面而已。
萬曆皇帝不和大臣們見面的理政方式，為什麼能夠牢牢地把控朝廷，而不被羣臣架空而失位呢？
第一，萬曆皇帝有很高的威望。
萬曆皇帝在前十年的時間裏，依靠張居正，勵精圖治。革除積弊，不但整頓了吏治，而且通過“一條鞭法”，促進了經濟的發展。其作為，與正德、嘉靖兩朝形成鮮明的對比，他作為一個賢明君王的形象，深入人心，讓他具有崇高的威望。
除此以外，他還通過兩次運動，把朝廷中的政治寡頭消滅殆盡。第一輪他消滅了高拱和高儀。高拱、高儀及張居正是他爹明穆宗給他選的三個輔政大臣。他上台以後，利用外臣張居正以及內臣馮保（掌印太監），扳倒高拱、高儀兩人。接着，他依靠張居正和馮保實現了經濟復甦和政治清明。但張居正去世後，也就是在他當皇帝第十年的時候，他不但清算了張居正，對他實行抄家。同時還對馮保實行抄家，貶謫馮保。這樣，他在這一年裏，第二輪消滅了另外兩個政治寡頭。
通過這兩輪的消滅，萬曆皇帝的威望到了空前絕後的地步，無人再敢與他爭鋒。
第二，萬曆皇帝有多種制衡羣臣的手段。
這個手段，其實是從朱元璋開始就設置好的一種政治模式。這種政治模式確保了明朝後期，雖然皇帝多不成器，明朝江山依然屹立不倒。
這種政治模式，就是朝廷內外，沒有一個人做大。一是因為後宮都選自民間，外戚沒有根基，無法專權。二是取消宰相職位，只設置內閣。而“內閣”一詞，顧名思義，就是在皇帝家裏，幫皇帝傳話跑腿的意思。內閣根本就無法變成權臣。三是立鐵牌不許宦官干政。朱元璋是立了鐵牌子，不許宦官干政的。不過後來，王振把這塊牌子給取了。但雖然取了，宦官依然受極大制約，無法走上外廷。走不到外廷，就無法干政。四是明朝設置“廠位制度”。可以説，這是朱元璋跟着武則天學的。設置了“廠位制度”，對百官進行着有效的監督。這樣，皇帝不管呆在那裏，對百官的情況都瞭如指掌，因此，即便不上朝，也無所謂。
（當然了，朱元璋這種政治模式，也有一個很大的壞處，就是朝廷朋黨之爭非常嚴厲。可以説，最終明朝打不贏農民起義軍，打不贏清軍，與明朝大臣們互相扯皮不團結，有很大的關係。）
第三，萬曆皇帝一直沒有立太子。
萬曆皇帝不上朝，與他爺爺一樣，都是因為立太子的問題，和羣臣發生了很大的矛盾。但不管怎麼説，因為沒有立太子，這就讓羣臣們即便不滿意皇帝，想要造反，也找不到主心骨。
這可以從正反兩個方面舉例來看。
一是唐玄宗也是早年勵精圖治，晚年荒淫亂政，安史之亂爆發後，唐玄宗為什麼丟了皇位，因為大家擁立太子李亨為帝。當大家有李亨這個皇帝以後，就不在乎唐玄宗了。二是康熙皇帝兩廢太子後，為什麼直到去世，都沒有再立太子？就是因為他一旦立了太子，就有大臣和太子勾結，謀取他的皇位。所以，康熙雖然晚年怠政，但依然牢牢控制着朝廷。
第四，萬曆皇帝不上朝，反而減少了和大臣們討論的麻煩。
明朝的朝廷，大臣皇帝常常因為對事情有不同看法，爭執不休。但是，當萬曆皇帝不上朝以後，大臣們就沒辦法和他討論了，他只需要直接發佈命令就可以了。同意，還是不同意，直接命令。大臣們對他的話有意見，但是見不到他本人，也沒辦法爭執，只好執行。久而久之，大臣們就形成了聽從他意見的慣性。
第五，萬曆皇帝牢牢把控着軍隊。
這是萬曆皇帝的根本。萬曆雖然不上朝，但是他還利用軍隊完成了“萬曆三大徵”，可見其對軍隊的控制能力。正因為他牢牢把控着軍隊，因此，那些大臣們想要做大，完全是不可能的。
（參考資料：《明史》《明實錄》）