成化即位後的第二年，德高望重的首輔李賢卒，偏偏這時候，廣西、湖廣、四川等地爆發了民變。這對於新君來説不能不説是一種考驗，況且還是在首輔肱股大臣去世的狀況下。成化朝，除了內地民變，北疆邊患也日益嚴重，成化自身雖然並不知兵，但好在有自知之明，依賴大臣能吏，取得了一定的效果，在某些人員的任用上，還是做到了知人善任，疑人不用。
滿俊之亂
1
就在成化君臣對南方用兵的時候，陝西爆發了土達滿俊作亂。“土達”意思就是居住在明朝境內的蒙古人，其中精壯者編入軍隊，稱為“達軍”，在平定南方的戰鬥中，都有“達軍”的身影。
陝西的開城、固原等地，歷史上多是少數民族政權的轄區，滿俊在這一地區，敲詐過往客商，但是明軍的參將劉清、指揮馬傑不僅不想着制止，反而向滿俊威逼利誘，進行索賄，導致滿俊的不滿。
北邊形勢圖
恰巧在這時，致仕都督張泰的牧場被搶劫走千頭牛羊，張泰懷疑是一個叫張把腰的土達所為，就把這事上報到陝西右副都御使陳價、陝西按察僉事蘇燮處。陳蘇二人是南方人，才幹還不錯，但在這件事情上，沒有經過調查，就拘捕了張把腰，並且嚴刑拷打。
張把腰禁不住大刑，就胡亂誣告滿俊是同謀。陳蘇二人就派滿俊的侄兒滿璹（時任平涼衞指揮）引二十餘騎，以張把腰為嚮導，前去捉拿滿俊。滿俊挾持自己的侄兒，殺死隨從，與張把腰一起，在搶劫了當地苑馬寺的馬匹後，逃到固原西北一百多里的石城，與官軍對抗。
石城距離蒙古韃靼部的活動區域很近，雙方一旦取得聯繫，後果不堪設想。成化高度重視，他任命陝西鎮守太監劉祥同總兵宮寧遠伯任壽、巡撫陳價等根據情勢，就近制定剿撫政策，但對於首惡，成化卻要求務必擒獲。
就在成化這道旨意剛剛發出，就接到了明軍失利的消息。在滿俊叛亂的半個月後，寧夏總兵官吳琮、參將劉清的部隊由於距離石城較近，所以最先到達戰場，滿俊請降，吳琮倒是識破了滿俊的詐降，但由於明軍是入夜至石城，立足未穩而且比較疲憊，完全可以圍而不打，等陝西、延綏的兵馬到後，合力攻擊石城。
吳琮卻輕敵冒進，滿俊以逸待勞，這時候明軍的指揮邢端竟然臨陣脱逃，導致明軍大敗。這一戰，滿俊名聲大躁，附近少數民族紛紛歸附，眼看就成燎原之勢。
成化接到戰報，命陝西巡按御史將邢端逮捕問罪，任壽、陳價等人一律停俸，戴罪立功。相應的，成化也做出了調整，依舊命令陝西鎮守太監劉祥監督軍務，調陝西右副都御使項忠總督軍務，都督同知劉玉為輔。
項忠就之前平定了荊襄流民，此時還在陝西，他在任上，曾經招撫叛亂的羌人，開龍首渠解決西安居民的飲水問題，疏通鄭國渠和白渠，使周邊州縣的農田得到灌溉，因此，他在陝西威望很高。
這時候，陳價、任壽還有吳琮等人聽聞項忠總督軍務，怕失去戴罪立功的機會，再次進攻石城，反而遭到更大的失敗，兩位都指揮蔣泰、申登戰死。
這個消息傳到京城，兵部尚書白圭上疏成化，要求派五千京營將士前去助陣，成化向內閣問詢，內閣大學士商輅等人卻認為，既然已經任命項忠總督軍務，就應該疑人不用，京營前去，怕生出另外事端。
此時，項忠也上疏，認為朝廷派一大將領兵過來，不容易統一指揮。項忠自己招募義勇士兵兩萬多人，而且鑑於初冬已至，滿俊可能渡河遠遁的情況，他於九月十九向石城進軍，他的策略：“斷其水源、燒其糧草、扼其要路、招其協從”，內閣大學士商輅等人深表贊同，但旋即就接到伏羌伯毛忠戰死的消息。
毛忠在永樂年間就已經嶄露頭角，從一個永昌百户積功成為左都督封伯。但項忠卻隻字不提，只提官軍斬獲，頗有些“屢敗屢戰”的韌性，這倒有點像後世的曾文正公。
項忠為防萬一，向成化上疏，雖然滿俊已經是困獸，但仍有兩萬人，如果滿俊乘黃河冰凍，集中兵力，朝一個方向突圍，恐怕不能抵擋，請名將撫寧侯朱永帶精鋭前來助戰，兵部尚書白圭顧不得項忠的出爾反爾，再次主張京營助戰，內閣中，商輅卻不想對項忠有所牽制。成化帝綜合兩方意見，命遊擊將軍許寧率兵三千助戰。
在這時，有星孛於台鬥，欽天監郎蓓林上疏説于軍不利，這讓前線的士兵心理受到了影響。項忠在此時，不屈不撓堅韌的品性再次顯現，他駁斥了這種無聊説法，並且舉了唐德宗年間，李晟擊潰朱泚為例（當時也有人説天象不利進兵），一句“天道不違人意”擲地有聲。
他選舉鋭卒加緊了對石城的攻擊，並且切斷了石城到黃河的道路，在許寧兵馬調動的第六日，項忠攻下了石城。
項忠不僅堅韌，還負責到底，在戰後不忘記善後事宜，他提議在固原州添立一衞，在西安廢城增加一所，至於兵源，項忠提議由經過自己訓練的湖廣三千逃軍充任，二千充固原，一千充西安，並且舉薦陝西都指揮僉事樊盛才戍守固原（樊因為與西安的秦王府聯姻，所以只能在三百里的固原任職）。從此，固原成為明軍重鎮。
此戰結束後，滿俊被凌遲處死，任壽、陳價被斬，劉清被判斬監侯，奇葩的是，對滿俊叛亂負有責任的另一位指揮使馬傑未受任何處罰。
圖謀河套
2
土達畢竟不如真正有組織的蒙古人麻煩。在成化朝，也先被阿喇知院所殺，瓦剌就此衰落。韃靼卻強盛起來，韃靼當時還達不到像瓦剌那樣的統一形勢，各部互為雄長，不相統屬。
河套衞星圖
在天順時期，韃靼阿羅出部到了河套地區，接着孛來、毛裏孩也先後到此，所以河套成了韃靼的越冬之地。本來，河套地區在歷史上一直是中原漢族政權與北方遊牧民族反覆拉鋸的地方，此地在當時，生態很好，適耕適牧，所以韃靼到此盤桓後就不再離去，在當時被稱為“套虜”，韃靼到河套後，直接使明朝的邊鎮暴露在韃靼面前，像滿俊這些“土達”的叛亂很大一部分也是藉着韃靼的聲勢。
天順八年，分守延綏西路的都指揮同知房能上疏建議：“胡寇”深入，搶截道路，傷害人畜，應該早作佈署，防止養成邊患。為此，他還提出以下措施：
“
一、集中兵力、主動進攻。房能舉薦久在邊鎮的都督張泰、寧夏鎮守太監王清總制三邊，巡撫徐廷章贊理軍務，房能自己甘願受節制。趁着初春河水解凍、草木枯萎，統領鋭卒，找好向導，搜尋套虜巢穴，各路並進，一舉殲滅。
二、廣俢營堡，鞏固邊防。他認為陝西前線營堡設置不合理，一旦有事，不容易聯絡，所以提議增加營堡，扼守要衝，方便互通消息。
三、配置火器，裝備邊軍。他強烈要求兵部將列為保密武器的火器與窩弓華城圖樣，讓邊軍仿造，配備使用。
”
成化帝接到奏疏，頗感興趣，但此時套虜犯邊不嚴重，況且朝廷正在對大藤峽用兵，事有輕重緩急，所以成化暫時沒有對奏疏做出批覆。但後來，韃靼各部犯邊均以河套為基地，使得成化君臣不得不重新重視。
成化二年，大學士李賢再次提議收復河套，但李賢也指出，套虜“軍進則退，軍退則進”，必須採取一勞永逸的辦法。
成化帝便讓兵部討論，兵部尚書王復贊成收復河套，但必須有一名得力的戰將領兵，他舉薦鎮守大同總兵官彰武侯楊信。
楊信此人，有過運送糧餉時，聽見號炮拔馬而逃的衰舉，也有過在陣前單騎擒獲韃靼武將的壯舉。楊信與兵部官員商議後，從穩妥的角度考慮，還是集中重兵，在毛裏孩犯邊時，進行了被動的抵抗。
李賢上書後，兵部給事中程萬里也上書，他指出：
“
河套離邊鎮較近，兵馬不用勞師遠征；毛裏孩志得意滿，在吞併其他部落時已經兵疲馬乏；套虜散居各地，便於各個擊破。他還建議使用唐朝李靖進攻西突厥的戰法，選一驍將，查出毛裏孩巢穴，擒賊擒王。在奏疏最後，他提醒成化，是戰是守，應該早定，不能耽誤於案牘勞形，公文瑣事中。
”
成化依舊將程萬里的奏疏交給時任兵部尚書的白圭，白圭在數次成化朝用兵的時候，都是決策者，頗有能力。作為經歷過土木堡之變的他，雖然主張收復河套，但此時條件不成熟，所以仍舊建議嚴加防範。
成化六年，白圭收到諜報，在河套的斡失帖木尓（此人本是漢人）與阿羅出部不和，斡失帖木尓想歸附明朝，套虜內訌，白圭便主張趁此機會，收復河套。
成化命京營統帥撫寧侯朱永為帥，都督劉玉、劉聚為左右副總兵，遠征河套。劉玉本是宦官曹吉祥帳下死士，跟隨項忠平定滿俊時，出力最多；劉聚也是宦官劉永成的侄子，劉永成跟隨成祖擊敗兀良哈，作為甘、涼二州的鎮守太監，轉戰大漠，連一般的武將也佩服不已。劉聚在北京保衞戰中，與也先血戰西直門，戰功卓著。
明軍出征圖
從這個出征陣容，可見成化的期望，成化甚至給予了朱永獨斷專行、調動陝西地方軍隊的權力。朱永等到達前線後，並未主動“搜套”，而是在阿羅出犯邊後，打了幾場遭遇戰，阿羅出見明軍主力勢大，只好退去。
朱永給成化的戰報一方面説明軍進行了死戰，雖然戰果不太顯著；另一方面闡明瞭搜套的困難，明軍雖然死戰，但代價沉重，明軍傷兩千多人，亡五百多人，才殺死韃靼兩百多人，俘虜了十一人。
在朱永看來，既然套虜已被擊退，自己也該返回京城了。成化帝對於明軍與韃靼的戰鬥力想必很瞭解，既重賞了出征將士，朱永的撫寧侯還得以世襲；又對朱永着急返京不滿，命令他暫駐榆林。由此可見，成化帝對於收復河套決心很大。
兵部侍郎葉盛前往陝西，與陝西地方官馬文升、餘子俊、徐廷章、王越等人商議戰事，葉盛到邊關後，卻頓感搜套的困難，時無良將，前線戰事徒費錢糧，因此主張堅守。
成化派他來陝西本來是為堅定諸將搜套的決心的，但他的主張卻是如此，不禁讓白圭大為惱火。但是，葉盛也不算尸位素餐，他親臨前線，詳細考察了韃靼數次進兵路線，給邊關提出了一系列積極的防禦措施。
葉盛與王越回到京城，白圭否決了葉盛堅守為上、攻戰次之的策略，他認為韃靼數次內犯，給邊關造成了很大的破壞，只有痛擊才能遏制。
以往因為缺少一位能夠統一指揮前線部隊的將官，才沒能成功。兵部建議派一位威望較高的武將，佩將軍印綬，與王越一同回到前線，總制前線所有將官，責其成功。
以撫寧侯朱永的威望還沒有成功，數來數去只能派在大藤峽有戰功的武靖侯趙輔前去了。趙輔的軍事能力還不如朱永，他和王越到了前線，就上疏説和套虜打了幾次遭遇戰，雖然將套虜趕出，但搜套的計劃難以實施，要是有精兵十五萬，方能成功。
趙輔低估了白圭的能力，白圭一眼看出趙輔戰報的虛假，大加鞭撻。再加上，邊關傳言，有個套虜單人匹馬驅趕人畜數千，兵部廷議幾乎就是對趙輔的聲討，成化帝責令趙輔另上方略，但趙輔依舊是陳詞濫調，兵部主張將趙輔逮捕治罪。
成化帝當然不滿趙輔，卻也冷靜，派兵部給事中郭鏜去前線考察真實情況。郭鏜也算不辱使命，深入前線，諮詢邊民，造訪將士，連上三道奏疏，陳述真實情況：
“
毛裏孩等人在兩個月的時間內，劫掠四千多户，殺人畜三十六萬四千有餘，除都督同知魯鑑出兵抵抗外，其餘守將均閉門自守，雙方無任何接觸。此後，毛裏孩入侵慶陽時，趙輔等人已經到了榆林，卻逗留延綏，不到前線指揮，前線諸將也以得不到主帥號令為由，不行抵抗。郭鏜主張，將趙輔、王越下獄治罪。
”
趙輔雖是武將，卻善於雄辯，文章也寫得不錯，故與朝廷文官都有交情，再加上他行軍打仗，喜好收藏，結交內侍卻不吝嗇，所以最後只受到罰俸兩百石，逗比的趙輔還發牢騷，説自己本來就窮，這下無法生活了。
至於王越，更加傳奇，當初考進士廷試那日，狂風颳走了他的試卷，到了秋天，朝鮮使者進貢，帶來了王越那封未寫完的試卷。説是有日朝鮮國王上朝，此物從天而降，國王見是大明進士考卷，未敢銷燬，讓使者帶回。
對於王越，白圭、商輅等人都知道，此人久在邊關，知己知彼，況且頗有能力，所以趙輔被召回，王越卻留在了前線，成化帝也僅僅是下詔，罵了他一通，讓他將功折罪。
而王越也深孚眾望，兩次提兵攻入河套，紅鹽池、威寧海子兩次戰役頗為成功。對比王越每次上疏提及搜套困難，卻主動進攻，餘子俊則是堅決支持搜套，在實際行動上，又是守而不戰，明朝開始修築邊牆，便是由他開始。二人相輔相成，為西北邊防立下了不朽功勳。
遼東風雲
3
在成化二年，君臣尚在為西北套虜煩憂的時候，遼東也發生了邊患。遼東總兵官鄭宏奏報，女真建州左衞指揮使董山率眾在慶雲堡的漢人聚集地燒殺搶掠。
奴兒干都司
遼東自北宋以來是女真族的聚居地，金滅北宋後，進入中原的女真逐步漢化，留在遼東的女真也遭到蒙古的毀滅性打擊。
在明朝建國後，在遼東地區的女真與原始女真在血緣上是否一樣尚有爭議，姑且以女真稱之。 當時的女真分為三部：海西女真、建州女真、野人女真。
與明朝接壤的是建州女真，建州女真應該是受到斯拉夫民族與野人女真的雙重打擊，所以到了牡丹江長白山地區，但旋即受到剛剛建國的朝鮮的壓力。
明朝出於義舉，將他們解救，允許他們定居，給予多方照顧，建州女真在與漢人的接觸中，有摩擦可以理解，但大規模的搶掠卻讓人不得不感慨，所謂康雍乾的祖先、乃至什麼純元宜修的祖先真是一羣喂不熟的白眼狼。
成化接到鄭宏的奏疏，命在大同整飭防備的左副都御史李秉，前赴遼東，總督軍務。李秉雷厲風行，甫到遼東，就彈劾遼東鎮守太監李良、總兵鄭宏，正是由於他們的軍務廢弛，軍紀渙散，才讓董山搞出這麼大的動靜。
成化帝倒是寬容的很，令李良、鄭宏自己説明原委，朝臣對這位皇帝的脾性大概非常清楚，便主動上疏請罪，果然成化下旨：“既服罪，赦之，宜用心禦寇，以贖前愆。”
此時的女真尚不足與明軍直接交鋒，李秉只是一個反擊，女真就被驅散。董山趕忙入貢。李秉通過戰鬥，看到遼東明軍的問題，各個衞所缺員不少，但“帶俸差操”的卻很多。
所謂“帶俸差操”就是在戰鬥中失敗受到軍法處置的人，類似停職反省，但薪水照發。這樣就使遼東的明軍將領抓住空子，甚至故意犯點小錯，花錢讓人揭發自己。
成化帝知道李秉反映的情況後，哭笑不得，他下旨如果不是重罪，即便是貪污軍餉、索賄受賄的一律復職。這樣一來，幹事的人多了，軍紀卻進一步敗壞。
成化目前的精力主要是西北邊患，對於遼東，他也不敢忽視，所以，他派原錦衣衞帶俸都指揮使武忠前往遼東招撫董山，董山的官職是都督僉事，武忠覺得職位上不對等，所以成化帝允武忠之請，封武忠為署都督僉事。
派武忠為使，是經過慎重考慮的，武忠祖先是海西女真，勇武有謀，且出使過朝鮮，曾經在朝鮮君臣面前，一口氣拉斷三張朝鮮硬弓，在壬辰年，火器精良的倭寇都承認朝鮮弓質量優良。
更為重要的是，武忠是英宗孫皇后兄孫繼宗的女婿，董山的父親蒙哥帖木尓的表姐也在宣德年間入宮為妃嬪，二人拐彎抹角的也算親戚。
武忠恩威並施，加上李秉大軍壓境，董山上表屈服認過，並且親自帶人到京城朝貢。成化下詔：
“
爾之先世，僻居荒落，後為部落所逼，遠來投順，我祖宗憐爾失所，賜與近邊地方，使爾住牧，設立衞所，除授官職，父死子代，世世不絕。自爾祖爾父以來，或邊方效勞，或歲時進貢，朝廷升賞宴勞，俱有定例。我之所以加恩於爾者不為不厚，而爾之所以享有室家之樂，官爵之榮，數十年間部落莫不聽爾約束，鄰封不敢輒加以兵，是誰之賜歟?爾等正宜盡心竭力，為我藩屏，以報大恩，乃敢悖逆天道，糾率外夷，寇我邊境，掠我人畜……如或執迷不悛，以前寇擾邊方，朝廷必調大軍征剿，悔無及矣。爾等其省之戒之。
”
不過這個詔書只是個幌子，明廷打算斬草除根，一旦“護”送董山等到達遼東廣寧，即命靖虜將軍總兵官武靖伯趙輔等將董山拘留，責令其家屬歸還所掠人口，不許再犯邊。
董山憤恨不服，“逞兇肆詈，袖出小刀，刺殺通事”，在驛“夷人”哈喏哈等百餘人也持刀亂殺，但終歸人少，被趙輔擒拿，殺死董山等一部分暴徒，其餘押於獄中。隨即趙輔率兵征剿建州左衞、右衞，朝鮮也奉明朝詔旨，進攻建州衞李滿住部，斬李滿住，把建州女真洗了一遍。
董山有三個兒子，第三個叫做石報奇，就是努爾哈赤的四世祖，其子福滿被追尊為“興祖直皇帝”。成化五年（1469），董山的大兒子脱羅“悔過來朝”，明朝又予以招撫，脱羅被打怕了，對明朝中央政府十分忠順。
成化對於董山的處置算不上光明正大，因為趙輔在出兵之時，董山還在京城因為賞賜的問題而討價還價，但董山揚言回去糾合海西、野人女真犯邊，以此為砝碼要挾明廷。
而董山本人以往也是勾結蒙古犯邊，還與朝鮮首鼠兩端，鑑於他一貫以來的“優異表現”，成化派趙輔出兵也是意料之中，算是兩手準備。李秉在善後對策除了優待女真、操練士卒外，還提出將董山的黨羽遷移到閩粵，假如這個策略真正實行，對於未來明朝的邊防利好頗多。成化一來面對西北焦頭爛額，後期又被內政瑣事纏身，未能實行，終釀苦果。