後金軍被擊退後，袁崇煥又派任守忠率火炮部隊，用大炮轟擊皇太極營寨，後金軍被迫撤退，北京的危機解除。皇太極撤退後，朝堂上就有大臣開始誹謗袁崇煥了，認為他與後金有秘密約定，是袁崇煥放皇太極入關的，崇禎對此也有所懷疑。於是就抓捕了袁崇煥，將他關押進錦衣衞的詔獄，崇禎三年八月，袁崇煥被凌遲處死。崇禎處死袁崇煥的罪名，都是不爭的事實袁崇煥被殺的罪名，在《明史》中是有明確記載的：“魏忠賢遺黨王永光、高捷、袁弘勳、史褷輩謀興大獄，為逆黨報仇，見崇煥下吏，遂以擅主和議、專戮大帥二事為兩人罪。”可以看出崇禎殺袁崇煥的主要罪名有兩條：一條是私自與後金議和，另一條是妄殺朝廷大帥毛文龍。
那麼這兩條罪狀有沒有冤枉袁崇煥呢，可以説一點也沒有冤枉，因為這兩件事，袁崇煥是妥妥的都幹了。第一條罪狀：與後金議和，這是袁崇煥在天啓年間，就已經在乾的事情了，當時是瞞着朝廷在做，這一次議和，給了後金出兵佔領朝鮮的時間，最後朝鮮倒向後金，為後金提供大量的後勤物資。天啓七年，朱由檢即位後，袁崇煥被任命為薊遼督師，統管遼東、登萊、天津的軍務，上任遼東後，袁崇煥曾向崇禎提出過議和的策略。因為袁崇煥多次提起議和的主張，所以清初的時候就有人認為袁崇煥是披着主張外衣的主和派，甚至認為他殺毛文龍就是為了向皇太極表示誠意。
第二條罪狀：擅殺朝廷邊帥，這一條也是沒有多大問題的。崇禎二年，袁崇煥本來想派人奪走毛文龍的後勤財政權力，但是被毛文龍給頂回去了，也是決定殺掉毛文龍。同年五月，袁崇煥親自來到毛文龍的東江鎮，毛文龍設宴款待了袁崇煥。第二天袁崇煥邀請毛文龍檢閲士兵，卻在帳外埋伏士兵，將毛文龍捆綁抓獲，用尚方寶劍斬殺毛文龍。袁崇煥的罪名足以論死，但是以凌遲處死，確實夾雜了崇禎的怨恨其實真的按照明朝當時律法來論，袁崇煥的罪責是足以論死的，但是被處以凌遲，就是罪名被無限放大，被定性為叛國謀逆了。崇禎年間，犯這樣罪過的不是袁崇煥一個人，但是他是最慘的。跟他一樣罪責，甚至還更大的楊嗣昌，直接秘密組織與後金議和，因為政見不合，拒不出戰，謀害盧象升。
在朝堂一片討伐之聲中，崇禎還在不遺餘力為其脱罪庇護，將執行議和命令的兵部尚書陳新甲斬首頂罪，將盧象升定罪為投敵逃跑，為楊嗣昌開脱。這樣兩相對比，還真有點覺得袁督師冤枉了呢！那麼崇禎為什麼要將袁崇煥加罪，以謀逆凌遲處死呢？首先，崇禎這個人，本身就是小肚雞腸的，甚至有點心理變態，不允許別人欺騙他、辜負他。一旦有人冒犯他，就會把人往死了逼，崇禎一朝內閣換得比他的內褲還勤快，名將、名臣跟割韭菜一樣的被害死，可見這個人的心理變態程度。其次，袁崇煥在上任之初，就把崇禎當白痴耍，內心早把袁崇煥記恨上了。崇禎召見袁崇煥的時候，袁大人直接給崇禎畫了個大餅，“五年復遼”，這一下子把崇禎高興得，袁崇煥要啥給啥。所有人都知道這是不可能的，知道是袁崇煥在哄崇禎高興，問題只有崇禎一個人相信了。
緊接着，袁崇煥到任沒多久，就給崇禎的熱情上澆了盆冷水，拐彎抹角地説五年復遼是不可能的，收復遼東要以防守為上，主戰是手段，主和是輔助。崇禎一聽這話，心裏就炸毛了，這是逗我玩了啊，心裏面把袁崇煥宰的心思都有了，但是還得靠他穩住遼東，於是只能按下不滿，袁崇煥要啥給啥。第三，毛文龍的事件，最終加強了崇禎對袁崇煥的不滿，袁崇煥用什麼理由殺的毛文龍，他在崇禎心裏的形象就是什麼樣的。為什麼這麼説呢？袁崇煥在崇禎心裏種草，為自己殺毛文龍開脱的理由，就是毛文龍吃空餉，東江鎮雖然能牽制後金，但是明顯和每年耗費的軍資不符。但是殺了毛文龍後，袁崇煥對毛文龍屬下進行安撫，將軍隊整編精簡到兩協。卻向崇禎申請更多的軍費，這直接把崇禎惹毛了。
殺了個毛文龍，來了個還不如毛文龍的呢，崇禎肯定後悔沒有阻止袁崇煥殺毛文龍了，心裏直接卧槽，這是個自己吃肉，別人喝湯都不行的主啊！袁崇煥最大的戰略失誤，解除後金背後的威脅在你不斷挑戰你們領導的底線的時候，如果你能夠用赫赫的戰功，讓所有人閉嘴，那麼你肯定是安全的。歷史上這樣的人比比皆是，袁崇煥就有一個前輩做得很好，那就是李成梁、李如松父子。但是袁崇煥明顯不具備這個能力，在天啓年間，明軍在遼東、登萊的節節反攻，也有袁崇煥是其中比較耀眼的一個，但他絕不是決定性的一位。真正決定天啓遼東局勢的穩定，是海陸協同戰略的成功，缺少任何一個都不行。
崇禎明顯格局太窄，迷信袁崇煥的能力，將遼東、登萊、天津全部交給了袁崇煥，本來三個人的活給了一個人，而且袁崇煥也不是能夠協調整個大局的人才，結果就是悲劇了。一方面，袁崇煥認為東江鎮等沿海明軍雖然能牽制皇太極，但是耗費大量的軍資，應該進行裁撤。以其殺死毛文龍為開始，大量侵佔本該屬於登萊和東江的軍費，導致後金背後再也沒有威脅的力量，開始安心對付蒙古和明軍。崇禎四年，發生了給明朝沉重打擊的登萊兵變，世界上第一支火器部隊，耗費了大明朝無數財力，在孔有德的帶領下兵變，最後投降皇太極，從此後金的火器水平超過了明朝。雖然這時袁崇煥已經被殺，但是他剋扣登萊軍費的舉措，也是導致登萊軍隊兵變的一個重要原因。另一方面，袁崇煥和皇太極眉來眼去的議和，都被人家算計得死死的，天啓年間，私自議和，導致朝鮮倒向後金，給毛文龍下了不小的絆子，幸虧毛文龍戰力強悍，打敗了朝鮮和後金的聯軍，朝鮮開始左右逢源的日子。
崇禎初年，上台以後，就更是垃圾操作了，與後金議和，再加上殺掉毛文龍。徹底解除皇太極背後的威脅，皇太極可以騰出手，徹底擊敗蒙古林丹汗，打通直接入侵北京的通道。彈劾袁崇煥的罪名中，還有一個是“市米資敵”，從這個罪名中能夠看出，明朝早已開始對後金經濟封鎖，但是袁崇煥的議和，甚至是他自己主導的與後金貿易，給了後金緩解糧食危機的機會，吃飽了飯，更有力氣打明朝。袁崇煥的這些騷操作，給明朝帶來了毀滅性的防守問題，這個問題肯定之前就有不少人在崇禎面前吹風。崇禎也是抱着鴕鳥心態，不管外面翻了天，反正大明是沒啥事，等皇太極入侵北京附近，崇禎對袁崇煥的殺心就壓不住了。朝中大臣抓住崇禎的這一心理，彈劾袁崇煥，崇禎立馬順勢而為把屠刀舉起來了，再加上之前的種種不滿，令崇禎將袁崇煥定性為謀逆處死！
為什麼京城的百姓，爭啖袁崇煥的肉？據説袁崇煥被凌遲處死的時候，北京的老百姓爭着買他的肉，將他是肉生吞下去，為什麼老百姓這麼恨他呢？其實原因很簡單，一是朝廷已經公告，袁崇煥是“賣國賊”，皇太極的入侵北京，就是他故意放進來的，想想我們自己對漢奸的憎恨，可以知道老百姓的恨意了。第二，雖然老百姓在北京城裏住的，但是誰還沒有個鄉下的親人、朋友什麼的，後金軍隊侵略京畿，城外的鄉民被殺的殺、搶的搶、擄走的擄走，老百姓心裏都憋着一股子怨氣呢，這正好罪魁禍首被推出來了，大家能不爭相食其肉嗎？所以説，袁崇煥的罪過是夠不上被凌遲處死的，他被千刀萬剮，只因為遇人不淑，得罪了崇禎，是自己的為人處世的問題，也是崇禎不能容人的問題！