自明朝建立之後，蒙古各部就陷入了長久的分裂之中，內耗消耗了他們極大的力量。雖然曾在達延汗統治時期一度中興，但由於長久以來形成的統治習慣，達延汗死後蒙古各部再度分裂。而此時期的後金卻已然崛起，崛起的後金通過聯姻與東部蒙古各部結成聯盟，最終擊敗了庫圖克圖汗，蒙古汗位至此斷絕，曾輝煌無比的蒙古帝國也就此徹底消失在了歷史長河。
讓我們來回顧一下明朝建立到後金崛起這段時間，蒙古各部的興衰史：
明朝建立之初：瓦剌和韃靼的恩怨情仇
至正二十八年（1368年），在已經無力抵抗明軍北伐的情況下，元順帝孛兒只斤·妥懽帖睦爾率領元朝殘餘撤往上都，元朝作為中原王朝的時代正式結束。
由於元朝是主動撤退，因而依然保留了較為強大的實力，且與高麗、畏兀兒等依舊保持着聯繫。因此明初時期，朱元璋數次派兵北伐，最終徹底將北元殘餘勢力擊潰。同時，朱元璋四面出擊，先後收復雲南、遼東等地，北元勢力徹底退出中原地區，遷往漠北。
天元十年（1388年），藍玉率軍十五萬北進，在捕魚兒海大敗脱古思帖木兒，脱古思帖木兒帶着太子天保奴、知院捏怯來、丞相失烈門等數十人逃往和林方向，行至土剌河一帶，為其部將也速迭兒所縊殺。捕魚兒海之戰導致黃金家族的徹底喪失了在蒙古人中至高無上的地位，至此後大多數蒙古部落宣佈脱離它而獨立。
自此後，蒙古主要分裂為瓦剌和韃靼兩部。韃靼雖然名義上仍舊奉黃金家族後裔孛兒只斤·本雅失裏為汗，但實際上大權已經落入了太師阿魯台之手。而瓦剌作為曾經黃金家族的姻親，則統治者蒙古草原西部地區，與東部的韃靼爭鬥不休。
明永樂年間，從永樂八年（1410年）開始，朱棣先後五次親自率軍北伐，其中四次的北伐目標都是韃靼，只有第二次對已有崛起跡象的瓦剌進行了打擊。連續的北伐使得蒙古東部的韃靼實力大損，但也對明朝自身造成了極大損耗，因此在明仁宗、明宣宗的十餘年間，明朝不得不收回拳頭來恢復，而瓦剌則奉孛兒只斤·脱脱不花為汗，趁勢崛起。
瓦剌統治時期：短暫崛起後再次分裂
瓦剌雖然趁着韃靼沒落而崛起，但由於他們是一支沒有顯赫歷史的民族，因此並不能如黃金家族那樣擁有無上的威望和號召力，他們只能通過不斷的武力征服來達到統一蒙古各部的目的。
此後一段時期內，瓦剌人選擇了向西南地區的黃金家族後裔察合台汗國進攻，擊敗了東察合台汗國的衞思汗，並強娶了衞思汗的妹妹哈尼木公主，通過這一次政治聯姻，解決了他們不是黃金家族後裔的血統問題，使得瓦剌人有了足以號召所有蒙古人的血統，瓦剌開始真正崛起。
真正崛起後的瓦剌開始不斷襲擾明朝邊境，並最終在明正統十四年（1449年）的土木堡之戰中大敗明軍，俘虜明朝皇帝朱祁鎮，但由於不善攻城，瓦剌大軍無法攻陷大同和宣化，直到三月後，也先才再次率領瓦剌大軍直撲北京，卻被已經有所準備的明軍殺得大敗，只能沿居庸關撤退。次年（1450年），也先釋放明英宗。
明景泰四年（1453年），也先襲殺孛兒只斤·脱脱不花後僭稱“大元天聖大可汗”，建年號“天元”，並與明朝議和，宣佈為明朝的屬臣。此舉遭至黃金家族的不滿和反抗，原本已經臣服於他的各黃金家族的部落和汗國又重新自立。
明景泰六年（1455年），也先被暗殺，其子阿馬桑赤台吉繼其父汗位，於次年再次進攻東察合台汗國，並在伊犁河附近大敗羽奴思汗。然而在前方取勝的瓦剌卻遭遇了後院起火，皇后哈尼木（衞思汗之妹）的兒子亦不刺忻和也裏牙思發動叛亂，雖然沒有成功，卻使得瓦剌實力大損。
達延汗統治時期：短暫的中興
在瓦剌由盛轉衰的同時，黃金家族後裔也在內亂之中不斷進行着重新整合。
成化三年（1467年），成吉思汗第27代繼承人孛兒只斤·滿都魯在討伐他的侄孫和繼承人博勒呼濟農孛兒只斤·巴彥蒙克的戰爭中去世，一度人口極度繁盛的黃金家族後裔卻只剩下了一位繼承人孛兒只斤·巴圖孟克。
孛兒只斤·巴圖孟克在滿都魯的遺孀滿都海賽音可敦的支持下，於明成化六年（1470年）繼承蒙古大汗，尊號達延汗。滿都海賽音可敦不僅使得黃金家族的汗位得以傳承，還率領軍隊打敗了瓦剌，將他們徹底趕出了蒙古中東部地區，將蒙古草原大部重新統一到了黃金家族後裔手中。
在達延汗在位的37年間，他先是鎮壓了右翼的土默特人和兀良哈人的叛亂，同時也對明朝北部邊境進行了一系列卓有成效的攻擊，使得明朝無法與瓦剌人重新建立聯繫。
然而蒙古的這次中興隨着達延汗的去世也宣告結束了，雖然此後達延汗的長支後裔能夠順利繼承汗位，但由於蒙古長期以來形成的“聯邦制”統治模式，達延汗死後的蒙古各部實際已經處在了半獨立狀態。
後金崛起時期：蒙古各部嚴重分裂
由於明朝經略遼東的失誤，從明隆慶四年（1570年）開始，女真在時任明建州部首領努爾哈赤的率領下開始逐漸崛起，努爾哈赤先是相繼兼併女真各部，初步實行了女真各部的統一，最終在明萬曆四十四年（1616）建立後金政權。
後金政權建立後，努爾哈赤一方面積極反抗明朝在遼東的統治，另一方面他則通過聯姻手段與蒙古科爾沁部、扎魯特部結成了聯盟。
明天啓七年（1627年），蒙古庫圖克圖汗在看出後金對蒙古的野心後，也在積極積聚力量。他先後派兵收復右翼鄂爾多斯、喀喇沁、土默特等部，並與喀爾喀部卻圖汗結為聯盟，使得蒙古聲威大震。
明崇禎元年（1628年），面對蒙古的積極東擴，朵顏兀良哈的蘇布台、喀喇沁的達來台吉、土默特和布石圖汗、額爾多斯的額仁沁濟農以及永謝布、阿蘇惕、阿巴嘎、喀爾喀等部聯合組成大軍十萬，公然對抗庫圖克圖汗。並在土默特的召城一戰中，消滅庫圖克圖汗精鋭兵力四萬餘人，導致庫圖克圖汗實力大為削弱。
此戰結束後，土默特、喀喇沁、兀良哈等部為了避免庫圖克圖汗的報復，就此倒向後金。此舉導致庫圖克圖汗雖然空有可汗之位，但實際已經先入了孤立無援的境地，面對後金和蒙古各部聯軍的多次進攻，他只能被迫退出西拉木倫河流域，遷至歸化城（今呼和浩特）固守。
明崇禎五年（1632年4月），愛新覺羅·皇太極會集蒙古各部，再次率領大軍西進，面對遠勝自己的敵軍，庫圖克圖汗只能率領人畜十餘萬西渡黃河逃竄，大勢已去的局面下，部眾大部逃散，庫圖克圖汗逃至青海，兩年後在打草灘病逝。
明崇禎八年（1635年），多爾袞和嶽託等率兵萬餘渡河，招降了庫圖克圖汗剩餘部眾，孛兒只斤·額爾孔果洛額哲獻傳國玉璽出降，漠南蒙古自此全部納入後金版圖，大蒙古國汗位至此斷絕，蒙古帝國就此徹底消失。
綜上所述，在後金崛起時期，在後金的分化下蒙古各部徹底分裂，根本無法應對後金的進攻。而在一統漠南蒙古後，後金實力大漲，對明朝已然造成了極大威脅。