1755年，清軍兵分兩路征討準噶爾汗達瓦齊叛亂，戰爭進行的比較順利，只用了4個月的時間就平定了叛亂。平叛期間，創造了清軍作戰史上的一個奇蹟，阿玉錫等率22騎突襲達瓦齊叛軍大營，直接導致叛軍崩潰。
戰後，立下大功的阿玉錫受到乾隆的嘉獎。戰前投誠清朝的輝特部首領阿睦爾撒納也因參與清軍平叛，給清軍帶來了大量關於準噶爾部的情報，受到乾隆的獎勵，被封為輝特汗、雙親王，拿雙倍俸祿。但是雙親王、雙倍工資也根本滿足不了阿睦爾撒納的野心，他投靠清廷不過是想借助清軍的勢力，打敗政敵達瓦齊，從而使自己獨霸厄魯特，成為統領四部的大汗。
但是起初乾隆並不知道阿睦爾撒納的野心有如此之大，所以平定達瓦齊以後，冊封了厄魯特四部的四位汗王，以為萬事大吉只留下班第、鄂容安和薩喇爾等人，率領五百清軍坐鎮，大軍就班師了。
阿睦爾撒納，本是厄魯特輝特部台吉，不過他還有另外一個身份，就是準噶爾汗策妄阿拉布坦外孫。他先是幫助達瓦齊奪取汗位，而後壯大自己的實力和達瓦齊分庭抗禮，結果在內訌中不敵對手，就率部投靠清廷。清朝平定達瓦齊叛亂，正好合了阿睦爾撒納的意。
1755年，在清軍大部隊前腳剛走沒兩個月，阿睦爾撒納就公開反清，襲擊伊犁，清朝留下的守將班第、鄂容安兵敗自殺，薩喇爾被俘。乾隆大怒，於第二年正月，派定西將軍策楞和副將哈達哈率軍進伊犁平叛。
大軍兵分兩路，西路軍由策楞率領，從巴里坤出發，北路軍由哈達哈率領，從烏里雅蘇台（位於今蒙古國的扎布汗省）出發。玉保率西路先鋒中了叛軍緩兵之計，阿睦爾撒納逃往哈薩克，清軍得伊犁空城。
阿睦爾撒納之所以逃亡，是因為乾隆在其反叛之初通過大封特封厄魯特各部首領，使得叛軍內部被分化。不少首領開始倒戈，攻擊阿睦爾撒納。再加上趕來的清軍，擺在阿睦爾撒納面前的只有死路一條，好漢不吃眼前虧，先溜再説。
策楞、玉保因貽誤戰機被撤職查辦，達爾黨阿接替策楞為定西將軍，兆惠威副將進駐伊犁。和俄國暗中勾結的阿睦爾撒納在冬天偷偷潛回塔爾巴哈台（今新疆塔城地區），收集黨羽、殘部自立為汗，並向沙俄求援，條件就是永遠臣服沙俄。兆惠在鄂壘扎拉圖（今新疆烏蘇西）大敗叛軍宰桑達什策零部。
1757年，為了徹底平定阿睦爾撒納叛軍，乾隆再次調集七千清軍至巴里坤，定邊將軍成袞扎布、定邊右副將軍兆惠各領一軍，兵分兩路殺向伊犁。清軍一路追擊，阿睦爾撒納不敵，再次逃往哈薩克。哈薩克汗阿布賚迫於清軍的威勢，欲擒阿睦爾撒納獻給清軍，未能成功。阿睦爾撒納逃往沙俄，但是過了兩三個月就因得天花而病死在沙俄。
其實，1745年噶爾丹策零死後，準噶爾內部為爭奪統治權內亂不止，已經有不少首領不堪忍受率眾歸附清朝。沒有像噶爾丹、噶爾丹策零這種強力的人物，準噶爾已經不是鐵板一塊。在1755年準噶爾達瓦齊叛亂被平定前，準噶爾達什達瓦部宰桑薩喇爾1750年率眾投清；1753年杜爾伯特部首領策凌、策凌烏巴什、策凌孟克投清；1754年噶爾烏梁海庫木降清。
照這樣的節奏，即使乾隆不對達瓦齊、阿睦爾撒納窮追猛打，假以時日準噶爾也會不攻自破。不過這樣太慢了，乾隆等不起。1955年乾隆已經44歲了，也不知道還有多少年活頭，而且一旦出現無能的子孫繼承了皇位，清朝出現衰弱的跡象，準噶爾絕對不會錯過入主中原的良機。
另外，在阿睦爾撒納死之前，乾隆皇帝曾派使和沙俄交涉，讓其交出叛首阿睦爾撒納，但是被沙俄拒絕。沙俄本就和阿睦爾撒納一直勾勾搭搭，其目的顯然是覬覦我新疆地區的廣袤土地。在沙俄看來，阿睦爾撒納是非常有利用價值的，可以通過他來實現他們侵佔新疆的目的，到手的肥魚怎麼可能交給清朝？
當時沙俄徵忙於侵佔中亞地區，一是騰不出手來，要不然早就有對新疆所行動了。何況在康熙時期沙俄就曾對我外東北地區進行殖民侵略，為此還和清朝於1685年-1686年打了兩次雅克薩之戰。和沙俄勾搭的噶爾丹乘機發動叛亂，迫使清朝為避免兩線作戰不得不和沙俄簽訂了《尼布楚條約》，暫時穩住沙俄。
乾隆是個有作為的帝王，對沙俄的野心非常清楚，為了大清江山社稷，必須以雷霆手段解決準噶爾的問題，若不趕快解決，等沙俄從中亞騰出手來摻和進來，想再要解決就更困難了。
好在阿睦爾撒納得天花死了，沙俄順水推舟將其屍體送還清朝。
至此，對清朝造成巨大威脅、困擾康熙、雍正、乾隆三位皇帝長達六十七年的準噶爾部，終於被徹底平定，而後乾隆就命人繪製新疆地區的詳細地圖，將之納入帝國掌控之中。可以説，乾隆十大武功裏，平定準噶爾具有深遠的意義。
若不是乾隆反應迅速，以雷霆手段平定達瓦齊和阿睦爾撒納等叛軍，説不定新疆早已遭沙俄毒手。可惜的是晚清腐敗無能，西域還是有大片領土被沙俄給侵佔了。