關塔那摩監獄位於在加勒比海中古巴島東南部的一個省之中，那個省的省會是關塔那摩市，監獄就因此而得名。在關塔那摩市有一座美軍的海外基地，這是美國建立最早的，也是唯一沒有規定歸還期限的海外軍事基地。軍事基地背靠海灣，三面臨海安全性極高。
美國之所以可以在古巴關塔那摩建立軍事基地，這還要從1898年説起。1898年，美國和西班牙展開了一場爭奪殖民地的戰爭，最終以美國勝利告終，美國強行佔有租借了原屬於西班牙殖民地的一部分，就包括古巴關塔那摩。後來，以這一小塊租借地為基礎，逐步發展成為美軍大西洋艦隊的主要訓練基地。1934年美國以強大的武力迫使古巴政府同意美軍可以永久性的租借位於關塔那摩的基地。1959年古巴革命以後，卡斯特羅政府掌握古巴最高權力，曾經多次要求美國歸還，但是都被美國政府拒絕。1962年古巴導彈危機爆發之後，美軍甚至一度關塔那摩基地部署了核武器。古巴一度成為美蘇冷戰的最前線。冷戰結束之後，美軍逐漸從全球各地的海外軍事基地大規模撤軍。關塔那摩基地的大多數軍事設施都遷移到了美國本土和位於波多黎各的海軍基地。2000年還一度封存。
關塔那摩基地的監獄本來是為了臨時關押囚犯，但是隨着美國全球反恐活動的深入展開，美軍逐漸將這裏改造成了一個長期使用的監獄。
