靖難之役，朱允文退出政治的舞台。作為朱允文的擁護者，方孝儒不肯尊朱棣為正統的皇帝，大量抨擊當時的新皇帝，在文章中就有。作為帝王朱棣為了加強自己威信，對於不識時務的他不得不痛下殺手。所以朱棣滅了他九族，還有一族他的朋友。可惜他一代大儒落的如此下場。
史上最有骨氣文人 873親人被當面殺死不屈服
朱棣起兵前，謀士姚廣孝對他説：“朝中有個叫方孝孺的，學問很高，而且很有德操，將來殿下奪取天下，他一定不肯歸附，不過殿下千萬不要殺他，殺了他，天下讀書人的種子就滅絕了。”朱棣頷首答應。朱棣佔領南京後，方孝孺果然不肯歸附，朱棣於是將其投入獄中。幾天後，朱棣準備正式登基，讓方孝孺為他擬寫登基的文告，方孝孺堅決不從，朱棣派方孝孺的學生廖鏞、廖銘二人前去勸説，反遭一頓痛斥。
無奈之下，朱棣只好派人強行押解方孝孺上殿。方孝孺當時穿着一身斬衰(古代的一種喪服，按生者和死者關係，喪服分為五等，斬衰最重)，在大殿上嚎啕不已。朱棣命衞士強行撕去方孝孺的喪服，換上朝服，之後強壓怒火，親自勸解方孝孺説：“先生不要難過了!朕本來是要效法周公輔佐成王的。”方孝孺立即反問道：“成王在哪裏?”朱棣説：“他自焚死了。”方孝孺又問：“為什麼不立成王的兒子即位?”朱棣説：“國家要依賴年長的君主來治理。”方孝孺再問：“那為什麼不立成王的弟弟為帝?”朱棣語塞，只好説：“這是朕的家事，先生不必過多操勞。”
朱棣讓左右將紙筆遞給方孝孺，説：“詔天下草，非先生不可。”方孝孺接過紙筆，揮毫寫下“燕賊篡位”四個大字，然後把筆一扔，大聲道：“死即死，詔不可草。”朱棣見方孝孺不合作，便以誅九族相威脅，方孝孺憤然道：“便十族又如何!”朱棣大怒，命人將方孝孺的嘴豁開，從嘴角一直割到耳朵。方孝孺滿臉是血，仍舊痛罵不絕。朱棣厲聲道：“豈能讓你如此痛快地死，當滅你十族!”方孝孺十族共被殺八百七十三人，都是當着方孝孺的面殺的，每殺一人，監斬官都要問他是否回心轉意，方孝孺強忍悲痛，始終不肯屈服。
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方孝孺，字希直，一字希古，明朝浙江寧波人，明代大臣，著名的學者、文學家、散文家、思想家。後因明成祖朱棣篡位，方孝孺不願為他起草詔書而被殺。終年四十五歲。
小韓子
方孝孺6歲能詩，機警敏慧，雙眸炯炯有神，讀書一日之量，可以盈滿一寸的厚度，人們對他的才學感到驚奇，都把他叫“小韓子”(意即“小韓愈”)，方孝孺15歲隨父兄北上濟寧，勵志攻讀。長大後，又拜宋濂為師，深受當時的大學者宋濂的器重。宋濂門下的知名之士，都比不上他。洪武十五年(1382)，東閣大學士吳沉等起薦方孝孺，應徵至京，在奉天門奉旨作《靈芝》、《甘露》二詩，太祖朱元璋感到寫得非常的好。賜宴時，太祖朱元璋有意使人擺放在几案上的飲食器具放的歪歪斜斜的，試其為人，方孝孺把它們擺放整齊後才後坐。朱元璋喜其舉止端莊，學問淵博，有期待日後輔佐子孫之意，厚禮遣送回家鄉。
代老師捉刀
明太祖曾令宋濂作《靈芝甘露頌》，接着讓他參加宴飲賜酒，於是大醉。回家之後，把這件事説給孝孺聽，隔沒多久，宋濂就因酒醉酣睡去了。方等候老師至夜深，一看仍未醒來，料到先生沉睡不醒，明日早朝定當誤了寫頌這件大事，即刻自做主張，動手為老師捉刀，把這件文書完成。
等到天剛破曉，宋起身準備上朝，再一想，完了!錯愕間告訴方説：“我今日肯定沒命啦。”方問何故?宋答：“昨天皇上命我作頌，大醉之餘，誤了正事沒寫，如今來不及了!皇上一發怒，必定賜我死罪。”方説：“我正恐怕先生醒得太遲，來不及寫，所以我已經先替您擬了一份草稿，或許您裁定之後，可拿去進獻於皇上，行嗎?”接着就把文稿呈上，宋閲讀之後説：“很好，何必改呢?”於是急忙揣進兜裏，帶着入朝。
太祖迎着宋濂問：“寫好的那頌在哪?”宋立刻拿出來奉進。皇上讀畢之後説：“此文並非宋學士你親筆寫的。”宋又一頓錯愕。皇上説：“此文寫來勝過先生呢。”宋只好實話實説，叩頭如搗蒜的謝罪説：“微臣實在因為昨天承蒙皇上賜酒、喝過頭了，回去大醉不醒，無法為文成章，是我的門生方某，看不過去代為寫的。”皇上説：“此生文筆勝過你多多。”於是立刻召見方，即時在殿上以一論五策出題考試，方立即援筆而成。上閲覽完畢，又再對宋説：“他實在勝過你哪。”
接着立即命人當面賜給方緋袍(紅色綢袍)、腰帶，但還是戴着布衣頭巾，令他到禮部赴宴，又命同姓裏的宗伯親友陪席。同時暗中派人觀察他的言行舉止，而方竟然巍然端坐上席不動。皇上説：“這個人為何如此倨傲?”因此不留他在朝中任職，使他外派為蜀王府教授。回頭又告訴懿文太子(朱元璋長子，朱標，後短命而死)説：“有一個最佳儒士被我發現了，將來要輔佐你，如今我先把他寄在蜀王府那兒當個教席。其人個性剛烈倨傲，我現在先壓服他、抑制他，等你臨朝時再用他，定會得其大力輔助之功哪。”
維護正統 被夷十族
文皇(即明成祖，朱棣)登基稱帝，姚廣孝瞭解方孝孺，破城之前，曾請求朱棣，稱看重氣節的方孝孺不會輕易歸順，希望手下留情不要加害，否則天下讀書種子絕矣。《明史·方孝孺列傳》記載：
成祖發北平，姚廣孝以孝孺為託，曰：“城下之日，彼必不降，幸勿殺之。殺孝孺，天下讀書種子絕矣。”
朱棣問姚廣孝：“誰可以起草繼位詔書?”廣孝回答，只有方孝孺行，於是朱棣命人召他來。經過數次的往返徵召，方竟然不肯前來，最後派人強行挾持他入朝上殿，方卻披麻帶孝，一路神情哀悽悲哭不止。既到內殿，朱棣令他起草即位詔書，他更是大聲號泣，誓死不從，再三強迫他執筆，他一再丟擲不拿，口中的罵聲益發嚴厲，説：“再怎麼樣，也不過誅殺我九族而已!”成祖聽了，更是憤怒，説：“朕就決定夷汝十族。”左右問：“多的是哪一族?”皇上説：“他的朋友也算一族啊。”於是盡殺與方孝孺有牽連的九族人性命，而且大肆搜索天下所有與方為友的人，一併殺之。
先祖殺生 貽誤後人
方希直(孝孺，字希直)祖先墓塋，起初傳説有妖孽禍亂，後來決定修治墳墓，一打開，發現一條巨蟒從墳冢中爬出，那巢穴裏，繁殖力極為驚人，蛇子蛇孫大約有數千條，沿着洞穴廣佈攀爬、四處盤踞，腥臭的穢氣，逼人慾嘔。
眾人決議，想盡數殲滅它們，所以暫且先把那巢穴掩蓋上然後回家，再各自整治些梃(木杖叫梃)、(大鋤叫)等火攻的器具。那個晚上，方公祖父夢見有位黑衣老嫗拜見，再三懇切的講：“吾輩沒做什麼有損於公之事，公打算一舉殲滅我的族眾，倘若您能捨棄此計劃，我們當報您以德，不然的話，我們也能以怨相報哪。”
祖父問：“怎麼個以怨相報法呢?”老嫗答：“公能殲滅我的族眾，我也能盡滅公的族人。”又説：“我今晚是特地領着全族人來懇求您的。”方祖回顧老嫗背後，一望無際的男女跟着，看不到邊兒，可他竟然還是不許。
隔天，方祖告訴家人這個夢，並且説：“就是一夥妖蟒唄，正當除掉才是。”因此大家極力搜捕，放火焚燒、殺盡滅絕。那個夜晚，聽到山中哭聲震天。再後來，方孝孺公不幸遭遇此種“夷十族”的慘烈巨禍，蟒蛇的以怨相報的説法，也誠足可信呢。
結語
看來，朱元璋雖然出身貧苦，可卻是天象變化下的真命天子，否則哪有劉基、宋濂的輔佐?再瞧他那愛才之心、知人之明的睿智，為太子登基之後，預留人才，不但眼光長遠，而且能看透方孝孺的缺點而事先加以磨練，確實有他的治國長處。只可惜事與願違，那史冊上評價極好的懿文太子卻天不假年，沒福繼承國祚，先朱元璋而去。
那方孝孺也因為祖輩造下殺生罪業而被夷十族，據《明史》記載，朱棣將方孝孺九族誅盡還無法息怒，便把方孝孺的門生和朋友也算作一族一併處死，被殺者共計八百七十三人，投獄和流放充軍者更達數千。這兩筆數字，正好與那一窩大蟒的蛇子蛇孫之命相抵。看來，一飲一喙莫非前定，冥冥之中，自有安排，信哉!
(事據明 祝允明《野記》)