明代第一懸案：建文帝朱允炆是明太祖朱元璋的孫子，已故太子朱標的長子。朱元璋早年立長子朱標為皇太子，但是後來由於朱標早逝。朱元璋便改封長孫朱允炆為為皇太孫。讓其在自己百年之後，繼承皇位。但是，對於朱元璋的這種安排，有一個人極為不滿，他就是朱元璋的四兒子、燕王朱棣。朱棣早年隨父親東征西討，為大明王朝的四方安定立下了不少汗馬功勞。洪武三年，朱元璋封朱棣為燕王，負責統帥重兵，駐守北平，以防蒙古騎兵進犯。
朱棣在朱元璋的眾多兒子中才華最為出眾，而且胸懷大志。起初他對父皇選立長兄朱標為太子不好説什麼，單是朱標死後，朱元璋又立懦弱無能皇長孫朱允炆為太子，卻引起了朱棣的強烈不滿，他數次在朱元璋的面前詆譭朱允炆如何如何無能懦弱，絕非可託天下之人。朱元璋雖然心中也明白，論文武才華，四子朱棣都要遠遠高於長孫朱允炆。但是他為了維護自己確定下來的皇長子繼承製度。他要堅決地支持朱允炆做自己的繼承人。
有一次，朱元璋為了展示皇太孫的才華，命他在諸皇子大臣的面前對詩，朱元璋出的上句為“風吹馬尾千條線 ”，朱允炆想了半天終於對出一句：“雨打羊毛一片羶”。雖然對的句子看起來也還算公整，但語意平庸，毫無意藴。朱元璋的大為不快，這時燕王朱棣隨口吟出一句：“日照龍鱗萬點金”。 一股王道霸氣直驚的在座的人目瞪口呆，朱元璋也連口稱讚。 但這也增加了他對皇太孫日後帝位的擔心之情。
洪武三十一年(公元1398年)七十一歲的朱元漳去世，依照它生前的安排由他便留下遺詔，由二十一歲的皇孫朱允繼位，年號建文，也就是歷史上的明惠帝。傳説朱元璋臨死之前，不放心朱允炆，便交給自己的貼身太監一個密匣，稱如果皇太孫一生平安無事，不要打開這個匣子，如果發什麼緊急情況，就打開這個匣子，它會告訴你怎麼做。這是民間流傳下來的一個傳説故事，不知是真是假，但正是這些離奇的小故事，更加增添了建文帝下落的神秘色彩。
朱元璋在位之時，為了鞏固大明王朝始終掌握在朱姓子孫的手中，他先後分封自己的子孫為藩王，分駐全國要害之地，這些分封藩王都手握重兵，稱霸一方，在朱元璋在世之時，還倒是老老實實，不敢有什麼非分之舉。但朱元璋死後，他們根本不把懦弱無能的建文帝朱允炆放在眼裏，個個飛揚跋扈，不服從中央政府的管轄。
為了解決地方藩王對中央皇權的威脅，建文帝採納了齊泰、方孝孺等人的建議，厲行削藩之策。他先是派兵進抵開封，軟禁了周王朱肅，然後將其廢為平民;接着又發兵湖南、湖北除掉了岷王朱便、湘王朱柏，此後，又先後將齊王朱博、代王朱桂等人囚禁。建文帝厲行削藩，地方藩王紛紛被削奪爵位，抑或被廢為平民，抑或被禁為囚徒。
一時間鬧得是沸沸揚揚，怨聲載道。這一措施嚴重損害了地方藩王們的切身利益，幾乎所有的諸侯王都對此不滿，尤其是手握重兵，覬覦帝位的燕王朱棣。 燕王朱棣早就有起兵反叛，奪取帝位之心，只是苦於沒有很好的藉口，這次建文帝削藩弄得天下諸侯怨聲載道。這對閻王來説簡直是一個千載難逢的好機會。建文元年(1399年)七月，燕王朱棣以清君側為藉口發動了“靖難之役”。
雖然名義上是要幫建文帝清除身邊的奸臣，其實際上起兵反叛。燕王起兵之後，建文帝馬上慌了手腳，急忙徵調各地方的軍隊入京勤王。但是，由於建文削藩以來，地方諸侯已被他得罪殆盡，所以，地方諸侯紛紛投向燕王帳下，背叛建文。建文帝手下的文人不少，但沒有多少可以帶兵打仗的將帥之才。心腹齊泰、方孝孺等人也都是文人腐儒，雖滿腹經綸，但也沒有什麼用處。就這樣，燕王的軍隊沒費多大的力氣，很快就打到了南京城。
建文帝見大勢已去，下令火燒皇宮。燕王朱棣攻入皇宮之後，沒有找到建文帝，便命人仔細搜查尋找建文，宮裏的太監説説建文帝在萬般無奈之下，跳入火中自焚了，並從火堆裏找出一具屍體指認説是建文帝。朱棣假惺惺的痛哭一番，説自己只是要清理奸臣，並不是要皇上死。然後，以皇帝禮將其厚葬，但是，在正史的文獻中，卻沒有任何有關建文帝陵寢的記載，而且後來的崇禎皇帝也曾親口説過建文無陵。
因此，廢墟中的那具焦屍到底是否就是建文帝，建文帝到底死沒死，沒死的話他又逃到了哪裏?對於這一系列的問題，朱棣本人也持有懷疑，後世史家和民間傳説更是眾説紛紜，離奇萬分。
一種説法認為，建文帝並沒有死，而是逃出南京，到了貴州的一個寺廟當了和尚。據説，在燕王朱棣圍城之後，建文帝叫天天不靈，叫地地不應，為防被俘受辱，建文帝決定自盡殉國。這時，突然有一個太監跑了過來，他告訴建文帝，太祖皇帝臨終前曾經交給他一個密匣，並叮囑他如果皇上遇到危難，可以打開匣子。
建文帝聽後，急忙命這個老太監取來密匣，打開一看，裏面裝有三套袈裟，三張度牒，一把剃刀，三張度牒上分別寫着應賢、應能、應文三個名字。應文指的是建文帝朱炆，應賢、應能分別是指建文帝的心腹近臣楊應能、葉希賢。匣中還有一封信，上面寫道“應文從鬼門出，餘從水關御溝而行，薄暮，會於神樂觀之西房”。建文帝一看，便明白這是太祖皇帝早就預料到自己會有今天，傳此密匣，告知自己剃髮為僧從密道出逃保命。按照密匣的指示建文剃髮做了和尚，從鬼門逃出宮去開始了浪跡天涯的遊行四方的僧人生活。
建文帝化妝出逃之後，皇后馬氏為了掩護他，命令太監放火燒城，然後自己跳入火海。自焚而死。第二天朱棣攻入皇宮之後，搜尋建文帝的下落，太監、宮女們迫於壓力，便慌稱建文帝以自焚而死，並指認皇后的屍體就是建文帝，此時火中找出的屍體已被燒的面目全非，難以辨清，就這樣朱棣信以為真，沒再追究。
有人甚至還找到了建文帝出家後的隱居之所，貴州安順平壩縣境內的高峯寺。 據《平壩縣誌》記載：高峯山寺內齋堂地下有一個藏身洞，洞底有一塊石碑上刻有“秀峯肇建文跡塵知空般若門。”的銘文，此外，寺中的另一塊石碑上刻有開山祖師秀峯收留建文帝的經過。以此，後人推測此處就是建文帝出家之後的歸宿之地。
建文帝歸隱貴州高峯寺為一種説法，還有人認為，建文帝出逃之後沒有去貴州，而是就近在在蘭溪市東山上的一座古寺歸隱，東山又名皇回山，是金華山脈的一支，寺院裏的和尚世代口傳建文帝在此削髮隱蹕的傳説，並説寺院中還保留有建文帝的隱居之處和古碑遺蹟。在寺院的大殿內，塑的是身穿袈裟的建文帝像，左右兩旁分別為伴帝出家的楊應能、葉希賢兩人，殿內的後壁繪有建文帝遜國出逃的路線。此外寺院內還保留有建文帝出家後所作的幾首詩： “百官不知何處去，惟有羣鳥早晚朝”;“塵心消盡無孝子，不受人間物色侵”。詩中意藴飽含倉皇出逃，歸於世外的無奈和憂傷，為建文帝歸隱於此，又添一證據。
另外，還有一種比較流行的説法，就是建文帝從南京城逃出之後，輾轉來到泉州，流落到海外，後來明成祖繼位之後，派鄭和下西洋，就是為了尋找流落海外的建文帝。 傳説，建文從密道中逃出京城之後，見前往北方的道路大都被燕王的軍隊圍阻，因此不得不化妝南下，輾轉來到武昌羅漢寺。羅漢寺的住持達玄和尚，看過建文帝的度牒後，趕緊將建文引入寺中躲藏。過了一段時間後，建文帝等人見此處易於被燕王的爪牙發現，他們又在達玄和尚的指引之下做船前往泉州開元寺，然後輾轉逃到海外。
據《泉州開元寺志》記載，當時泉州開元寺的住持念海和尚正是羅漢寺住持達玄和尚的弟子。建文帝來到泉州開元寺之後，便隱匿寺中，派人尋找出逃海外的機會。終於有一天，他們坐上了一個阿拉伯商人的貨船，隨行來到印度尼西亞的蘇門達臘島，開始在此隱居，據説，當地的華人，至今仍在每年農曆五月十六建文帝登基那天，舉行隆重的拜“皇爺”之禮。
關於建文帝的生死和下落自古至今一直眾説紛紜，爭論不休，對於此，每一種説法都只能説是一家之言，因為沒有哪一種説法説自己有十分確鑿的證據，説歷史事實就是這樣。也許建文帝的生死與下落真的如其它歷史之謎一樣，是一個永遠也解不開的千古懸案。