八旗制度是由女真(滿)民族所獨創的一種軍政合一的組織形式，八旗的官制形式非常獨特，其內部的大小官員既是軍事統帥，又是行政長官，還負責掌管所有旗人的户籍乃至經濟生活。
八旗制度可以溯源到滿族的氏族制階段。當時，滿族在從事狩獵活動或軍事行動時，通常採取以家族或村寨人口組成的“牛錄”(意即“箭”)作為組織單位。最初的“牛錄”由每十人組成，公選一名牛錄額真(意即“箭主”)作為隊長。努爾哈赤起兵後，將屬下軍民按牛錄編制，規定每300人為一牛錄。隨着努爾哈赤逐漸統一各部，1601年，在他的指示下，正式成立了紅、黃、藍、白四旗，後又將四旗擴大為八旗，即由原來的正四旗各加鑲邊(黃、白、藍旗鑲紅邊，紅旗鑲白邊)，形成了鑲紅、鑲黃、鑲藍、鑲白四旗(“鑲”字也寫做“廂”)。關於八旗顏色的確定有多種説法，一説是依照“五行相剋”説制訂的——“兩黃旗位正北，取土勝水；兩白旗位正東，取金勝木；兩紅旗位正西，取火勝金；兩藍旗位正南，取水勝火，水色本黑，而旗以指麾六師，或夜行黑色難辯，故以藍代之。”據説八旗軍行軍、駐紮時的位置均按此規定執行。
在組織方面，形成了牛錄、甲喇、固山由小到大三級組織形式。八旗制度規定，每5牛錄設一名甲喇額真(意為“節主”)，5甲喇之上設一名固山額真(旗主)，每名固山額真左右設兩名梅勒額真(翼主，可理解為旗主的副官)。在八旗制度下，只有旗人沒有族人，所有女真族人均按八種旗幟進行編户，全體旗人“出則為兵，入則為民”，平時耕獵，戰時出征，每旗可保證提供7500人的“常備軍”。八旗形成初期，實行戰利品“論功行賞”，軍費由旗人分攤。隨着戰爭中掠獲人口的大量增加，各旗包衣(家人、僕人)階層人口日益膨脹，這些人屬於各旗旗人的私有財產，在旗兵出征時也常常跟隨主人一同作戰，因此，八旗軍隊的實際數量要遠遠超出規定數字。
清朝入關後，八旗職官名稱在順治年間又進行了較大調整，從固山額真到牛錄額真均作以全新定名，如固山額真改名為都統，梅勒額真為副都統，甲喇額真為參領，牛錄額真為佐領。此次改稱之後，八旗主要官職名稱再未有改動，一直沿用至清終之時。
隨着後金的發展壯大，蒙古部族和大量漢人紛紛歸附。為加強管理，皇太極於1633年正式另編漢軍為一旗，後經過數次增擴，到1642年，終於編成八旗漢軍。1634年，皇太極還把在他統治下的蒙古民族改編成了八旗蒙古。八旗漢軍、八旗蒙古和八旗滿洲的建制類同，共同構成清代八旗制度的整體。實際上，八旗中的民族構成非常豐富，除滿族外，還兼容了蒙古、朝鮮、錫伯、赫哲、達斡爾、鄂温克、鄂倫春等其他民族。據記載，康熙年間，鑲黃旗滿洲都統第四參領的第十七佐領，是由先後來歸的俄羅斯人編成的。在滿族的發展過程中，不僅有滿族的漢化，同時也有大量蒙古族、漢族等其他民族的滿族化，有研究表明，在清初時期民族融合的現象已經十分明顯，老北京有一句諺語叫做“不分滿漢、但問民旗”説的就是此事。各旗委任都統時，一般不考慮擔任都統時人的旗籍，滿族可以擔任蒙古、漢軍八旗都統，漢軍、蒙古八旗出身者也可以擔任滿洲八旗的都統。到光緒朝以後，開始任用不在旗的漢族人士做都統，馮國璋、段祺瑞、王士珍等北洋出身的將領都做過八旗都統。
入關後，清朝政府為了保證兵源，在政治經濟上給予八旗人丁的優待，其中包括圈撥旗地，免除賦役，發給官兵糧餉。但從此北京和駐防關內各地的八旗人丁被束縛在一個狹窄的圈子裏。由於旗人長期脱離生產，原有的淳樸勇武風氣逐漸喪失，而生活上安於遊惰的風氣卻蔓延開來。清政府雖提出“扭轉風氣”、“籌劃生計”，但完全屬於治標不治本，加上人口大量增加，導致很多旗丁的生活每況愈下。清朝中期以後，財政狀況日益惡化，從咸豐、同治年間起，北京旗兵的餉銀和祿米分發中已經出現了減成發放的現象，到光緒年間只按照七成發放。到1906年還設立了八旗工廠，想“使八旗子弟，人人皆能各執一業，以為謀生自立之基”，但已經積重難返，於事無補。
辛亥革命後，八旗制度與清王朝一起退出了歷史舞台。