一、病理類型
不同類型的甲狀腺癌其預後差別很大。分化良好的甲狀腺癌尤其是乳頭狀腺癌治療合理及時生存期和正常人相差無幾而高度惡性的未分化癌預後極差往往在半年內死亡。
二、病變的發展程度
病變的發展程度如腫瘤是否侷限在腺葉內有無大血管的侵犯是否有淋巴結轉移、遠位轉移等對預後都有影響。據BlakeCady的分化型甲狀腺癌的資料分析中甲狀腺外侵犯後將意味着很高的復發和死亡率而隱匿癌患者死亡率極低。一般來説小於50px的腫物其復發和死亡率較低；多髮結節的癌瘤較單髮結節癌瘤其復發、死亡率稍高；無轉移的乳頭狀腺癌可長期帶瘤生存術後壽限幾乎可以和正常人相同；有淋巴結轉移比同類無淋巴結轉移者生存率可降低7％～19％。
三、年齡、性別對預後的影響
性別以及年齡的不同其預後也有明顯的差別。一般女性較男性預後好；年齡在男性大於40歲女性大於50歲預後差。
1、AMES多因素系統危險組分類：BlakeCady用多元迴歸方法分析了影響乳頭狀腺癌療效的各種因素並證明了在預測病死率方面有4個因素是很重要的即患者的年齡遠位轉移、癌灶病變程度和腫物的大小。基於以上因素設計成了AMES分數系統它可將患者分成各種預後不同的風險組。
（1）低危組：沒有遠位轉移的年輕患者；男性小於40歲女性小於50歲；所有老年患者有以下條件：腺內型乳頭狀腺癌或微小血管侵犯的濾泡狀腺癌或原發癌直徑小於125px無遠位轉移。
（2）高危組：所有的有遠位轉移的患者；所有的濾泡狀腺癌累及大血管的年輕患者；所有的老年患者並有以下條件：腺外型乳頭狀腺癌或累及大血管的濾泡狀腺癌或原發癌直徑為125px或大於125px而不論病變的程度。
2、AGES評判模式：4個因素對預後有顯著影響：年齡、腫瘤組織分級、腫瘤侵犯範圍和腫瘤大小。
預後評分=年齡×0.05＋腫瘤組織分級＋腫瘤侵犯範圍腫瘤直徑×0.2
年齡：40歲以下者年齡項為0；
腫瘤組織分級：高或中度分化癌為“1”低度分化癌為“2”；
腫瘤侵犯範圍：腫瘤侷限於甲狀腺體內為“0”腫瘤已超出甲狀腺為“1”有遠處轉移為“3”；
腫瘤大小：腫瘤直徑(cm)。
例如：50歲患者中度分化乳頭狀腺癌直徑100px已有遠處轉移時的預後評分為50×0.05＋1＋3＋0.8=7.3。
早期徹底的甲狀腺癌手術預後較好；術後配合內分泌治療者預後更好。單純腫塊摘除者預後最差。而無原則地擴大手術範圍往往增加即期死亡率和病殘率。延遲手術時間(從病理檢查確診至手術治療為止)越長預後越差。故一旦針吸活檢或其他組織學診斷確定後應儘快手術以提高生存率。