自1996年名柯形成動漫以來，在20多年的時間裏，柯南一直在做着一件事，那就是尋找黑衣人組織。我們多數人把注意力集中在，柯南尋找黑衣人上，卻忽略了其實組織也在找柯南，並且他們的迫切性甚至比柯南更加嚴重。那麼組織真的就發現不了柯南就是新一嗎？事實可能並非如此。
我們知道，柯南要想抓住黑衣人，其實是很困難的，因為保守秘密、獨自搜查，這本身就是一件困難的事，而反過來的話，一個人數眾多的黑社會組織，找到一個所謂的失蹤的男孩，我想應該不會那麼難（這裏我們當然要排除組織裏那些無用的卧底了），柚子相信整個組織不會只有目前的這些人，正如警察局不會只有目暮警官和五人組一樣，黑衣人組織一定是擁有龐大的構架的。
如果承認了組織人員充足的話，那麼尋找柯南其實就是手到擒來的事情。就目前來看，組織中知道柯南身份的人有貝姐、秀一等等。知道為什麼不揭發，當然人家各有各的理由，總之我們知道一點，目前表面看誰都不知道工藤新一到底去哪了？失蹤了還是死了？組織沒人知道。那麼有一點就很可疑，琴酒為什麼找不到柯南。
老南粉相信都知道琴酒這個人其實是很聰明的，他不僅幹了組織裏幾乎所有的工作，同時也是組織裏的頭腦擔當，説實話，琴酒與柯南較量一下，誰贏還真不一定。那麼既然柯南在這名柯一千集裏都找到過黑衣人的一些蛛絲馬跡，甚至還見過琴酒，那琴酒就一點察覺沒有？就算他沒有，他背後的那位先生也不知道？很顯然這不足以説服大家。
真理的論證往往是從假設開始的，那麼今天我們就不妨假設組織是知道柯南的行蹤的，看看組織究竟的目的是什麼。那麼如果知道，不揭穿，不逮捕是為何？原因只有一個，那就是柯南目前對他們有用。我們知道柯南是少數吃了APTX-4869沒有死掉的人，跟灰原哀一樣，他們是A藥實驗的意外現象，要知道在科學實驗裏意外險象是非常重要的參考資料。且不論組織研製A藥的目的到底是殺人還是長生，柯南這種意外都是他們非常感興趣的個例。
如此看來，組織之所以不抓捕柯南，是把柯南當成了小白鼠來看待，這樣的柯南在不知不覺中就成為了組織利用的對象。等到時機成熟，組織很可能會卸磨殺驢直接把柯南做掉，這樣一來組織既得到了想要的研究材料，又保守了秘密。
其實無論大結局柯南能否找到黑衣人，其結局柯南都是那個輸家，因為在這幾個月（或者説20年）裏，柯南失去的東西遠比找到黑衣人更為重要。如果非要説柯南尋找黑衣人的意義的話，那也只有懲惡揚善這一種説法了。各位南粉們，你們認為黑衣人中有沒有知道柯南身份的人呢？會是誰？