元氣騎士最吸睛的設計就在於每個關卡末尾都會有一隻難以對付的boss，很多玩家在先前的關卡中覺得簡單，輕輕鬆鬆，但是卻由於難打的boss而遲遲開啓不了之後的關卡，並且只要被打敗就需要從最開始重來，讓玩家有“一失足成千古恨”的感覺。
玩家開始會遇見類似曼陀羅魔花或者彩蛋兔這樣容易擊敗的boss，但是這幾個有武器有戰術，會走位的boss才是讓大神都頭疼的對手。
第五名，哥林布祭師
作為上榜的唯一一個1-5關卡boss，哥林布祭師有着其獨特的技能。哥林布祭師最難對付的不僅僅是滿屏幕的散彈，還有他可以召喚隕石。
其散發的子彈為子母彈，可以分裂對玩家造成傷害，在躲避的過程中，哥林布祭師還會召喚雲石根據玩家位置進行攻擊，往往會對疲於躲避子彈的玩家造成致命傷害，作為一個1-5的boss，哥林布祭師可以説是很強了。
第四名，水晶巨蟹
水晶巨蟹是玩家經常會遇到的boss，但是卻有着一定的難度，出現於冰雪地圖中的2-5關卡。
水晶巨蟹可以用伸長的水晶地刺以及雪球攻擊，攻擊密度大，且水晶地刺會根據玩家的走位而變換位置，新手玩家往往忽略了這一點而被連續攻擊打的躲閃不及。
不僅如此，水晶巨蟹血量降低之後還會自動回血，這就要求玩家用更強力的武器和法力和水晶巨蟹周旋良久。
第三名，C6H8O6
乍一聽這個名字有些奇怪，C6H8O6取自於化學式，它是以一個懸浮機器人的形態戰鬥。
C6H8O6主要以子彈的密集和多變而著稱，它會以螺旋方式放射子彈，每個母彈觸碰到牆壁或者障礙物還會繼續分裂，方向多變，玩家很少有思考的時間，並且其還會放射激光炮，雖然本體不動但是激光會根據玩家走位微調，往往會給玩家逼入死角。
第二名，瓦克恩頭目
類似於水蛭一樣形狀的boss看起來就給人一種強烈的壓迫感，其技能可以召喚觸手不僅如此，還會在子彈攻擊過的地方撒毒。
熟知元氣騎士的玩家都知道，毒看似不起眼但是會持續降低血量，有時候就會出其不意擊敗自己。
瓦克恩頭目不僅體型巨大，而且毒會擴散，最後基本滿屏都是毒氣，也是玩家最頭疼的boss之一了。
第一名，巨像祖蘭
鎮守3-5房間的巨像祖蘭當之無愧是最難對付的boss了，有的玩家運氣好可以躲過前幾關，但是遇到了巨像祖蘭可就不是憑藉運氣的事了。
巨像祖蘭會利用浮游炮進行集中性的激光攻擊，激光持續時間長且可以根據玩家走位微調，也就是追擊能力很強，激光密度就夠大了可是還有無數子彈襲來，螺旋型單線型皆有，第一名果然名不虛傳。