雖然慈禧是同治皇帝載淳的親生母親，但事實上二人的感情並不好。
按照明清祖制，後宮嬪妃所生子嗣不能由母親撫養，只能由乳母撫養，以防出現後宮干政的現象。所以載淳和母親慈禧的關係並不親近。反倒是慈安沒有子嗣，一直對載淳視如己出，再加上慈安為人溫和寬厚，慈禧強勢蠻橫，所以載淳和慈禧的關係一般，和慈安的關係更親近。
而真正讓母子二人翻臉的，則是選後問題，這也導致了後來的載淳英年早逝。
同治大婚的時候，在立後的問題上，兩宮太后發生了分歧。慈安太后主張立蒙古的阿魯特氏為後，而慈禧主張立滿洲富察氏為後。阿魯特的父親是唯一一個蒙古、滿洲試漢文的狀元，學問非常高，所以阿魯特氏家教極好，溫婉端莊，持重嫻熟，很得慈安喜歡。富察氏則是活潑好動，有點像慈禧，慈禧希望立富察氏為後。最後，載淳聽從了慈安的建議，立阿魯特氏為後，婚後二人感情也特別好。
慈禧這樣一個好強的人對於親生兒子違抗自己的意願選後大為光火，想方設法為難同治和阿魯特氏。同治和阿魯特氏婚後特別恩愛，同治幾乎不搭理富察氏，這讓慈禧醋意大發。她強行讓同治必須和富察氏同居，同治難違母命，只好和富察氏同居，可是又實在不想寵幸富察氏，而阿魯特氏又每天只能獨居。
這些事情交雜在一起，同治索性破罐子破摔，和慈禧徹底搞僵，每天既不寵幸阿魯特氏，又不理富察氏，而是和太監廝混在一起，在太監們的慫恿下偷偷尋花問柳，最終染上了梅毒。清宮為了遮醜，對外宣稱是天花，其實清宮早就根治了天花，即使得了天花也能輕鬆治癒。為了遮掩皇家的醜事，慈禧只是宣稱同治得的是天花，太醫也只敢按天花的病情開方，最終導致同治膿瘡潰爛而死，造成了清宮四大疑案之一的同治之死。