石達開不願受制於人，率兵出走。石達開1857年6月2日出京，至1859年1月3日攻克江西南安府，這一階段，時有聯絡太平軍對敵作戰卻又不完全配合。部隊的流動性相當大，攻城略地後，短暫佔領即揮兵撤走。
在部下的勸說下，石達開繼續指揮者太平軍，1859年初，石達開脫離天國轄區，走上了遠征之路，出福建、入江西、轉戰湖南、廣西、貴州、雲南等地。總體來說，石達開的路越走越窄，部眾越來越少，軍隊戰鬥力越來越差。
石達開的11位夫人自殺，石達開致書敵四川總督駱秉章：“竊思求榮以事二主，忠臣不為，捨命以全三軍，義士必作。”從而令部眾放下武器，傳令“剃髮”，自己則於6月13日攜五歲子石定忠、宰輔曾仕和等徑赴清營，導致部眾被圍攻，自亦成為送上門的俘虜。
在石達開的部隊還有一定的戰鬥力的情況下，用誘降之術，使石部下近萬人輕易地放下了武器，輕易地被屠殺.石達開本人坦然地赴敵營談判，得到的卻是被執、被殺，他所能做的，也只有在刑場上大罵敵人不講信用慷慨就義曾參與殺害石達開的清四川布政使劉蓉在致曾因荃的信中記敘說：“其梟桀之氣，溢於顏面，而詞氣不卑不亢，不作搖尾乞憐之語，自言……今天亡我，我復惜一死，臨刑之際，神色怡然，“目擊者讚歎道：“且系以漆遲極刑處死，至死亦均默然無聲，真奇男子也”。