後來至明朝中葉，隨著達延汗的崛起，韃靼復強。達延汗驅逐瓦剌，重新統一了韃靼，最終在明武宗正德年間，成為大漠草原的共主。而瓦剌則逐漸西遷至葉尼塞河的八河地區，是為漠西蒙古。2、東蒙古一分為二——漠南與漠北遊牧民族的傳統是對子孫進行分封，於是，達延汗在統一大漠草原之後便和當年的成吉思汗一樣將整個韃靼劃分為左左翼、右翼，各六個萬戶。其中，左翼為察哈爾、喀爾喀、兀良哈三部；右翼為鄂爾多斯、土默特、永謝布三部。這六部之中，除了兀良哈之外，其他五個都是達延汗的直系後裔，也就是所謂的黃金家族。
而在五個達延汗的直系後裔血統中，又以左翼的察哈爾部位正統中的正統，也就是說察哈爾部是韃靼各部的共主。然而，達延汗的想法是美好的，現實卻總是殘酷的。達延汗的孫子，右翼土默特部的俺答汗是蒙古人中又一位英雄人物，其崛起之後一統右翼三部，實力逐漸超過了作為宗主的察哈爾部。
此時的察哈爾部首領是庫登汗，是俺答汗的堂侄，其人並無雄才大略。而同時的俺答汗並不滿足於統一蒙古右翼，他想要重新一統整個蒙古地區，察哈爾部自然也成了他的目標。為了防止被俺答汗吞併，察哈爾部和部分喀爾喀部在庫登汗的率領下南遷，移牧於大興安嶺東南半部，即從遼西到吉林一帶沿長城外的地域。史稱“左翼蒙古南遷”。左翼蒙古的南遷，對蒙古、大明及其後來興起的後金都影響深遠。對於蒙古人來說，左翼的喀爾喀萬戶原本由12個鄂托克組成，原本就遊牧於今天的外蒙古，而當庫登汗的使者號召他們一起南遷，喀爾喀部分成了兩派：其一，5個願意跟隨庫登汗南遷，依然奉察哈爾部為共主，這五部後來被稱為“內喀爾喀”。其二，剩下的7個則不願意跟隨庫登汗南下，他們選擇了留在漠北，這七部後來被稱為“外喀爾喀”。內喀爾喀，在東北的建州女真崛起之後，逐漸被努爾哈赤所吞併；外喀爾喀，即漠北蒙古，清朝在這裡設定烏里雅蘇臺，也是今天外蒙古的主體。於是，蒙古新的格局形成了：外喀爾喀是漠北蒙古，而除了外喀爾喀之外的蒙古人（韃靼）基本上游牧於漠南，被稱為“漠南蒙古”。這裡的“漠”，指的就是大漠，在今天就是中蒙邊境的大沙漠，分佈在蒙古國南部的東戈壁省、南戈壁省、戈壁阿爾泰省三省，以及我國內蒙古自治區錫林郭勒盟的西部二連浩特一帶。漠南和漠北，內蒙古和外蒙古，其間的界限從地理上來說就是這一片沙漠。
漠南蒙古，也就是包括察哈爾部、土默特部、鄂爾多斯部、科爾沁部等。他們的分佈地區為“東接盛京、黑龍江，西接伊犁東路，南至長城，北逾絕漠，袤延萬餘里”。漠北蒙古，也就是原來的外喀爾喀部，包括車臣汗、土謝圖汗、札薩克圖汗等部，分佈在東至呼倫貝爾城，南至瀚海，西至阿爾泰山，北至俄羅斯的廣大地區。在古代，要想徹底征服遊牧民族，便需要穿越這一片荒絕人煙的大沙漠，比如漢武帝時期衛青霍去病便曾穿越沙漠與匈奴決戰。3、清朝征服蒙古三部我們知道，清朝的蒙古地區只有兩部，即漠南內蒙古和漠北外蒙古，而由瓦剌形成的漠西蒙古則消失了。這一格局的最終形成，與清朝對這三部分蒙古征服的先後有關。左翼蒙古南遷至遼西至吉林的長城一帶後，對明朝的邊境形成了巨大的壓力，與此同時，努爾哈赤在公元1583年崛起於東北。大明~蒙古~後金，成為東北亞的三大勢力，三者之間的縱橫捭闔決定了歷史的走向。
最終，明朝始終“高冷”的態度，使後金和蒙古聯合了起來。公元1635年，皇太極擊敗了漠南蒙古的林丹汗，這是成吉思汗的黃金家族的最後一任大汗。之後，林丹汗的兒子將元朝的傳國玉璽交給了皇太極，皇太極由此成為“蒙古大汗”，滿蒙一體，從此成為後金~清朝的立國根基。而漠南蒙古的共主察哈爾部，由此也成為清朝直轄的內屬蒙古。對於察哈爾部，民國之時還曾經設立察哈爾省，省會張家口。
所以從政治上而言，漠南內蒙古，其實就是最早臣服於清朝的那一部分蒙古人。公元1691年，康熙帝在距北京800裡的多倫諾爾（多倫）駐營，與蒙古諸部會盟。喀爾喀蒙古三大部、內蒙古四十九旗王公貴族的營帳，以康熙帝大營為中心，眾星捧月，四面環繞史稱“多倫會盟”。以此為標誌，喀爾喀外蒙古正式臣服於清朝。所以漠北外蒙古，是第二個臣服清朝的。漠西衛拉特蒙古，是最後一個臣服清朝的，或者可以說是被清朝征服的，時間是1757年。漠西蒙古與清朝曠日持久且不斷反叛的戰爭，消磨了清朝對當年的瓦剌人的耐心，所以當乾隆征服西域後對漠西蒙古大加屠戮，並取“故土新歸”之意將西域命名為“新疆”，沒有以漠西蒙古命名。至此，明朝時期的西蒙古——瓦剌作為一個整體消失了，而東蒙古——韃靼則一分為二，以大漠為界，南為漠南內蒙古，北為漠北外蒙古。