在中美高層戰略對話結束後，美國最密切盟國之一日本陷入兩難境地。日本媒體認為，中美這次的對話並沒有取得突破性進展，那麼可能會導致中日關係惡化。如今日本政府“過度追隨美國的戰略目標，這不會給亞太地區帶來多大的好處”，中國作為日本龐大的鄰國，與日本的關係十分密切。而在此前，中方狠批美日發表的“聯合宣告”是罔顧事實和真相，是“狼狽為奸”。那麼在這種情況下，如何與中國打交道，成為日本現在非常“頭疼”的事情。
有訊息人士警告，如今菅義偉政府將重點放在遏制中國在亞太地區的影響力上，中國對日本保持更加警惕的態度。近年來，中日關係終於有所改善，在新冠肺炎疫情發生後，中日兩國傳出“遠親不如近鄰”的互助友好佳話，為共同遏制新冠疫情做出了積極貢獻。
日本首相菅義偉今年還與中國領導人通電話稱，日本高度重視中國，並將中日關係視為最重要的雙邊關係之一，推動兩國關係邁向新臺階。然而，承諾很快變成了“耍嘴皮”。在中美高層戰略對話前夕，美國兩位高官訪問日本，發表針對中國的聯合宣告。也難怪中國外交部發言人趙立堅罕見在公開場合批評日本“為一己之私，甘願仰人鼻息，充當美國的戰略附庸，不惜背信棄義，破壞中日關係；不惜引狼入室，出賣本地區整體利益”，並使用“狼狽為奸”一詞來形容美日關係。
日本與美國一道，在背後捅刀的做法實在令人心寒。值得注意的是，就在進行中美高層戰略對話期間，日本政府釋出了一份報告，顯示中國等15國簽署的《區域全面經濟夥伴關係協定》（RCEP）預計能夠為日本經濟帶來顯著效果，使該國的GDP上升2.7%，相當於提高15萬億日元（約合人民幣8967億元），而在就業方面，也將比2019年增加57個就業崗位。
這一結果遠高於日本政府此前的預期，RCEP對日本經濟的提振效果，遠比《跨太平洋夥伴關係協定》（TPP）和《與歐盟的經濟夥伴關係協定》（EPA）強，後兩個協定的提振效果分別是1.5%和1.0%。日本媒體稱，這一預測將推動日本與中韓等國的經濟交流。
但是，菅義偉政府“似乎缺乏為中國考慮”。日本媒體稱，日本政府過分仰仗美國，雖然美日同盟是日本外交和安全的基石，但中日合作將有利於地區和平與穩定。這個時候，日本不應該奉承美國，因為這樣可能會“激怒”中國，希望菅義偉政府能夠調整外交戰略，不要傷害與中國的關係。而在中美高層戰略對話中，日本網民對中國官員在美國面前的表現十分驚訝，並表示“希望日本政府也能這麼直接地表達觀點”，“不要搞窩囊外交”，畢竟這無益於日本的國家利益”。