巴列維國王的專制統治激化了國內的政治、經濟、宗教和社會矛盾，最終導致爆發了1979年的伊斯蘭革命。這次革命後伊朗建立了世界上第一個伊斯蘭共和政體，伊朗庫爾德問題也進入了新的發展階段。
1979年3月份，新政府同意在庫爾德斯坦省實行有限的自治，保障庫爾德人的權利，還第一次任命庫爾德人擔任省長。為了改善當地人民的經濟和生活水平，霍梅尼特意向庫爾德斯坦省撥付全國一天的石油收入——大約7500萬美元。
伊斯蘭革命所創造的寬鬆氛圍位庫爾德民族主義者十分活躍，他們在政治上形成三大主力：庫爾德民主黨、庫爾德斯坦勞動者革命組織(庫爾德復興黨)和馬哈巴德的遜尼派宗教人士謝赫·伊茲丁·胡塞尼一派。
1979年3月，庫爾德民主黨在馬哈巴德公開恢復活動，宣佈承認德黑蘭的伊斯蘭政府，並以庫爾德代表的身份向霍梅尼遞交自治計劃。庫爾德民主黨領導人加塞姆盧告訴霍梅尼：“由於伊朗的許多團體都受到壓制，所以最好的方法是建立聯邦制……自治或聯邦的結構，絕不會危害伊朗的統一和內部凝聚。”這是庫爾德民族主義第一次向伊斯蘭政權正式提出政治自治的要求。
但是，這份自治請求遭到了霍梅尼的拒絕。他認為，族群認同不應成為妨礙穆斯林團結的理由：“講不同語言的穆斯林之間根本沒有區別，比如阿拉伯人和波斯人。非常可能的是，這一問題是那些阻止穆斯林國家實現統一的人制造的。……他們（世俗主義者）製造了民族主義、泛伊朗主義、泛突厥主義等各種問題和主義，都違背了伊斯蘭的精神。”
霍梅尼把自治看作是謀求獨立的前奏，因此，儘管庫爾德民族主義者再三否認有獨立企圖，伊朗政府仍於1979年4月起，提高了對他們的防範。
霍梅尼請庫爾德人一起“拯救我們的國家，把我們的全部精力轉向以美國為首的真正敵人”，要求他們透過剋制，共同維護國內穩定。
但是庫爾德人依舊堅持自治要求，要求承認各族群、宗教的獨立性。與此同時，部分庫爾德武裝開始與政府軍發生衝突。
1979年8月18日，霍梅尼下令革命衛隊進攻被庫爾德武裝控制的帕維赫鎮。霍梅尼隨後下令對“不信教的庫爾德斯坦人”發動聖戰，禁止所有庫爾德政治組織活動，解除了部分庫爾德人的政治職務，取消了加塞姆盧和謝赫伊澤丁·侯賽尼的憲法專家委員會成員資格，宣佈二人是伊斯蘭共和國的敵人，譴責庫爾德民主黨是“撒旦黨”。霍梅尼用武裝部隊總司令的名義，下令摧毀庫爾德武裝，稱“如果24小時內得不到好訊息，將追究軍隊和民兵司令的責任”。伊朗政府軍遂動用眼鏡蛇直升機和坦克等重型武器進行激戰，於3天后完全控制了帕維赫周圍地區。接著向西挺進，在9月份奪回了多數庫爾德城市。但庫爾德武裝仍在廣大農村活動。戰鬥造成了上萬人死亡，大量庫爾德村莊被毀滅，數千名庫爾德人被革命法庭判處絞刑，伊斯蘭革命法庭的首席法官阿亞圖拉拉薩迪克·哈勒哈里因此被稱為“絞刑法官”。
伊朗政府開展輿論宣傳，指責庫爾德民主黨在外國支援下反對中央政府，企圖將庫爾德斯坦省從伊朗分離，宣佈取締該黨，號召遜尼派宗教人士與政府軍合作，交出叛亂分子。霍梅尼同時宣佈了對民族主義和左派的政策，“沒有庫爾德問題，只有共產黨問題。”
庫爾德民主黨試圖透過與政府的較量，擴大在庫爾德人中的影響。12月3日，伊朗舉行新憲法全民公投，庫爾德民主黨號召庫爾德人進行抵制。結果庫爾德斯坦省只有不到一半的人參加了投票，人們還和警察發生了衝突。儘管如此，新憲法仍通過了全民公決。新憲法承認伊朗國內有少數族群，但後者不包括庫爾德穆斯林，而是指基督教徒、猶太教徒和瑣羅亞斯德教徒等少數教派。伊朗政府認為，所有穆斯林都是伊斯蘭共同體的成員，因此無需將庫爾德人與國內其他穆斯林區分開來。
新憲法公投結束後，霍梅尼表示願意繼續談判，要求庫爾德民主黨準備一份少數族群地位問題的計劃。但雙方的談判在裁軍問題上陷人了僵局：政府方面要求庫爾德民主黨解除游擊隊武裝，以此為繼續談判的前提條件；庫爾德民主黨拒絕接受這一要求，警告政府不能用暴力解決問題。
1980年9月，兩伊戰爭爆發，伊朗往庫爾德地區大舉增兵，一方面阻止伊拉克的進攻，另一方面趁機控制庫爾德地區。1983年10月，政府軍發起“黎明四號”行動，佔領了所有戰略高地，庫爾德民主黨和庫爾德游擊隊控制地區全部落入革命衛隊之手。1984年，庫爾德民主黨武裝被趕出伊朗境內，進入伊拉克。
同時，伊朗政府還從什葉派的庫爾德部落中招募民兵，組建了“伊斯蘭敢死隊”，類似於土耳其的鄉村衛隊，專門對付庫爾德游擊隊。
1980年議會選舉後，庫爾德民主黨再次分裂。1981年冬，分裂後的庫爾德民主黨加入了總部設在巴黎的伊朗全國抵抗大會，但由於它主張與政府進行談判，遭到了其他派別的抨擊，被迫退出。
庫爾德民主黨開始嘗試在控制區內搞自治活動，它建立了政府，出版庫爾德語的教材，設立電臺，播放庫爾德語、亞塞拜然語和波斯語的廣播節目。同時，民主黨為擴張實力，還與其他庫爾德黨派爭奪地盤，為此與庫爾德復興黨發生了軍事衝突，造成數百人死亡。
1984年1月，庫爾德民主黨第四次代表大會召開，會議承認該黨在軍事上遭遇挫折，決定控制游擊戰規模、避免與政府軍正面衝突、重新與伊拉克政府合作，並獲准在邊境的伊拉克一側設立總部。1988年兩伊停戰，加塞姆盧失去了伊拉克的支援，只好同意繼續與德黑蘭進行自治問題的談判。12月30-31日，加塞姆盧與伊朗政府代表在維也納秘密會談。次年1月19-20日又進行了第二次會談。1989年6月霍梅尼去世，伊朗政府中的強硬派勢力抬頭，降低了庫爾德民族主義與政府達成和解的可能。1989年7月13日，加塞姆盧及其歐洲代表噶德里·阿扎爾在維也納被人暗殺。調查顯示，伊朗情報部門捲入了這起暗殺事件。事後，奧地利政府向已經離境的兩名伊朗外交官發出了逮捕令。3年後，1992年9月18日，在柏林，加塞姆盧的繼任者穆罕默德·薩達克·沙夫坎尼又被暗殺，據說兇手同樣是奉了伊朗政府高官的命令。
接連發生的暗殺事件讓庫爾德民主黨陷入混亂，但也更加堅定了它透過非暴力方式尋求解決庫爾德問題，滿足庫爾德人要求的政治意願。