2020年6月24日，中國證監會公佈了兩份最新的處罰公告，全部都是針對獐子島公司的，一場關於“扇貝逃跑”的風波終於即將結束。中國證監會決定對獐子島公司進行書面警告，同時獐子島公司還需要支付60萬元作為罰款，其中15名涉案人員也將接受3萬元到30萬元的處罰。而公司的董事長吳厚剛和其餘三個主要人員則五年之內都不能進入市場。
但是根據記者的報道，獐子島公司對證監會提陳述環節提供的證據提出了很多質疑，多次與證監會發生爭辯，其中就含有獐子島公司對北斗導航系統的定位資料是否準確可靠的質疑。扇貝養殖可以進行海底儲存，而且捕捉情況也不容易被察覺，所以調查難度十分大。證監會就突發奇想，可以利用北斗導航系統來進行調查。
中國水產研究所、中科宇圖公司兩家公司協助證監會進行調查，分析北斗衛星的定位資料最紅髮現了獐子島公司的資料造假違法行為。據悉，獐子島公司登記的扇貝採捕區域和作業船隻實際的工作位置有很大的出入，所以獐子島公司對這類資料進行造假，可以有利於公司減少成本的登記和營業外支出。在獐子島記錄完成扇貝抽測的120個調查點位中，有60個點位抽測船航行路線其實並未經過。
透過對捕撈船隻的行進軌跡進行對比，我們可以發現獐子島公司對外公開的核銷區域，實際上很多已經進行過捕撈工作了。證監會針對獐子島公司提出的八點質疑進行了公示，例如中科宇圖公司的報告真實性並不可靠，把捕撈船隻的航行軌跡當作推測獐子島公司實際捕撈區域的依據，毫無證明力度，因此不能作為合法的證據證明獐子島公司的造假行為。
獐子島公司認為，中科宇圖公司沒有相關的測試資質，精準度也很低，所以捕撈船隻的狀態以及航行軌跡不能說明這些船隻沒有在進行採捕扇貝的工作。至於東海公司的報告，獐子島公司認為，公司採用的是捕魚作業的相關模型，而扇貝的捕捉工作與捕魚作業並不一樣。
證監會回應道，北斗衛星導航系統的準確性是毋庸置疑的，隨著最後一顆北斗三號衛星順利發射，中國自主建設的北斗導航系統已經全面完成，衛星監測資料是新的時空基準，可以應用於任何的捕撈作業的分析。其他兩個公司機構的報告也都真實可靠，所有流程都是證監會親自監督的，所以獐子島公司的申訴不具有可靠性。獐子島公司的扇貝出走鬧劇，正式結束，獐子島公司百口莫辯。