2020年6月24日，中国证监会公布了两份最新的处罚公告，全部都是针对獐子岛公司的，一场关于“扇贝逃跑”的风波终于即将结束。中国证监会决定对獐子岛公司进行书面警告，同时獐子岛公司还需要支付60万元作为罚款，其中15名涉案人员也将接受3万元到30万元的处罚。而公司的董事长吴厚刚和其余三个主要人员则五年之内都不能进入市场。
但是根据记者的报道，獐子岛公司对证监会提陈述环节提供的证据提出了很多质疑，多次与证监会发生争辩，其中就含有獐子岛公司对北斗导航系统的定位数据是否准确可靠的质疑。扇贝养殖可以进行海底储存，而且捕捉情况也不容易被察觉，所以调查难度十分大。证监会就突发奇想，可以利用北斗导航系统来进行调查。
中国水产研究所、中科宇图公司两家公司协助证监会进行调查，分析北斗卫星的定位数据最红发现了獐子岛公司的数据造假违法行为。据悉，獐子岛公司登记的扇贝采捕区域和作业船只实际的工作位置有很大的出入，所以獐子岛公司对这类数据进行造假，可以有利于公司减少成本的登记和营业外支出。在獐子岛记录完成扇贝抽测的120个调查点位中，有60个点位抽测船航行路线其实并未经过。
通过对捕捞船只的行进轨迹进行对比，我们可以发现獐子岛公司对外公开的核销区域，实际上很多已经进行过捕捞工作了。证监会针对獐子岛公司提出的八点质疑进行了公示，例如中科宇图公司的报告真实性并不可靠，把捕捞船只的航行轨迹当作推测獐子岛公司实际捕捞区域的依据，毫无证明力度，因此不能作为合法的证据证明獐子岛公司的造假行为。
獐子岛公司认为，中科宇图公司没有相关的测试资质，精准度也很低，所以捕捞船只的状态以及航行轨迹不能说明这些船只没有在进行采捕扇贝的工作。至于东海公司的报告，獐子岛公司认为，公司采用的是捕鱼作业的相关模型，而扇贝的捕捉工作与捕鱼作业并不一样。
证监会回应道，北斗卫星导航系统的准确性是毋庸置疑的，随着最后一颗北斗三号卫星顺利发射，中国自主建设的北斗导航系统已经全面完成，卫星监测数据是新的时空基准，可以应用于任何的捕捞作业的分析。其他两个公司机构的报告也都真实可靠，所有流程都是证监会亲自监督的，所以獐子岛公司的申诉不具有可靠性。獐子岛公司的扇贝出走闹剧，正式结束，獐子岛公司百口莫辩。