元末，中原地區戰爭頻繁，少林寺毀廢大半。寺院僧徒星散，少林武術的發展受到了影響。明太祖朱元璋在起兵初始曾得到過少林寺的幫助。明王朝建立後，寺院很快得到了恢復，從正德到天啟，明王朝不斷徵調少林僧兵，因而少林練武之風又驟然興起，達到了極盛。
一、少林棍法的流傳與發展
明代少林武僧不斷參與戰爭，由於交戰雙方搏鬥的需要，迫使少林武術更加註重實踐性。同時，這個時期的少林武術更進一步與軍中、民間不同的流派相融合，因此使少林武術的內容不斷增加，技法也日漸成熟與提高。那時的少林寺僧人以演練棍法者最多。
少林棍由於取材與攜帶方便，是寺僧演練時間最長的一種器械，源於何時至今無有定論，直至元時.會此術者甚眾。據《闡宗·紀略》載：“緊那羅之後，有喇嘛師者，似亦緊那羅之流亞。曾以經授淨堂，以拳棍授匾囤”。又據隆慶三年新昌王所撰《匾囤禪師行實碑》雲：匱囤師者。號無空。禹州陳氏子也，年逾二十，投少林寺，禮梵僧喇嘛為師”。又說：“嘉靖四十二年，至夔州江中，日‘道光無涯，逢人不盡’，登岸端坐而逝”。匾囤圓寂時年為嘉靖四十二年，這說明在至正嘉靖年間，少林棍已假託神傳而揚名於世。但其技並不完善、成熟。俞大猷在新建十方禪院，見《詩送少林寺憎宗擎有序》中說：“予昔聞河南少林寺，有神傳長劍技(大猷以棍為長劍，故稱棍術為劍術)嘉靖辛己(應為酉)歲(1561年)，自雲中奉命南征，取道至寺，主持僧叫精其技者，皆出凡聖之，予視其技已失古人真傳”。看後，他告訴時任主持方丈的小山和尚說：“此寺之劍技名天下。乃傳久而訛，真訣皆失矣。”小山和尚慨然說：“俞將軍，你是有名將領，請示以真訣。”俞大猷說：“眾僧願受指教。乃真訣習之需要很長一段時同演練.才能悟出其中真諦。”僧眾當即推薦年少有勇者，宗擎、普從隨軍南征。在軍營之中，俞大猷隨時教誨.二人出入營陣之中。一邊殺敵，一邊學武，進步很快。隨軍三年，二人不僅學到了高超的棍術，而且還習得驚人的輕功、搏擊等絕技。
然後謝俞，迴轉少林，將棍技傳授眾僧，所學者甚多，最精者近百人。後俞大猷又復授宗擎之劍(棍)經.(《劍經》是俞大猷所撰講棍法的專門著作)勉勵其要精益求精。從此俞大猷將軍的武技精華傳人少林，流傳至今。
俞大猷是明代一位卓有建樹的武術家和傑出的軍事家(1503年一1580年)，字志輔。號虛江，福建晉江人，與唐順之、明宗憲、戚繼光等為著名抗倭將領，而馳名於武林。劍法高超，鉤刀槍鈀洋樣精通，尤以棍法稱著於世，並對棍法理論作過精闢的研究。他擅長各類兵器，提出習練器械應以棍為主，棍理明瞭，即可通曉各類兵器。戚繼光的棍法曾受過大猷的指點和傳授。《劍經》是俞大猷寫成的有關棍法理論和技藝的專著，是武術遺產寶庫中著名經典著作之一。
據史料考證：當時少林著名的棍術高手有宗擎、昔從、洪紀、洪轉、宗岱、宗想、廣按等。除宗擎外，洪轉技法最為精湛，且槍法也很熟練。他曾著有《夢綠堂槍法》一卷傳於後世。洪轉又傳技於廣按。清初吳殳在其《手臂錄》卷四、《大棒說》中講“少林有一家棍法名目五虎攔，唯一打一揭而已。打必至地，揭必過腦，平平無奇，殆如農夫之墾土，然而久久致工，打揭得勢，則少林諸法，亦甚畏之，不可以平平而梘也”。這就是大猷傳於宗擎，宗擎傳於寺眾僧的長劍技。
俗家弟子程宗猷，字衝鬥，安徽休寧人。生於明嘉靖四十六年(1561年)，卒年不詳。是明代著名武術家之一。少年之時，即有志於疆場，凡聞名師，不論遠近都要前去拜訪。後習武居住少林10餘年，先師洪紀，再師洪轉。時年洪轉已80歲，但棍法神異，寺眾推尊，因其年老，宗猷習武多承宗想、宗岱，後經廣按(洪轉之高足)經常指點，開示神異，得其精髓。宗猷得其真傳後於萬曆四十四年(1616年)著《少林棍法闡宗》三卷，傳於世。天啟三年(1621年)寫成《蹶張心法》、《長槍法選》、《單刀法選》與《棍法闡宗》合刊更名《耕餘剝技》，成為《紀效新書》之後一部較完備的武術專著。他在《闡宗問答篇》中自稱“三分槍法，七分棍法”，又說“千打不如一紮”，這都是洪轉得其舊傳，又熟習槍法改編所致，兼槍帶棍乃為棍法中的姣姣者。此外，洪紀曾傳棍法於石電(石敬巖)，石電又傳吳殳等。
二、少林槍法的流傳與發展
各類槍法逐漸傳於少林後，歷代都曾出現了許多熟習槍法的高手僧人，至明時以槍法見長的洪轉結合少林棍術、槍術，創“槍棍術”。傳劉德長，劉德長又傳洪紀及石敬巖，石敬巖又傳吳殳。時劉德長人稱“槍法近祖”授徒甚多，得其精藝者數洪紀、石敬巖、王官、韓二公子、韓來子、韓晶宇等。
明嘉靖、萬曆年間著名武術家劉德長，幼時入少林寺為僧隨洪轉習少林槍棍法，自覺武藝不精，乃出寺遍遊天下，而後武藝精進，槍技特絕。後受朝廷召聘脫去僧衣至軍中助陣，由軍功授職遊擊將軍。巡府韓晶宇曾拜師學藝，後請至家中，教韓二公子與眾部將習槍法。萬曆年問洪紀與石敬巖至真定前去拜見劉德長。洪紀自持在寺內功夫第一，要與劉較槍技，洪紀手中棍被劉撥去，遂於石敬巖拜劉德長為師，受劉指點，二人苦練搶法二年，技藝均精。
石敬巖祖籍常熟，先世為元朝大臣，入明後淪為貧戶。後入少林隨洪紀學習棍法、槍法，得德長指點後，領悟獨高，後為明代著名武術家。崇禎六年(1634年)沈萃楨備兵江蘇婁縣太倉、崑山，下聘書召石敬巖及少林僧人洪紀、洪信等前往訓練士卒，石敬巖與曹蘭亭、趙英及少林僧人洪紀、洪信應聘前往。在崑山二年，石與洪紀、洪信等傳槍法及拳、棍、刀諸藝於吳殳、夏君宣、夏玉如、陸稃亭等。後石敬巖與洪紀隨將兵出戰，洪紀因單兵遠追。遇群敵，圓援兵不至，寡不敵眾而戰死，石敬巖則中埋伏而戰死。石敬巖精其槍法、曾刨“石家槍派”。其弟子吳殳成為明末清初著名武術家。吳殳(1611年——1695年)又名喬、字慘令。號淪浪子，江蘇太倉人，後改籍崑山。崇禎六年(1634年)從石敬巖、洪紀學習槍法二年，後按程宗猷(耕餘剩技)習槍、刀諸藝達10多年，繼後又師天都少俠項元池(安徽人)習雙刀秘法。明亡“心如死灰”，直至順治
十八年(1661年)乃援筆作《石敬巖槍法記》、《石家槍法源沉述》，意在存其失忘。
三、少林武術在日本的流傳與發展
明王朝建立後.中日不斷派使者往還。與此同時，兩國之間的畫家、醫生、學者、僧侶也開始不斷往來，促進了兩國之間的文化交流。
據史載：明嘉靖隆慶年間(1619年)(一說天啟元年1621年)陳元贊隨使節浙江道單風翔東渡日本。1625年寓居江戶(東京)國昌寺，開始廣招門徒.傳授少林拳法。
陳元贊(1687—1671年).字羲都，號既白山人。生於浙江杭州，祖籍河南禹州。少時因進士落第。回家鄉至少林寺習武多年，善於少林五拳，摔跤之法，著有《萬法全書》繪圖本一書。陳到日本後。先在名古屋做尾張藩主德川義直的門客，後移居江戶國正寺收徒授拳。陳元贊在日傳拳授藝的門徒中，以礬貝茨郎，三蒲義辰，福野正夫等學習最為劉苦勤奮，其後他們三人成為“日本中古柔術之祖，在日本各地傳授，影響很大。並稱為福野流，三蒲流、礬貝流(日本的“流”，即為中國的派)，逐漸形成了他們稱之謂的“起倒流柔術”。所以日本人至今仍稱陳元贊為“起倒流柔術”之始祖。
據日本安永年問(1772一1780年)所立的東京愛巖山起倒流拳法碑記載：“拳法自有傳也，自投化明人陳元贊而起”。日本掌秘一書亦稱：“福野等三人，從陳元贊學得其術，是即起倒流。”日本起倒流和古武道研究會在東京立碑，碑文有“拳法之有傳也。自投化明人陳元贊而起”。原善《先哲叢談、陳元齎傳》稱“此邦拳法，以元贅為開祖矣。”中國臺灣省學者，東海大學教授粱容在《陳元贊評傳》中說：“元贊寓居國正(昌)寺時，福野等三人寓同寺。元贊授予之武術，三人苦心研究，遂通蘊奧，遍傳各地，屢有改進，漸與日本之固有柔術相結合，形成新的流派。”贊氏還考證確認，日本的“當身”、“活殺”之術皆為元贊所傳。
今天日本的柔道術就是在陳元贊起倒流術基礎上集各派之長髮展起來的。據日本講道館學員、柔道九段山下義韶在《講道館之演革》中說：嘉納治五郎以本人所習之“天神真揚流”、“起倒流”.集合各家之長，創為日本現行的柔道。並說“起倒流”即將對手投倒於地下，以制其自由為主技術。嘉納治五郎(1860—1938年)被稱為日本“柔道之父”，亦是著名的教育家。他早年曾多方拜師訪友，求教柔術各流派之長，同時吸收了陳元贊所傳的中國摔法(日本人稱作“直倒流”)，對柔道的內容和形式不斷改革，1882年形成了一套完整的，後來被推向世界的柔道術。日本柔道的形成和發展，嘉納的功績很大，但與陳元贊在日傳授拳術和捧跤等法是分不開的。
四、少林武僧平倭寇
少林武僧在明代抗倭戰爭中屢立戰功，功績卓著，這在《上海掌故叢書·吳淞甲乙倭變志》、《目知錄》、《雲問雜誌》中均有記載。
據《雲間雜誌》：癸丑元月(1553年)，月空接到都督萬表檄文，與自然率少林應募武僧30餘名赴松江抗倭。傍賊結營，一賊舞雙刀而來，月空坐不動。將至，身忽躍起，從賊頂過，以鐵棍擊碎賊首。
又見《上海掌故叢書·吳淞甲乙倭變志》嘉靖癸丑(1553年)六月，官兵戰倭於南匯，僧兵四人死亡。時倭方住白沙浮，都司韓璽率各路兵及僧兵御之，大戰斬賊百餘。賊隊有賊人穿紅衣舞刀而來。領兵僧月空和尚遍視諸僧，皆失色。獨一侶名智囊，神色不動，即遣拒之。兵始交，智囊僧提一鐵棍，一築躍過紅衣倭左，隨一棍落，其一刀賊復滾轉，又落其一刀，倭應手而斃。群賊一看首領既死，便都跪倒乞求饒命，餘者四散逃走，只有了心、徹堂、一峰、真元四僧乘勝深入被害。
又見顧炎武《日知錄》載：嘉靖中少林僧月空受都督萬表檄文，御倭於松江。其徒30餘人，自為部伍，持鐵棒擊殺倭寇甚眾，皆戰死。
甲寅(1554年)二月六日，官兵戰葉謝、馬家浜諸地，僧兵衝鋒頗多斬獲，因援兵不繼，而且對當地地形地勢又不熟悉，前進衝殺.陷於敵人埋伏重圍。大有、西堂、天移、古峰等21僧戰死。
乙卯(1555年)十月，浙江提督率浙江諸路兵進剿陶宅倭寇，少林僧兵為前隊，直至倭寇門前，掄棍進去破敵，遇者即倒，傾刻之間，倭寇死之很多。然而，倭寇將先前擊敗殘兵的服裝和器械，穿在身上扮作我官兵，忽從後面大聲喊叫著混殺而來。僧兵不知，以為是我兵接應，然倭兵巳近身前，殺死僧兵很多，韁屍滿田野，見者無不涕淚。事後僧兵屍骨，朝廷都給以建塔。
據史載：少林武憎邊澄、三奇、友公也曾多次參加抗倭及赴雲南等邊關鎮守。明正德六年(1511年)自京師至江淮楚蜀間，出現許多叛賊，山東最為嚴重。三奇應召被朝廷敕名為“天下對手教會武僧”。嘉靖二十七年(1548年)六月建造的《友公、三奇和尚塔銘》中，記載了三奇和尚率僧俗徒眾1000餘人。分佈於河南、山東、直隸等省、鎮守邊防要害。因他作戰有功，正德皇帝封他為提都，後又命他統徵雲南，平息18寨叛蠻。
據史料載：小三和尚時任少林方丈之時，曾三次應召掛帥出征，朝廷賜給少林放杆與石獅，石獅與旗杆座礎至今仍立於寺前。
據史載：明代少林武僧參加平倭、保邊等戰事者不下數百人，有其姓名者寥寥無幾，只有：大造化、月空、天池、一舟、玉田、太虛、性空、東明、古泉、大用、碧溪、智攜、大有、西堂、天移、古峰、了心、徹堂、一峰、真元、孤舟、天真、元極、天元等。
明代少林武僧除平諉者外有名可考的有悟須(匾囤)、周友、周參、洪轉、洪紀、洪信、劉德長、普從、普使、廣按、宗擎、宗想、宗岱、道宗、道法、慶盤、慶餘、同賀、鉉清等。這些人名散見於隆慶三年杜奕匾圈禪師行實碑。碑文中載：悟須號匾囤曾救人於苗夷中，苗夷人尊為神。又載：悟須應聘調徵雲南，僧俗徒眾千餘，其中38位功績卓著。嘉靖二十七年友公三奇和尚塔銘中載：周友曾應調雲南。帶僧俗眾1000餘人徵蠻。萬曆三年(1575)(公竺方和尚塔銘)中載：周參，嘉靖中率僧50人，應調徵師尚詔。《天啟乙丑使公塔銘》中載：普使征戰有功。康熙十六年(1677年)焦欽寵《凝然改公禪師碑》間隙處刻有閣部揚恩昌提督，奉旨征討山西、潮廣、河南等地方。提取少林寺武僧守備遭宗、道法、慶盤、慶餘、同賀、鉉清等。
明朝從洪武到祟禎260年間，少林武術名僧及俗家弟子高手眾多。寺僧多次參與戰事，不僅使少林武術的技擊與實用性功能得到了考驗與提高。而且對少林武術的理論化、系統化，套路化的完善與成熟起到了推動和促進作用，使少林武術得以在全國廣泛的傳播，是少林武術發展史上的一個重要時期。