元末，中原地区战争频繁，少林寺毁废大半。寺院僧徒星散，少林武术的发展受到了影响。明太祖朱元璋在起兵初始曾得到过少林寺的帮助。明王朝建立后，寺院很快得到了恢复，从正德到天启，明王朝不断征调少林僧兵，因而少林练武之风又骤然兴起，达到了极盛。
一、少林棍法的流传与发展
明代少林武僧不断参与战争，由于交战双方搏斗的需要，迫使少林武术更加注重实践性。同时，这个时期的少林武术更进一步与军中、民间不同的流派相融合，因此使少林武术的内容不断增加，技法也日渐成熟与提高。那时的少林寺僧人以演练棍法者最多。
少林棍由于取材与携带方便，是寺僧演练时间最长的一种器械，源于何时至今无有定论，直至元时.会此术者甚众。据《阐宗·纪略》载：“紧那罗之后，有喇嘛师者，似亦紧那罗之流亚。曾以经授净堂，以拳棍授匾囤”。又据隆庆三年新昌王所撰《匾囤禅师行实碑》云：匮囤师者。号无空。禹州陈氏子也，年逾二十，投少林寺，礼梵僧喇嘛为师”。又说：“嘉靖四十二年，至夔州江中，日‘道光无涯，逢人不尽’，登岸端坐而逝”。匾囤圆寂时年为嘉靖四十二年，这说明在至正嘉靖年间，少林棍已假托神传而扬名于世。但其技并不完善、成熟。俞大猷在新建十方禅院，见《诗送少林寺憎宗擎有序》中说：“予昔闻河南少林寺，有神传长剑技(大猷以棍为长剑，故称棍术为剑术)嘉靖辛己(应为酉)岁(1561年)，自云中奉命南征，取道至寺，主持僧叫精其技者，皆出凡圣之，予视其技已失古人真传”。看后，他告诉时任主持方丈的小山和尚说：“此寺之剑技名天下。乃传久而讹，真诀皆失矣。”小山和尚慨然说：“俞将军，你是有名将领，请示以真诀。”俞大猷说：“众僧愿受指教。乃真诀习之需要很长一段时同演练.才能悟出其中真谛。”僧众当即推荐年少有勇者，宗擎、普从随军南征。在军营之中，俞大猷随时教诲.二人出入营阵之中。一边杀敌，一边学武，进步很快。随军三年，二人不仅学到了高超的棍术，而且还习得惊人的轻功、搏击等绝技。
然后谢俞，回转少林，将棍技传授众僧，所学者甚多，最精者近百人。后俞大猷又复授宗擎之剑(棍)经.(《剑经》是俞大猷所撰讲棍法的专门著作)勉励其要精益求精。从此俞大猷将军的武技精华传人少林，流传至今。
俞大猷是明代一位卓有建树的武术家和杰出的军事家(1503年一1580年)，字志辅。号虚江，福建晋江人，与唐顺之、明宗宪、戚继光等为著名抗倭将领，而驰名于武林。剑法高超，钩刀枪钯洋样精通，尤以棍法称著于世，并对棍法理论作过精辟的研究。他擅长各类兵器，提出习练器械应以棍为主，棍理明了，即可通晓各类兵器。戚继光的棍法曾受过大猷的指点和传授。《剑经》是俞大猷写成的有关棍法理论和技艺的专著，是武术遗产宝库中著名经典著作之一。
据史料考证：当时少林著名的棍术高手有宗擎、昔从、洪纪、洪转、宗岱、宗想、广按等。除宗擎外，洪转技法最为精湛，且枪法也很熟练。他曾著有《梦绿堂枪法》一卷传于后世。洪转又传技于广按。清初吴殳在其《手臂录》卷四、《大棒说》中讲“少林有一家棍法名目五虎拦，唯一打一揭而已。打必至地，揭必过脑，平平无奇，殆如农夫之垦土，然而久久致工，打揭得势，则少林诸法，亦甚畏之，不可以平平而枧也”。这就是大猷传于宗擎，宗擎传于寺众僧的长剑技。
俗家弟子程宗猷，字冲斗，安徽休宁人。生于明嘉靖四十六年(1561年)，卒年不详。是明代著名武术家之一。少年之时，即有志于疆场，凡闻名师，不论远近都要前去拜访。后习武居住少林10余年，先师洪纪，再师洪转。时年洪转已80岁，但棍法神异，寺众推尊，因其年老，宗猷习武多承宗想、宗岱，后经广按(洪转之高足)经常指点，开示神异，得其精髓。宗猷得其真传后于万历四十四年(1616年)著《少林棍法阐宗》三卷，传于世。天启三年(1621年)写成《蹶张心法》、《长枪法选》、《单刀法选》与《棍法阐宗》合刊更名《耕余剥技》，成为《纪效新书》之后一部较完备的武术专著。他在《阐宗问答篇》中自称“三分枪法，七分棍法”，又说“千打不如一扎”，这都是洪转得其旧传，又熟习枪法改编所致，兼枪带棍乃为棍法中的姣姣者。此外，洪纪曾传棍法于石电(石敬岩)，石电又传吴殳等。
二、少林枪法的流传与发展
各类枪法逐渐传于少林后，历代都曾出现了许多熟习枪法的高手僧人，至明时以枪法见长的洪转结合少林棍术、枪术，创“枪棍术”。传刘德长，刘德长又传洪纪及石敬岩，石敬岩又传吴殳。时刘德长人称“枪法近祖”授徒甚多，得其精艺者数洪纪、石敬岩、王官、韩二公子、韩来子、韩晶宇等。
明嘉靖、万历年间著名武术家刘德长，幼时入少林寺为僧随洪转习少林枪棍法，自觉武艺不精，乃出寺遍游天下，而后武艺精进，枪技特绝。后受朝廷召聘脱去僧衣至军中助阵，由军功授职游击将军。巡府韩晶宇曾拜师学艺，后请至家中，教韩二公子与众部将习枪法。万历年问洪纪与石敬岩至真定前去拜见刘德长。洪纪自持在寺内功夫第一，要与刘较枪技，洪纪手中棍被刘拨去，遂于石敬岩拜刘德长为师，受刘指点，二人苦练抢法二年，技艺均精。
石敬岩祖籍常熟，先世为元朝大臣，入明后沦为贫户。后入少林随洪纪学习棍法、枪法，得德长指点后，领悟独高，后为明代著名武术家。崇祯六年(1634年)沈萃桢备兵江苏娄县太仓、昆山，下聘书召石敬岩及少林僧人洪纪、洪信等前往训练士卒，石敬岩与曹兰亭、赵英及少林僧人洪纪、洪信应聘前往。在昆山二年，石与洪纪、洪信等传枪法及拳、棍、刀诸艺于吴殳、夏君宣、夏玉如、陆稃亭等。后石敬岩与洪纪随将兵出战，洪纪因单兵远追。遇群敌，圆援兵不至，寡不敌众而战死，石敬岩则中埋伏而战死。石敬岩精其枪法、曾刨“石家枪派”。其弟子吴殳成为明末清初著名武术家。吴殳(1611年——1695年)又名乔、字惨令。号沦浪子，江苏太仓人，后改籍昆山。崇祯六年(1634年)从石敬岩、洪纪学习枪法二年，后按程宗猷(耕余剩技)习枪、刀诸艺达10多年，继后又师天都少侠项元池(安徽人)习双刀秘法。明亡“心如死灰”，直至顺治
十八年(1661年)乃援笔作《石敬岩枪法记》、《石家枪法源沉述》，意在存其失忘。
三、少林武术在日本的流传与发展
明王朝建立后.中日不断派使者往还。与此同时，两国之间的画家、医生、学者、僧侣也开始不断往来，促进了两国之间的文化交流。
据史载：明嘉靖隆庆年间(1619年)(一说天启元年1621年)陈元赞随使节浙江道单风翔东渡日本。1625年寓居江户(东京)国昌寺，开始广招门徒.传授少林拳法。
陈元赞(1687—1671年).字羲都，号既白山人。生于浙江杭州，祖籍河南禹州。少时因进士落第。回家乡至少林寺习武多年，善于少林五拳，摔跤之法，著有《万法全书》绘图本一书。陈到日本后。先在名古屋做尾张藩主德川义直的门客，后移居江户国正寺收徒授拳。陈元赞在日传拳授艺的门徒中，以矾贝茨郎，三蒲义辰，福野正夫等学习最为刘苦勤奋，其后他们三人成为“日本中古柔术之祖，在日本各地传授，影响很大。并称为福野流，三蒲流、矾贝流(日本的“流”，即为中国的派)，逐渐形成了他们称之谓的“起倒流柔术”。所以日本人至今仍称陈元赞为“起倒流柔术”之始祖。
据日本安永年问(1772一1780年)所立的东京爱岩山起倒流拳法碑记载：“拳法自有传也，自投化明人陈元赞而起”。日本掌秘一书亦称：“福野等三人，从陈元赞学得其术，是即起倒流。”日本起倒流和古武道研究会在东京立碑，碑文有“拳法之有传也。自投化明人陈元赞而起”。原善《先哲丛谈、陈元赍传》称“此邦拳法，以元赘为开祖矣。”中国台湾省学者，东海大学教授粱容在《陈元赞评传》中说：“元赞寓居国正(昌)寺时，福野等三人寓同寺。元赞授予之武术，三人苦心研究，遂通蕴奥，遍传各地，屡有改进，渐与日本之固有柔术相结合，形成新的流派。”赞氏还考证确认，日本的“当身”、“活杀”之术皆为元赞所传。
今天日本的柔道术就是在陈元赞起倒流术基础上集各派之长发展起来的。据日本讲道馆学员、柔道九段山下义韶在《讲道馆之演革》中说：嘉纳治五郎以本人所习之“天神真扬流”、“起倒流”.集合各家之长，创为日本现行的柔道。并说“起倒流”即将对手投倒于地下，以制其自由为主技术。嘉纳治五郎(1860—1938年)被称为日本“柔道之父”，亦是著名的教育家。他早年曾多方拜师访友，求教柔术各流派之长，同时吸收了陈元赞所传的中国摔法(日本人称作“直倒流”)，对柔道的内容和形式不断改革，1882年形成了一套完整的，后来被推向世界的柔道术。日本柔道的形成和发展，嘉纳的功绩很大，但与陈元赞在日传授拳术和捧跤等法是分不开的。
四、少林武僧平倭寇
少林武僧在明代抗倭战争中屡立战功，功绩卓著，这在《上海掌故丛书·吴淞甲乙倭变志》、《目知录》、《云问杂志》中均有记载。
据《云间杂志》：癸丑元月(1553年)，月空接到都督万表檄文，与自然率少林应募武僧30余名赴松江抗倭。傍贼结营，一贼舞双刀而来，月空坐不动。将至，身忽跃起，从贼顶过，以铁棍击碎贼首。
又见《上海掌故丛书·吴淞甲乙倭变志》嘉靖癸丑(1553年)六月，官兵战倭于南汇，僧兵四人死亡。时倭方住白沙浮，都司韩玺率各路兵及僧兵御之，大战斩贼百余。贼队有贼人穿红衣舞刀而来。领兵僧月空和尚遍视诸僧，皆失色。独一侣名智囊，神色不动，即遣拒之。兵始交，智囊僧提一铁棍，一筑跃过红衣倭左，随一棍落，其一刀贼复滚转，又落其一刀，倭应手而毙。群贼一看首领既死，便都跪倒乞求饶命，余者四散逃走，只有了心、彻堂、一峰、真元四僧乘胜深入被害。
又见顾炎武《日知录》载：嘉靖中少林僧月空受都督万表檄文，御倭于松江。其徒30余人，自为部伍，持铁棒击杀倭寇甚众，皆战死。
甲寅(1554年)二月六日，官兵战叶谢、马家浜诸地，僧兵冲锋颇多斩获，因援兵不继，而且对当地地形地势又不熟悉，前进冲杀.陷于敌人埋伏重围。大有、西堂、天移、古峰等21僧战死。
乙卯(1555年)十月，浙江提督率浙江诸路兵进剿陶宅倭寇，少林僧兵为前队，直至倭寇门前，抡棍进去破敌，遇者即倒，倾刻之间，倭寇死之很多。然而，倭寇将先前击败残兵的服装和器械，穿在身上扮作我官兵，忽从后面大声喊叫着混杀而来。僧兵不知，以为是我兵接应，然倭兵巳近身前，杀死僧兵很多，缰尸满田野，见者无不涕泪。事后僧兵尸骨，朝廷都给以建塔。
据史载：少林武憎边澄、三奇、友公也曾多次参加抗倭及赴云南等边关镇守。明正德六年(1511年)自京师至江淮楚蜀间，出现许多叛贼，山东最为严重。三奇应召被朝廷敕名为“天下对手教会武僧”。嘉靖二十七年(1548年)六月建造的《友公、三奇和尚塔铭》中，记载了三奇和尚率僧俗徒众1000余人。分布于河南、山东、直隶等省、镇守边防要害。因他作战有功，正德皇帝封他为提都，后又命他统征云南，平息18寨叛蛮。
据史料载：小三和尚时任少林方丈之时，曾三次应召挂帅出征，朝廷赐给少林放杆与石狮，石狮与旗杆座础至今仍立于寺前。
据史载：明代少林武僧参加平倭、保边等战事者不下数百人，有其姓名者寥寥无几，只有：大造化、月空、天池、一舟、玉田、太虚、性空、东明、古泉、大用、碧溪、智携、大有、西堂、天移、古峰、了心、彻堂、一峰、真元、孤舟、天真、元极、天元等。
明代少林武僧除平诿者外有名可考的有悟须(匾囤)、周友、周参、洪转、洪纪、洪信、刘德长、普从、普使、广按、宗擎、宗想、宗岱、道宗、道法、庆盘、庆余、同贺、铉清等。这些人名散见于隆庆三年杜奕匾圈禅师行实碑。碑文中载：悟须号匾囤曾救人于苗夷中，苗夷人尊为神。又载：悟须应聘调征云南，僧俗徒众千余，其中38位功绩卓著。嘉靖二十七年友公三奇和尚塔铭中载：周友曾应调云南。带僧俗众1000余人征蛮。万历三年(1575)(公竺方和尚塔铭)中载：周参，嘉靖中率僧50人，应调征师尚诏。《天启乙丑使公塔铭》中载：普使征战有功。康熙十六年(1677年)焦钦宠《凝然改公禅师碑》间隙处刻有阁部扬恩昌提督，奉旨征讨山西、潮广、河南等地方。提取少林寺武僧守备遭宗、道法、庆盘、庆余、同贺、铉清等。
明朝从洪武到祟祯260年间，少林武术名僧及俗家弟子高手众多。寺僧多次参与战事，不仅使少林武术的技击与实用性功能得到了考验与提高。而且对少林武术的理论化、系统化，套路化的完善与成熟起到了推动和促进作用，使少林武术得以在全国广泛的传播，是少林武术发展史上的一个重要时期。