阿古柏名叫穆罕默德·雅霍甫，阿古柏是其汉名，他被中国人称为"中亚屠夫"，是中亚浩罕汗国将领。
趁着新疆民乱且清廷鞭长莫及的机会，阿古柏在沙俄以及英国的幕后支持下，于1865年至1877年率军入侵中国新疆，史称"阿古柏之乱"。
阿古柏占据回疆后，建立了政教合一的哲德沙尔汗国。1867年，阿古柏废除哲德沙尔汗国，改为毕杜勒特汗国，又称"洪福汗国"，自封埃米尔。
阿古柏的实力
阿古柏侵占新疆时，整个新疆人口也才一百多万，而阿古柏对占领区实行残酷统治，动辄屠城，实行高税、高压统治，当地民众非常不满。所以阿古柏的军队有不少都是浩罕汗国过来的，凑一凑也才四五万人，再怎么扯也扯不到百万。
人数虽然不是很多，但装备却是不差。阿古柏的军队步兵、骑兵、炮兵齐全，武器主要由英国还有奥斯曼提供。英国人是卖的，而奥斯曼则是给的，这个西亚病夫一听说有个伊斯兰汗国建立了，高兴地不得了，送来了大批武器。
清军的准备
经过多方努力，左宗棠成功说服清廷出兵，接着又费尽心思筹齐了军费、转运、物资、弹药等等，再下一步，就是准备出兵了。
1875夏，左宗棠在兰州军事会议，商讨作战计划。会上，左宗棠与刘锦棠两人确定战略方针为“先北后南，缓进速战”。先收复地势高、土地肥沃的北疆，居高临下压制南疆，并就地解决军需问题。另一方面不动则已，动则迅速毙敌，一定要避免久攻不下的情况。
开战
1876年2月，各路大军陆续向肃州集结，主要有道员刘锦棠部、乌鲁木齐都统金顺部和广东陆路提督张曜部，总兵力约六七万人，由刘锦棠总理行营营务。
1876年4月上旬，左宗棠由兰州移驻肃州(今甘肃酒泉)，此时西征军先锋已进抵新疆哈密、巴里坤和古城一带。阿古柏闻讯，以马人得、白彦虎等人防守乌鲁木齐等北疆要地，阻击清军，一部兵力守胜金台、辟展一线，防清军从天山南麓进攻。主力2.7万人部署在达坂城、吐鲁番和托克逊。
六月初，刘锦棠率部抵古城，会合金顺部,于八日进扎阜康。阜康南部的古牧地是通往乌鲁木齐的咽喉，白彦虎在此派兵拒守。
但刘锦棠、金顺在大路上佯装行军，实则沿小路偷袭黄田，于六月二十四日包围古牧地。二十八日，清军破城，全歼守军数千人。
二十九日，清军向乌鲁木齐急行军，白彦虎等人弃城南逃。此后三月，
刘锦棠和
金顺率军西进，连克昌吉、呼图壁、玛纳斯。至11月上旬，清军攻克玛纳斯南城，平定了整个北疆地区。
时临冬季，大雪封山，清军就地休整筹粮，以待再战。
清军能够如此迅速收复北疆，原因也很简单，就是那个说烂了的词——人心，阿古柏在新疆横征暴敛，人心早已离散，而左宗棠则边剿边抚，并设立专门机构处理善后事宜，重建满目疮痍的回疆大地。
再次开战
清军一直休整到1877年4月，当月14日，刘锦棠率军自乌鲁木齐南下，16日抵达柴窝堡，此地距达坂城仅40公里。
经过侦查，刘锦棠发现达坂城守军居然毫无防备，清军于是趁着夜色掩护，在一夜之间包围了达坂城。
次日清晨，敌军终于发现自己陷入了包围，立即对清军进行射击，甚至击杀了正在巡视部队的刘锦棠的坐骑。然而清军围而不攻，敌军连续3天敌军无法突围，前来营救的阿古柏次子海古拉的部队也被清军击退。
20日，清军炮击达坂城，正好打中敌军弹药库，敌军不明就里，一时间陷入混乱。清军趁机发起进攻，大败敌军，歼敌2000余人，取得达坂城大捷。
攻克达坂城后，刘锦棠对俘获的敌军进行了甄别，其中附从的土尔扈特人和维吾尔人被释放，但是回去后他们却被阿古柏处决令。这一消息传出，南疆各地更加对阿古柏离心离德，或向清军出降，或逃亡喀什噶尔，阿古柏根本难以约束。
兵贵神速，4月24日，刘锦棠率大军开拔，兵锋直指托克逊。
海古拉见事态不妙，立即抛下吐鲁番和托克逊守军逃跑了。托克逊守军没了主帅，不战自乱，竟开始在周边随意劫掠。
刘锦棠自从托克逊逃离出来的维吾尔族人口中知晓这些事情，立即挥师疾行，在托克逊城下与敌乱军展开遭遇战。4月26日，激战结束，清军毙敌2000多人，迫降20000多人，而自己则只伤亡92人。
同日，清军东路军进抵吐鲁番，吐鲁番守将马人得率部投降。
至此，阿古柏调集近三万大军把守，认为万无一失的达坂城——托克逊——吐鲁番防线土崩瓦解。由此，阿古柏失去了天山屏障，南疆门户洞开，光复全疆只是时间问题了。
意外之事
在经过此一番决战后，由于减员、粮草以及火洲吐鲁番的气温影响，清军再次驻扎休整，这次预定休整到9月再行进军。
不过，令人始料未及的是，在清军休整的时候，1877年5月末，阿古柏突然死了。对此，《清史稿》记载为绝望中饮毒酒自杀。不过他为什么要等到一个月后才感到绝望，那就是他的事了，反正早死晚死他都是死。
阿古柏死后，他的儿子们果断展开了内战，一直打到八月份，清军则一直在旁观他们的垂死挣扎。
10月，刘锦棠部征战1000余公里，以破竹之势收复南疆东四城喀喇沙尔、库车、阿克苏和乌什、南疆西四城叶尔羌、英吉沙尔、和田和喀什噶尔。
随后，左宗棠积极部署进军伊犁，沙俄最终同意归还伊犁地区，但由于清政府的懦弱，沙俄夺取了西北几片土地。