选择北大医学部比较好
尽管清华大学和北京大学都是我国高等院校中顶尖级大学，在海内外都具有绝对的影响力，也是中国高等院校中最著名的大学，是教育部直属的985工程大学，211工程大学，双一流建设大学，从综合实力角度来讲，清华大学的综合实力要比北京大学的综合实力强大一些，但是，从临床医学专业的角度进行比较，北京大学的临床医学专业在全国排在第4名，清华大学的临床医学专业在全国开设本专业的137所大学里排在B /137的位置，虽然具有非常鲜明的专业特色和相当强大的专业实力，但是整体来讲，还是要逊色于北京大学的临床医学专业的。
协和总感觉比北医更强点
北大医学院不用说国内整体前五水平，国内老牌医科，基础学科培养跟北大其他学校同步，本科培养还是数一数二，八年制也不错，协和医学院目前跟清华合作，也就说基础教育跟清华学生在一起上课，见习实习再到协和，以前北大医学院基础教育培养更好现在协和跟清华合作基础教育这块由清华培养，补上了，说实话协和总感觉比北医更强点毕竟背后有个庞大的协和系，就是协和医学院，中国医学科学院组成的，拥有中国最好的综合医院协和医院，分数差距不大，都在清华北大最低划线上，八年制分数略高。
协和的分数更高，难度要大些
协和医学院不招临床的本科，唯一的本科只有护理学。如果想去协和学临床，只能考清华医学院或者生物学院，后续才有可能到协和完成硕博培养。但是清华的这两个学院分数非常之高，过线很多，难度很大。相比而言北大医学部分数要略低，但品质也不会比协和差很多，同样属于国内顶级医学殿堂。综上所述，如果你是本省前五十考生，大可以放心选择协和医学院；如果成绩处于本省三百以内，北大、复旦、上交的医学院(部)也可放心报考；如果一千以内的话，四川大学、湖南大学的医学院也可以录取；再低的话就自行选择吧。
小编总结
北京大学医学部原来是北京医科大学，主要面对本科层次教育，同时担任硕士博士教育，是国内有名的医学院校，曾是卫生部直属，与北京大学合并后直属教育部。
协和医学院以前是中国协和医科大学，主要是培养医学高层次人才，现在是北京协和医学院，是目前唯一直属卫健委。
如果是本科层次的，建议选择北京大学医学部，如果是硕博高层次的，可以选择北京协和医学院，但是北京协和医学院招生人数较少。