杀菌剂之间能否混用及杀菌剂与其他药剂能否混用取决于药剂作用机理、内吸传导性、防治对象的互补性，药剂混合后有无拮抗作用，混剂储存过程中及配制的药液理化性能是否稳定，对非靶标生物是否安全等。
配制一种杀菌剂的药液后加入另一种杀菌剂或其他农药（杀虫剂、植物生长调节剂）或肥料，如果出现絮状沉淀或出现变色、分层、鼓气泡等现象，说明杀菌剂不能与这些农药或肥料混用。混剂或混用通常有以下三种方式：
1、保护性与内吸性杀菌剂混合使用。例如，精甲霜灵 代森锰锌、霜脲氰 代森锰锌、烯酰吗啉 代森锰锌、噁唑菌酮 代森锰锌提供内外双重保护，即广谱性的保护性杀菌剂代森锰锌在植物表面杀死分生孢子（或游动孢子）减少病菌侵入植物组织，从而起到预防发病作用，而精甲霜灵、霜脲氰、烯酰吗啉、噁唑菌酮可被植物组织吸收，抑制已侵入植物组织的病菌萌发的分生孢子（或休止孢）芽管伸长或附着孢生长、菌丝生长，从而起到治疗作用。这种模式的混用往往有增效作用，同时扩大杀菌谱，这也是应用最多的混用方式。
2、不同作用机理或作用方式的杀菌剂混合使用。如吡唑醚菌酯、嘧菌酯等QoI类杀菌剂为呼吸作用抑制剂，对孢子萌发具有较强抑制作用，与苯醚甲环唑、咯菌腈、啶菌恶唑等菌丝生长抑制剂混用也可起到增效作用。
3、相同作用机理的药剂混合使用。例如苯醚甲环唑和丙环唑均为病原真菌甾醇生物合成抑制剂，苯醚甲环唑 丙环唑制成的混剂30%爱苗悬浮剂是利用丙环唑和苯醚甲环唑在速效性上的互补性而配制的；多菌灵和乙霉威均为病原真菌有丝分裂抑制剂，影响有丝分裂所必需的纺锤丝中微管蛋白的合成，多菌灵 乙霉威配制成的50%万霉灵可湿性粉剂是利用多菌灵与乙霉威之间存在着负交互抗性关系而配制的。相对以上两种情况，这类混剂的使用比较少见。
需要使用混剂或混用的几种情况
1、杀虫剂与杀菌剂现混现用。有时在一个作物上同时发生一种以上病害，需要喷施两种不同的杀菌剂，有时还会病虫并发，需要喷施杀菌剂、杀虫剂，为节省喷药次数，将两种杀菌剂或将杀菌剂与杀虫剂混合使用也未尝不可。例如，在保护地栽培的黄瓜上常常同时发生粉虱或蚜虫和霜霉病、灰霉病等，通常将防治粉虱或蚜虫的药剂（吡虫啉）与防治霜霉病的药剂（精甲霜灵·代森锰锌）或防治灰霉病的药剂（异菌脲、烟酰胺、咯菌腈等）混用。在保护地栽培的作物上也会同时发生粉虱和叶霉病、灰霉病、晚疫病等，可将杀虫剂与杀菌剂现混现用。
2、杀菌剂与植物生长促进剂混用。为了达到防病的目的或增强植株抗病性，促进植物生长或培育壮苗，也可将杀菌剂与植物生长促进剂混用。例如菜农普遍将生长素2，4-D与防治灰霉病的杀菌剂（咯菌腈、嘧霉胺等）混合后涂抹番茄花蕾（或称蘸花）。
3、杀菌剂与植物生长调节剂或微肥的混施。含有植物生长或发育所必需的多种微量元素、植物生长调节剂的叶面肥与杀菌剂也可混用，但要注意杀菌剂与生长调节剂之间的相互影响，最好预先经过仔细的试验比较，确证没有副作用再混合使用。
4、有机硅等许多表面活性剂与杀菌剂现混现用。为改善药液在作物表面的湿润性、增加药剂的渗透性而提高效果，可采用桶混助剂，一般的加用量为0.05%-0.10%。有机硅表面活性剂使用时的加入量约为0.03%，由于在水中易于降解，只能现混现用。
不能混用的几种情况一般不能将相同类型的杀菌剂混用，例如，恶霜·锰锌与精甲霜灵·代森锰锌，甲霜灵·代森锰锌与金雷，嘧菌酯与醚菌酯、吡唑醚菌酯、吡唑醚菌酯·代森联，氟吡菌胺·霜霉威与霜霉威，苯醚甲环唑与腈菌唑、四氟醚唑、乙嘧酚，烯酰吗啉·代森锰锌与烯酰吗啉、氟吗啉，异菌脲与乙烯菌核利、腐霉利，多菌灵与甲基硫菌灵（甲基托布津）。含代森锰锌的混剂不能再与代森锰锌混用，铜制剂一般不能与碱性农药混用，与福美类和代森类杀菌剂混用有拮抗作用。
混用制剂研究重点
近年来随着保护地种植面积的不断扩大，温、湿度条件极适宜病菌的滋生和蔓延，引起病害在寄主植物上不断侵染而造成周年发病，导致农业生产遭受严重损失。从目前田间发病情况来看，卵菌纲病害(霜霉病、疫病)、灰霉病及白粉病已成为危害农业生产的最严重的病害，因此，研制和开发防治这三种病害的杀菌剂混剂应是今后杀菌剂混剂开发的重点。
1、防治卵菌病害的杀菌剂混剂
目前市场上防治卵菌病害的药剂主要有甲霜灵、甲霜锰锌、代森锰锌、百菌清、杀毒矾、可杀得、乙磷铝、普力克、克露等，防治药剂种类虽然很多，但这类病害的特点是极易对某一单一药剂产生抗药性，因此，常年使用的一些老品种已基本上失去了生命力，今后应重点开发丙烯酰胺类化合物(烯酰吗啉、氟吗啉)、恶(咪)唑类化合物(恶唑菌酮、Cyamidazosulfamid、咪唑菌酮)、氨基酸类衍生物Iprovalicarb、酰胺类化合物(Zoxamide、Ethaboxam、Flumetorver)、甲氧基丙烯酸酯类化合物(嘧菌酯、苯氧菌酯、Trifloxystrobin、苯氧菌胺、SYP-Z071)与多位点保护性杀菌剂(代森锰锌、福美双、百菌清、铜制剂)的混剂，缓解内吸性杀菌剂的抗性问题，延长药剂的使用寿命。
2、防治灰霉病的杀菌剂混剂
近年来随着保护地种植面积的不断扩大，灰霉病已从次要病害上升为当今作物中最重要的病害之一。由于灰葡萄孢属真菌产孢量大，繁殖速度快，发病周期短，因此极易对单一药剂产生抗药性。1980年代以前开发的用于防治灰霉病的杀菌剂(苯并咪唑类、硫代氨基甲酸酯类、二甲酰亚胺类、三嗪胺类)，由于多年连续使用，都已产生了比较严重的抗药性。
1980年代以后特别是1990年代开发的杀菌剂，氨基甲酸酯类(乙霉威)，三唑类(环庚唑、环菌唑)，吡咯类(拌种咯、氟咯菌腈)，嘧啶胺类(嘧菌胺、甲基嘧菌胺、环丙嘧菌胺)，吡啶胺类(氟啶胺、环啶酰胺、PEIP)，甲氧基丙烯酸酯类化合物(SSF-126、SYP-Z071)，环已酰胺类化合物Fenhexamid，吲哚羧酸酯OK-9601，天然产物Zopfiellin，都是对灰霉病非常有效的药剂，在这些药剂尚未产生抗药性之前选择与多位点保护性杀菌剂(代森锰锌、福美双、百菌清、铜制剂)制成混剂，无论是对杀菌剂品种的保护，还是对杀菌剂的抗性治理都有积极的意义。
3、防治白粉病的杀菌剂混剂
白粉病是麦类和蔬菜病害中最重要的病害之一，由于白粉病菌繁殖率高，生活周期短且一个季节可繁殖多代，因此其病菌群体数量惊人，再加上产生的粉孢子可借助空气大范围传播，并可多次重复侵染寄主植物，一旦条件适宜，很容易引起白粉病的发生流行。在白粉病的防治上，一直以来基本上都依赖三唑类杀菌剂粉锈宁，由于多年来连续单一使用该药剂。
在我国大部分地区都已发现了三唑酮抗性菌株，不过抗性基本上还处于发生初期，因此尽快研制开发三唑类杀菌剂混剂已是当务之急，将三唑类杀菌剂与多位点保护性杀菌剂(硫磺、代森锰锌、福美双)混配，可有效地延缓抗药性的发展。另外，1990年代中期刚推出的两类杀菌剂(甲氧基丙烯酸酯类、苯氧基喹啉类)是防治白粉病的高效药剂，因此我们在引进或开发这类新药的同时应抓紧其与多位点保护性杀菌剂的混剂的开发，以延续抗性的发展，延长药剂的使用寿命。
杀菌剂几种常用桶混组合
1、黄瓜霜霉病、白粉病、灰霉病发生较重时：68.75%氟吡菌胺·霜霉威悬浮剂 10%苯醚甲环唑水分散粒剂 50%咯菌腈可湿性粉剂或50%烟酰胺（啶酰菌胺）水分散粒剂 嘉美金点；
2、番茄晚疫病、灰霉病、叶霉病、早疫病发生较重时：68%精甲霜灵·代森锰锌水分散粒剂 32.5%嘧菌酯·苯醚甲环唑悬浮剂或世高 卉友或烟酰胺 嘉美金点；
3、番茄灰霉病、黄瓜灰霉病、草莓灰霉病、辣椒灰霉病发生较重时：50%烟酰胺水分散粒剂 25%吡唑醚菌酯乳油 嘉美金点；
4、防治白粉病、灰霉病、霜霉病、晚疫病：56%嘧菌酯·百菌清悬浮剂、32.5%嘧菌酯·苯醚甲环唑悬浮剂、嘧菌酯 苯醚甲环唑 百菌清、苯醚甲环唑 百菌清 嘉美金点；
5、抗病毒和增加作物抗病性：抗病毒药剂 嘉美金点。
桶混液中施用浓度1、为了同时防治两种以上的病害或病虫兼治，桶混的两种成分均应全量施用。例如，日光温室中同时发生霜霉病和灰霉病，按照推荐浓度，可将68.75%氟吡菌胺·霜霉威悬浮剂600倍液和25%烟酰胺水分散粒剂1500倍液和嘉美金点1000倍液现混现用。
2、为了防治一种病害而将两种杀菌剂混用时，内吸剂使用浓度可比推荐浓度低，保护剂按推荐浓度，以延缓靶标菌对内吸剂抗性的发生。例如，以80%代森锰锌可湿性粉剂与25%嘧菌酯悬浮剂和嘉美金点混用，三种药剂的稀释浓度可分别为500倍、2000倍（25%嘧菌酯推荐浓度为1500倍）、嘉美金点1000倍。