从公元1618年，叶尔羌汗国第五代汗阿黑麻被杀开始，汗国陷入到持久的混乱中，教派势力与割据势力坐大，最终在1638年，汗国旁支王室，吐鲁番的阿不都拉哈打败了叶尔羌的大汗，重新统一了叶尔羌汗国。
关于叶尔羌汗国中后期的内乱，请移步往期文章：叶尔羌汗国后期：汗位继承混乱与汗权衰落
叶尔羌汗国在阿不都拉哈的统治下，有过短暂的中兴，但随后又陷入万劫不复的深渊中，于1680年亡于准噶尔。本文的内容，即是叶尔羌汗国末期犹如回光返照般的中兴，以及中兴之后的迅速崩溃。
叶尔羌汗国疆域
一、阿不都拉哈重振汗国
阿不都拉哈的父亲阿都剌因，是拉失德汗的第十二子。叶尔羌第四代汗马黑麻于1595年把他调到吐鲁番任总督，意在把他排除出中央，不会威胁马黑麻汗子孙的汗位。阿都剌因心有怨恨，自此与中央时常发生武装冲突。
马黑麻汗死后，阿都剌因集中力量不断向西扩张领地，而对周边的明朝、瓦剌、哈萨克等都友好相处，鲜有生事。1634年，阿都剌因以七十七岁高龄逝世，给儿子阿不都拉哈留下了足以对抗中央的庞大领地。
叶尔羌汗国世系
公元1635年，阿不都拉哈汗西征。由于叶尔羌阿黑麻汗与宗教领袖，黑山派和卓沙迪不和，故而阿不都拉哈借助黑山派的支持，于1638年攻占叶尔羌，阿黑麻汗出逃，投奔布哈拉汗国贾尼王朝，不久后死于战争。
阿不都拉哈由于是凭武力进占叶尔羌，故而不似此前君主那般需要对异密忌惮三分。他兼用从吐鲁番带来的旧臣与阿黑麻汗手下的降臣，派遣自己的兄弟到各重要城市任总督。从此，叶尔羌汗国的统治者从马黑麻汗一系转移到阿都剌因的子孙，犹如春秋时的曲沃代晋一般。
通过放逐和处决桀骜不驯者，阿不都拉哈汗迅速重振了汗权。他对宗教势力也进行了整顿，加强了与之关系密切的和卓沙迪的独尊地位。
叶尔羌汗国王陵大门
重振汗权后，阿不都拉哈汗积极备战，应对来犯之敌。入主叶尔羌当年，1638年，瓦剌趁汗国内乱大举入侵，兵锋深入至和田地界，被打退。次年瓦剌再次进攻，阿不都拉哈率军讨伐，大获全胜。
之后，阿不都拉哈汗积极扩张，于1640年征伐巴达克山，关于此战史料不多，或许并未得胜。不久，阿不都拉哈西征费尔干，被吉利吉思人尾随偷袭，死伤惨重。随后吉利吉思来犯，被打退。1641年，阿不都拉哈再征吉利吉思，大胜而归。两年后，阿不都拉哈举全国之力再征费尔干，无功而返。
重整河山再扩张，本是正常之举，但阿不都拉哈征伐过度，穷兵黩武，使统治阶级的矛盾暴露出来。阿不都拉哈和之前的马黑麻汗一样，希望传位于子，而不是按照传统传位于长，故而造成了与兄弟的矛盾。
叶尔羌汗国的政治传统源于蒙古帝国时期
然而，叶尔羌汗国旧有的异密大臣，由于此前旷日持久的内乱权势大增，也不值得信任。宗室与大臣都不可信，阿不都拉哈只能不断提拔新贵，通过不断给领导班子换血，达到掌握汗权，传位儿子的目的。
约在1650年，阿不都拉哈汗去麦加朝觐，留在叶尔羌的异密们早已对阿不都拉哈不满，遂拥立大汗的长子尤勒巴尔斯。由于阿不都拉哈得到百姓支持，故而他一回来，叛乱势力自行瓦解，阿不都拉哈放逐了一批异密，进一步削弱了蒙古传统部族势力，异密左右朝政的时代已过去，险些爆发的内乱被平息。
二、白山派的传入与汗位之争
17世纪30年代，瓦剌势力不断扩展，对叶尔羌汗国的威胁与日俱增。准噶尔部的巴图尔珲台吉被瓦剌各部推为盟主，自此，瓦剌各部组建成了准噶尔汗国。
1655年，瓦剌军再次入侵，攻至今于田县境内。瓦剌人居于天山以北，兵锋却能到达塔里木盆地南缘，叶尔羌全境都在瓦剌强大军队的威胁之下。此后，瓦剌不时来犯，并逐步干涉汗国内政。
明末清初局势
由于在阻击瓦剌时屡立战功，阿不都拉哈的长子尤勒巴尔斯羽翼渐丰满，开始干预叶尔羌的朝政。此时，黑山派的对手白山派也进入了汗国，并且迅速插手了汗国末期的权位争夺。
黑山派与白山派都源于中亚的纳克什班底教派，伊斯哈克和卓与儿子和卓沙迪建立的宗派，史称黑山派。伊斯哈克和卓长兄玛木特额敏及其后代所在教派，称为白山派。
黑山派于16世纪后期进入汗国，在马黑麻汗的扶持下壮大，其领袖和卓沙迪掌握汗国朝政数十年，阿不都拉哈重新统一汗国后，和卓沙迪继续享有在宗教界的权威地位，直到1643年去世，儿子玛木特•阿布都拉继承其地位。
叶尔羌王国皇家陵墓阿勒屯麻扎
和卓帕的沙显然并没有乃父的本事，难以应对越发险恶的环境。白山派与尤勒巴尔斯结成联盟后，实力很快得到加强，发展速度犹如当年传入时的黑山派。
白山派和卓玉素甫曾在黑山派和卓沙迪死时趁机图谋夺取宗教领导权，被黑山派赶出叶尔羌，玉素甫也被黑山派投毒暗害。阿帕克和卓接任白山派领袖后，更加积极地投入政治斗争，扶持尤勒巴尔斯，颠覆黑山派与阿不都拉哈。
尤勒巴尔斯与阿帕克和卓联合，步步进逼阿不都拉哈。黑山派已处于明显的劣势，和卓帕的沙避难至阿克苏，阿不都拉哈也被迫赐领地给尤勒巴尔斯和他的儿子乌拜达拉赫速檀。父子间的斗争异常激烈，尤勒巴尔斯暗中联络叶尔羌城中的异密和大臣，阿不都拉哈于1666年处死了他的亲孙子孙女，乌拜达拉赫速檀和他的一个姐妹。
叶尔羌汗国王陵
随后，阿不都拉哈与阿克苏总督努尔•丁汗、黑山派和卓帕的沙对反叛者进行征讨，一路攻到尤勒巴尔断的大本营喀什葛尔，在那里对白山派信徒大开杀戒。阿不都拉哈等人的过激行为，引起了当地人的公愤，激化教派间的矛盾，为尤勒巴尔斯的反扑埋下隐患。
1667年，听闻尤勒巴尔斯夺回喀什葛尔，此时又传来臣下对他不利的言行，生性多疑的阿不都拉哈只剩两千军队可以信任。于是，阿不都拉哈使了“金蝉脱壳”之计，派这两千精兵迎击尤勒巴尔斯，自己率领亲信逃亡国外，再次去麦加朝圣去了。
尤勒巴尔斯与白山派朝叶尔羌进军，黑山派和卓帕的沙与一些异密避到阿克苏，决定扶持伊思玛业勒。尤勒巴尔斯与伊思玛业勒的军队在叶尔羌城外相遇，最终尤勒巴尔斯进占叶尔羌，伊思玛业勒返回阿克苏。自此，汗国被两大教派彻底撕裂。
三、汗国分裂与外敌来犯
公元1667年，尤勒巴尔斯汗在白山派和卓阿帕克的支持下称汗，随后迫害残存的黑山派势力，将和卓帕的沙与追随他去阿克苏的异密们留在叶尔羌的家属全部处死，随后派兵讨伐阿克苏。
现代复原的叶尔羌王宫
黑山派群情激愤，故而在伊思玛业勒的指挥下重创了尤勒巴尔斯的军队。尤勒巴尔斯丧失信心，打算效仿其父故事逃到国外，但准噶尔汗国首领僧格立即出兵支援尤勒巴尔斯，僧格在国内的政敌厄勒丹台什也出兵支援伊斯玛业勒。准噶尔的派系斗争，由此延伸而成为叶尔羌汗国的分裂。
尤勒巴尔斯放弃了出逃计划后，僧格派厄尔喀伯克带一千瓦剌兵镇守叶尔羌。不过，僧格此次所托非人，厄尔喀伯克虽然长期在准噶尔军中供职，并在僧格帐下屡立战功，但他信奉黑山派，教友的惨象使他怜悯。
于是，厄尔喀伯克联合阿里•沙伯克，率一千瓦剌兵冲入宫门，杀死尤勒巴尔斯汗，扶立他的儿子阿不都拉提夫，黑山派夺回了叶尔羌城。
叶尔羌王宫大门
阿里•沙伯克得势后，耽于享乐，疏于防范，被尤勒巴尔斯汗的遗孀比吉木骗进宫中杀死。白山派势力反扑，厄尔喀伯克逃到喀什葛尔，并派人去阿克苏请伊思玛业勒出兵。
伊思玛业勒与和卓帕的沙决定趁机攻取叶尔羌。来自阿克苏的军队如铁桶般包围了叶尔羌城，厄尔喀伯克也率瓦剌兵来助战。但叶尔羌城坚，久攻不下，厄尔喀伯克遂建议先攻打附近的哈尔哈里克，不久城中水源断绝而降，叶尔羌成为孤城。
叶尔羌的居民闻讯，自发打开城门，阿不都拉提夫与亲属等人在阿帕克和卓保护下逃到喀什葛尔，汗国迎来了最后一段统一的时光。伊思玛业勒汗派人追杀，在喀什葛尔对白山派进行血腥镇压，只有阿帕克和卓逃出生天，潜入克什米尔。
喀什艾提尕尔清真寺
但是，叶尔羌汗国早已不复当年的强盛，长期战乱使得经济凋敝，民不聊生，愈演愈烈的教派矛盾如扑不尽的火，时刻威胁着汗国的稳定。阿帕克和卓逃至克什米尔后，又四处辗转，后来在佛教徒的帮助下联系上达赖喇嘛，在后者的介绍下投靠了准噶尔汗国的噶尔丹。
此时的汗国实力弱小，难以控制东部疆域。阿不都拉哈封二弟阿布伦•穆罕默德为察力失与吐鲁番总督，五弟巴拜汗为哈密总督。1653年，阿布伦•穆罕默德去世，东部被巴拜汗统一，1678年，巴拜汗去世，次年噶尔丹出兵征服汗国东部地区，巴拜汗的儿子成为他的附庸。
公元1680年，噶尔丹联合阿帕克和卓，派出十二万骑兵灭亡叶尔羌汗国，伊思玛业勒汗被俘。此后，汗国东部陆续由巴拜汗诸子统治，西部由白山派的阿帕克和卓建立政教合一的政权，东西部分治，都成为准噶尔汗国的附庸。为稳固统治，准噶尔汗国又先后扶立汗国后裔为叶尔羌汗，充当傀儡，直到17世纪末。
阿帕克和卓麻札
结语
1680年，叶尔羌伊斯玛业勒汗被准噶尔部俘虏，尽管此后白山派与准噶尔部又扶立了几代傀儡，但一般认为叶尔羌汗国已不复存在。
叶尔羌汗国后期，异密争权，教派干政，阿不都拉哈作为外藩，以武力取代大宗，曾给混乱的汗国带来一些新气象。但阿不都拉哈行事过于激进，加剧了统治阶级内部矛盾，使教派矛盾与汗位之争相交织。仇恨一旦结下，只能愈演愈烈，汗国最终在两派教众的互相残杀下走向衰落，沦为准噶尔汗国的附庸。
叶尔羌历史系列参考书目
巴布尔著，王治来译：《巴布尔回忆录》
米尔咱•穆罕默德•海达尔著，王治来译：《拉失德史》
沙•马合木•楚剌思著，魏良弢译：《编年史》
魏良弢：《叶尔羌汗国史纲》
李联盟、袁行霈：《中国地域文化通览•新疆卷》
谭其骧：《中国历史地图集》