从阿黑麻汗开始便割据东部自立为汗的阿杜剌因王子，是拉失德汗第十二个儿子。从竖立反旗开始便在东部经营自己的势力,阿克苏、库尔勒,直到嘉峪关前都成为他的天下经过四十年的统治,已经根基扎实,兵强马壮。1635年,阿杜剌因去世,其长子阿卜杜拉哈继位,这是一个骁勇的王子,即位之初便铲除了自己的岳父企图篡位的库车总督阿布·哈迪,稳定了局势,使得上下归心。与他相比,居住在叶尔羌城里速檀马黑麻汗显得庸懦无能,西部的各城大多数贵族倾心于阿布杜拉哈,甚至黑山派也对他极有好感。刚继承父亲的位置,便有了统一汗国的机遇。1639年,万事俱备的阿卜杜拉哈王子率军西进,一路上所向披靡,降者如云。速檀马黑麻汗第二次下台,逃往国外。阿卜杜拉哈将分裂近三年的国家重新统一起来,成为全国的可汗。
而迎接阿卜杜拉哈汗登基的不仅是礼乐和祝福,还有更大的考验,还没有来得及享受可汗的生活,北部的强敌便出兵南侵而来——准噶尔汗国的开国汗王巴图尔珲台吉见叶尔羌又换了新君,料定必然内部不稳,派出孔金、色凌、苏迈尔三员大将率军南下。准噶尔军兵抵和田城下,守将曼苏尔伯克率军抵抗,不敌战死。准噶尔军乘胜前进,大有攻陷和田之势。
然而,此时的叶尔羌已经不再是诸侯林立,政令不畅的乱世,所有的贵族和军队都听命于阿卜杜拉哈汗,绝非一支偏师一次胜利便可以动摇的。阿卜杜拉哈汗的弟弟伊卜喇伊木王子率军继续奋战,各地的援军源源不断开来。准噶尔军大败而回。次年,准噶尔人为了雪耻再次南下兵抵阿克苏城,岂料下场比第一次更慘,被叶尔羌军前后夹击,几乎全军覆没,三员主将中色凌和苏迈尔被俘。击退准噶尔汗国的进攻使得阿卜杜拉哈汗威望如日中天。凭借这样的威望,他将朝廷的重臣大换血,巩固汗权,并任命自己的弟弟们出任各地总督,消除割据势力,让国家在不断的内乱中缓了一口气。而为了表明自己是强爷胜祖的强者。稳定了内部的阿卜杜拉哈汗恢复了从马黑麻汗时代便中断的''圣战''。
1641年迫使巴达克山重新臣服;1643年率倾国之兵讨伐吉利吉思人,大获全胜,被历史学家载入史册,称为''阿克赛进军''。1644年,在汗国内呼风唤雨数十年的黑山派和卓沙迪去世,其子玛木特成为和卓,继续支持阿卜杜拉哈汗。同年,中原的王朝从大明换成了大清,阿卜杜拉哈汗派使臣前去进贡,顺治皇帝准许''自此以后,着五年一次来贡'',正式建立了朝贡关系。
可顺治皇帝并不知道,这个主动前来的恭顺之国,没有几个安静的五年来朝贡了。阿卜杜拉哈汗实现了汗国的中兴,但在吸取前人的教训之下,却矫枉过正。多次用铁血手段清除他所不信任的贵族和亲人,用大肆的杀戮和大批的流放来展示自己的权威。甚至连两个立有大功并忠心耿耿的弟弟——伊卜喇伊木王子和伊斯玛依勒王子都被无端驱逐出境。逐渐,有为之君的光环褪色,而把暴君的帽子戴在了头上,众多总督与他貌合神离,刚继位时的统一局面出现崩坏。内部不稳,外患便接踵而至。
北部的准噶尔汗国自从建立之初,便对叶尔羌虎视眈眈,见阿卜杜拉哈汗流放众多贵族,便支持这些贵族返国进行武力抗争。伊卜喇伊木、伊斯玛依勒都在准噶尔军的支持下,回国对兄长实施报复,全面的内战爆发。面对兄弟们的进攻,阿卜杜拉哈汗多次进行反击,有胜有败,并没有被伤到筋骨。但在他征战不休的时候,自己的儿子却生乱于肘腋,把他这个父亲搞的焦头烂额。阿卜杜拉哈汗的长子尤勒巴尔斯因为作战有功,被任命为喀什噶尔总督。
喀什噶尔是叶尔羌汗国的重镇，担任总督的人便是日后汗位继承人，尤勒巴尔斯本来可以安心地等着父亲去世后接位便万事大吉。可这时,喀什噶尔成了白山派的大本营,尤勒巴尔斯刚一上任,便被白山派所包围,很快成为白山派信徒。叶尔羌汗国从马黑麻汗开始,便是黑山派一统天下。汗位继承人成为了白山派信徒,自然是对黑山派极大的威胁。黑山派和卓玛木特开始处处与尤勒巴尔斯作对,竭尽全力动摇他的储君之位。
而白山派的和卓伊达耶提拉也知道,要取得宗教领导权必须有汗廷的支持,而与自己水火不容的黑山派现在是汗廷的支持者。于是,便拼命拥护尤勒巴尔斯反对自己的父亲。尤勒巴尔斯在白山派的支持下,招兵买马,对父亲步步紧逼,逐渐扩大自己的封地,直到父亲直接控制的领地仅剩下首都叶尔羌城。阿卜杜拉哈汗眼见汗位不保,开始了反击,命自己的次子努尔·丁王子率兵讨伐。努尔·丁王子虽然占领了喀什噶尔,但很快病死,喀什噶尔重新落到尤勒巴尔斯手中;而努尔·丁王子的军队也顺势被他收编。这样一来,阿卜杜拉哈汗失去了唯一可以依靠的军队,汗位摇摇欲坠。
到了关键时刻,黑山派见风使舵,不再支持这位可汗,而是开始支持他的兄弟们。阿卜杜拉哈汗众叛亲离,一筹莫展。1668年,尤勒巴尔斯率军进逼叶尔羌城,对父亲展开最后一击。面对儿子的大军压境,毫无抵抗能力的阿卜杜拉哈汗以''朝圣''的名义出走麦加，凄凉的结束了自己的''中兴''。
尤勒巴尔斯进入叶尔羌宣布自己为汗,开始大肆迫害黑山派教徒。可树大根深的黑山派决不会如此就范,在阿卜杜拉哈汗出走之后,黑山派便到准葛尔迎了伊斯玛依勒王宣布他为可汗,不承认由白山派拥立的尤勒巴尔斯汗。双方的军队多次交战,尤勒巴尔斯汗均都失利,危难之中只得求助于宿敌准葛尔汗国。准葛尔汗国的第二任汗王僧格派军队支援,勉强维持了平衡,尤勒巴尔斯汗在外国的帮助下稳定了局势,继续迫害黑山派。
世界上是没有免费的午餐的。僧格派援军来并不是义务帮忙,而是为了颠覆汗廷,吞并叶尔羌。尤勒巴尔斯汗直到准葛尔军协助手下贵族冲入开宫把刀砍向自己的时候才明白,但已经太晚了。贵族们拥立他的儿子阿卜杜·拉提夫为汗,这时一个驻军在阿克苏的伊斯玛依勒王所闻汗廷有变,迅速率军前往叶尔羌用切断水源的方法迫使叶尔羌开城投降,1670年4月2日,伊斯玛依勒王宣布为可汗。
准葛尔军在叶尔羌四面楚歌,无法立足,撤回了本土。不久,僧格在次宫廷政变中被杀,准噶尔内乱无力南顾,白山派在国外的靠山也倒黑山派在遭到两年的迫害后终于扬眉吐气,开始反攻倒算,对白山派进行血腥屠杀。白山派保护阿卜杜·拉提夫汗逃到自己的大本营喀什噶尔,希望在此割据。但黑山派鼓动伊斯玛依勒汗乘胜追击,迅速将之攻陷。阿卜杜·拉提夫汗和所有尤勒巴尔斯汗的儿子全被处死,白山派教徒遭到残酷迫害,和卓伊达耶提拉逃亡到印度。
伊斯玛依勒汗开始了自己的统治,当年他是阿卜杜拉哈汗抑制权贵,加强中央汗权的牺牲品,但在自己当上可汗后,也完全仿照哥哥的做法,限制宗亲贵族的势力,而完全依靠黑山派和卓。黑山派和卓玛木特重新成为汗国无可争议的大教长,敌人白山派已经元气大伤,连和卓都流亡到国外了还能有什么作为?伊斯玛依勒汗和玛木特和卓都可以露出胜利的微笑了。先露出笑容的人,往往不是胜利者。谁笑到最后,谁就笑得最好。