在尊皇攘夷运动中，长州藩到了生死存亡之秋，藩主毛利敬亲下令招来正在隐居的高杉晋作，向其询问退敌之策。晋作回答：“请以马关之事任臣，臣有一策，请募有志之士创立一队，定名曰奇兵队，然其非专从事以奇兵，奇兵中亦有正有奇也。所谓正兵者，总奉行之兵也，对之以奇兵。”25岁的高杉晋作提出成立“奇兵队”之建议。
成立之初，奇兵队并非如影视作品中所表现的那样，是一支穿着西式军装，装备洋枪洋炮的特种部队。正如高杉晋作所言，其性质终究只是相对正规军而组建的义勇军，不过这支义勇军打破了日本数百年来只有武士能参军的传统，按照规定，无论是藩士、陪臣、杂卒甚至是平民，只要是有志者皆可加入奇兵队。尽管奇兵队所装备的武器缺斤少两，有不少还是战国时代的旧装备，但接纳平民加入这一点却是破天荒之举，即使它的组建者认为这种全民总动员式的征兵是出于某种无奈，却在客观上促成了革命性的变革，被后世讴歌亦无可厚非。
到了六月下旬，萨摩藩与英国爆发了萨英战争，这场战争后，萨摩藩放弃了攘夷方针，理由是他们已确定天皇不希望以武力攘夷，与此同时，萨摩藩实际掌权者岛津久光与萨摩首脑经商议后，指示进京的村山齐助：必须将三条实美等四名奏议“奸人”从朝廷中剔除，使朝廷恢复正常。如京都发生混乱，须取得京都守卫队松平容保（会津藩主，坚定的佐幕派）及稻叶正邦等人的协助。萨摩藩的转舵使形势开始向不利于长州的方向发展。
政变在八月十八日爆发。当天凌晨4时前，会津藩、萨摩藩、淀藩三路藩兵牢牢封锁了皇宫六门，刚过5时便宣布禁止三条实美等“奸人”进宫参拜。随后，松平容保（会津藩主）、稻叶正邦（淀藩主）、池田茂正（冈山藩主）、上杉齐宪（米泽藩主）等各藩主召开会议，决定解除对长州藩堺町门的守卫，命长州藩士从京都撤离，并说若他们主动回藩，就不对长州藩予以处分。随着三条实美等尊攘派公卿的落难，长州势力就这样猝不及防地被赶出京都，公武合体成了新的主流。这场政变中，合作的藩多达24个，长州已陷入孤立无援之境。