热衷于木匠事业的朱由校驾崩后由于并无子嗣，所以，由兄弟朱由检继位，定国号为“崇祯”。起初，刚刚坐上龙椅的朱由检小心翼翼，生怕会惹来杀身之祸，对魏忠贤也表现得恭恭敬敬，根本不敢食用宫中的食物。
那么，当时的魏忠贤有多恐怖？
话说，有四人夜里在密室饮酒，其中一个人喝醉了，谩骂魏忠贤，另外三个人吓得不敢出声。那个人还未骂完，东厂番子将四人押到魏忠贤的住所，立即将骂的人处寸磔，而慰劳另外三个人金子，三个都被吓得魂飞魄散不敢动。
魏忠贤想用美人计迷惑新上任的皇帝，于是，从民间挑选了四名绝色美女送进宫中，被朱由检一口回绝。一个月后，朱由校的奶妈，也就是魏忠贤的相好客氏向皇帝申请辞职返乡，魏公公觉得朱由检一定不会同意，没想到崇祯竟然同意了客氏的辞呈。
上一任皇帝都驾崩了，他的乳母自然没什么理由继续留在宫中，这个结果普通人看来合乎情理，但是，在魏忠贤眼中却是大事。从某种角度来讲，皇帝的举动代表着皇权已经有了重建权威的苗头，而魏忠贤的权势则面临着土崩瓦解。
没过多久，江西巡抚递交奏章，夸赞魏忠贤的功德，并请求皇帝批准为魏公公修建祠堂。原本在朱由校时期这件事见怪不怪，但是，到了新皇继位之际，此事未免变得有些尴尬。魏忠贤连忙向崇祯上奏，请求皇帝拒绝，朱由检阅读了奏章后轻描淡写的表示：“不修就不修吧。”
从此之后，皇帝对阉党们改变态度，将魏忠贤的党羽们加官进爵，表面上魏党似乎又恢复了往日的风光。
魏忠贤此时已经嗅到了紧张的局势，为了能将自己洗白，魏忠贤暗中指使官员弹劾崔呈秀，把所有脏水黑锅一股脑的扣在崔呈秀头上。崔呈秀按照惯例向皇帝递交了辞呈，朱由检顺势批准了辞呈。眼看着局势即将明朗，事情却突然发生变化。
国子监的学生钱嘉征递交奏折，上面陈述了魏忠贤只手遮天的十项罪状：一、与皇帝并列，二、蔑视皇后，三、搬弄兵权，四、无二祖列宗，五、克削藩王封爵，六、目无圣人，七、滥加爵赏，八、掩盖边功，九、剥削百姓，十、交通关节。
这次，朱由检直接召来魏忠贤，命令太监在旁边高声诵读奏章。这个时候满朝文武已从皇帝的态度中分析了局势，原本，依附于魏忠贤的阉党们纷纷跳出来声名与魏忠贤不共戴天。
魏公公放眼望去，满朝大臣竟没有一人可倚靠，无奈之下只能跪伏在地，在朱由检面前一把鼻涕一把泪的哭诉。何曾几时，魏忠贤曾在朱由检哥哥朱由校面前玩过这个花招，朱由校听信谗言，居然并未追究魏忠贤的罪责。
但是，如今的朱由检没有哥哥那般昏庸，魏忠贤若想全身而退只剩下辞官回家这一途径。年末，崇祯下旨，念在魏忠贤劳苦功高，所以，指派魏公公前往凤阳守灵。
在离开京城前，魏公公总共花了三天的时间收拾行装，他决定带着自己一辈子攒下的赃款，安享自己的晚年。据说，魏公公临行时，随从竟达到千人，家当总共装满了四十个大车，比当年被贬守灵的太监冯保还要夸张。这明显就是要造反的节奏呀，这事皇帝还能忍？
这件事最后传到了崇祯皇帝的耳朵里，让崇祯皇帝十分不痛快，加上，东林党人纷纷写血书替早已死去的东林六君子喊冤，最终，让朱由检决定要处死魏忠贤。
魏忠贤才离开京城三日，朱由检就下令拘捕魏忠贤。此时的魏忠贤已年过花甲，深知此次被抓回京城凶多吉少，索性不劳烦皇帝动手自杀身亡，朱由检诏令将魏忠贤肢解，悬头于河间府。魏忠贤死后，曾为阉党效力的所有官员都遭到了惩罚。
与魏忠贤关系暧昧的客氏先是被打入浣衣局中做苦力，后来被皇帝找个借口乱棍杖毙。对阉党的剿杀总共持续了四个月，最终，在1628年三月魏忠贤的所有党羽都被铲除。
魏忠贤作乱的年代，朝廷中的文武百官纷争不断，使魏忠贤抓住机会迅速崛起，根本不似张居正时期重臣秉政的局面，而张居正时期文官与太监之间的合作也停止于王安。
崇祯皇帝扳倒魏忠贤从一定程度上展现出魄力与谋略，在朱由检上台的十七年间，始终致力于重振朝纲，凡事必定亲力亲为。史籍记载，朱由检每天鸡鸣时起床，昼夜劳作，时常积劳成疾，从不在宫中举办宴席。
可惜，一个人的努力根本无法改变明朝大厦将倾的结局，朱由检登基时以迅雷之势扫平阉党，却从某种程度上变相加强了文官集团的势力。为了制衡朝廷中的文官集团，朱由检不得不再次重用宦官。
最终，这一众文官选择投靠李自成，无法力挽狂澜的崇祯皇帝只能在煤山自我了断，陪着皇帝走向末路的只有秉笔太监王承恩。这里，值得讽刺的是，当李自成的部队抵达京城后，为闯王打开皇宫大门的也是太监。
有记载，崇祯帝吊死前于蓝色袍服上大书：“朕自登基十七年，虽朕薄德匪躬，上干天怒，然皆诸臣误朕，致逆贼直逼京师。朕死，无面目见祖宗于地下，自去冠冕，以发覆面。任贼分裂朕尸，勿伤百姓一人。”
参考资料：
『《魏忠贤之死》、《明史》、《历数中国十大亡国之君：并非都是昏庸之辈》』