元朝在建立的时候，与此同时，在西北边疆，一个威胁他的帝国也同时建立，他就是来自成吉思汗血脉的海都。成吉思汗的子孙中，海都是非常有军事能力的一个。在叛乱之前，他曾经参加过三十多次战役，全部获得了胜利，没有一次失败，而在他的马蹄之下，政府的土地更是从蒙古一直到了达匈牙利，虽然现在他的名声不怎么显赫，但是，他其实是一个了不起的枭雄。最初的时候，他的部下只有两三千人，但是凭借着自己的足智多谋，他最后成了能够与忽必烈相对抗的势力。现在，他向忽必烈发起了挑战，势必要做蒙古的大汗。
双方在交错的前线，整整打了近30多年，在这之间，忽必烈因为年纪过大，最终病死了，而他的孙子袁承宗继承了忽必烈的位置，后来他发起了平叛战役。，很多最终也死于自己的军营之中，以失败结束了自己的愿望。在最初的时候，忽必烈与海族之间的战争，一直在哈密盆地持续着，当时的元朝，在这一带建立了防线，阻止海都的大军东进。双方之所以可以在此处僵持，主要有两个原因，一是在当时，忽必烈刚刚建立元朝，根基不稳，根本不想打仗，二是因为海都根本打不起来。
忽必烈作为蒙古的大汗，他改变了蒙古的许多习俗，更坐上了中原的皇帝，这在一些旧派蒙古族中，必然将他当成了一个背叛者，在那个时候，蒙古的许多部落对他并不是非常忠心。所以忽必烈对于犯错的蒙古人，一直采取怀柔的策略，希望借此策略，可以改变自己在蒙古人心中的印象。而海都大举进攻忽必烈，显然与忽必烈的政策相反，所以，他的内心非常不想打。
而在军事上，如果想要征讨海都，必须穿过荒无人烟的大沙漠，这个需要非常强大的后勤，忽必烈刚刚成立元朝，这个时候应该休养生息，所以在乎别人的想法上，他最终选择了妥协。而对于当时的海都来说，就更加简单了，只有三个字，那就是打不过。海都作为游牧民族，经济实力非常的弱，他的经济根本没法与中原那时候的经济相比，更何况还要向东进军，同样需要经过荒无人烟的戈壁滩，这对他来说，是根本不可能的事。战争失败，当他面临退兵的选择时，牛马经历过两次远渡沙漠，必定会死伤无数，而自己的经济，很有可能会因此崩溃。所以双方都在相互僵持，虽然看似两方在打仗，但在私底下仍然有商贸交易。
忽必烈死后，他的孙子元成宗上台，事情一下变发生了转变。制约忽必烈的因素，到了他的手里，变得不值一提，而且在这个时候，中原的经济也已经恢复的差不多，所有的一切都在向好的方向发展，但是唯一让元成宗心烦的是，海都这个叛贼始终没有消灭，面对同是蒙古人的还多，他自然不敢掉以轻心，在没开战之前，就开始了精密的部署，他将自己的部队部署在了和林，贺兰山等地。在战略上，可以相互支援。他还在河西准备的预备队，做万全的打算，也为接下来的进攻做准备。
元成宗是一个心思缜密的人，他所选择的进攻地点都很有讲究，他将战场对持在北部边疆，阿尔泰山一带，其主要目的是为了让元军的后勤压力变小。这里本是肥沃的牧场，所以进攻这里，会是后勤力量减小压力，无论是否成功，元军都可以在敌人的领地上作战。然后，元军便在北部发起了突袭，这让海都出乎意料。仓促之间，因为主力无法前去支援，他只能派自己的部将去援助阿尔泰地区。于是双方就在清河一带隔河对持着。海都的军队知道自己远道而来，现在并不是和元军打仗，于是便在河边扎寨营地。准备做长期的防御准备，然而，元军却并不给他们机会，他们吹起了号角，准备渡河进攻，这样一来，海都军一时间混乱了起来，在混乱之中，元军将海都军东部队消灭。
元军消灭完海督军以后，继续进攻，海都知道消息后，并没有全线撤军，他非常清楚，自己只要认怂，元军肯定就会利用自己的资源优势，不断的进攻自己的领土，直到将自己消灭，而自己只有将战火引到敌方领土中去，才可以把敌人拒之门外。于是，海都便选择攻击和林因为这里并不富饶，这两军后勤来说都有压力，而依靠着自己的军事能力，一定可以打败元军。然后再以和林为中心，号召蒙古旧族，自己就能承蒙古人的隐身大汗了。抱着这样的幻想，他率领全军攻打不过和林，元军听闻以后，也派大军前往和林，双方便在和林结束了30年的战争。海都不会是百战百胜的大将，战斗一开始，就包围的敌军，可惜的是，由于元军人马非常的多，最终反被支援的元军包围，虽然海都大力杀敌，但是自己的人马毕竟少于敌方，最终，经过长时间的厮杀，海都最终被元军杀死了。可惜了他的愿望也就此破灭。