努尔哈赤为了加强与明朝的斗争，与蒙古科尔沁贝勒莽古思进行联姻。起初莽古思和努尔哈赤的关系并不好，莽古思曾和弟弟明安、叔伯兄弟翁果岱，海西女真的叶赫等部落组成“九部联军”，合攻努尔哈赤，但没能成功。
后来，随着建州女真的日益强盛，再加上努尔哈赤一直向莽古思示好，莽古思终于答应与其结盟修好。就这样，莽古思将自己十六岁的女儿哲哲嫁到女真，成为四贝勒皇太极的福晋。
万历四十二年（1614年），哲哲出嫁那天，努尔哈赤让皇太极亲自出城迎接。皇太极一行人，北行三百余里，到达奇山城。皇太极在这里杀牛宰羊，举行了隆重的迎亲仪式和结婚仪式。婚后，二人相处得很好，唯一的遗憾是哲哲未能给皇太极生下一子。
天命十一年（1626年），努尔哈赤去世，经过激烈斗争，皇太极成为后金大汗，哲哲也成为他的正宫福晋。此后，经过皇太极十年的努力，后金强大数倍，在崇德元年（1636年）称帝，定国号为“大清”，改女真为满洲。皇太极称帝后，效仿明朝制度钦定后妃名号，封哲哲为皇后，赐其册文、金印。哲哲也由此成为大清第一位皇后。
由于自己没能为皇太极生下一子（生了三个女儿），科尔沁部又先后将她的两位侄女（布木布泰、海兰珠）嫁给皇太极。面对姑侄三人同侍一夫的场景，哲哲用自己的大度化解了一切，和自己的两个侄女相处的很好。
那会的皇太极独宠海兰珠，哲哲受尽冷落，但在他心中哲哲始终是正妻的位置。或许是出于愧疚，皇太极对她的家人十分照顾。
崇德二年（1637年），哲哲母亲科尔沁大妃来朝，皇太极举行了隆重的宴会招待她，对科尔沁家族进行了封赠，封哲哲母亲为和硕福妃，追封哲哲已故的父亲莽古思为和硕福亲王。
哲哲当皇后期间，也是尽心尽力。当时，满蒙联姻较为频繁，蒙古各地纳贡朝贺、订立盟约、送女出嫁、迎娶公主，哲哲率领众后妃迎来送往，所有环节都诚意满满，让远道儿来的人们尽兴而归。正是因为哲哲的事无巨细，皇太极即使再宠海兰珠，也还是让哲哲稳居后位。
由于哲哲的后位稳固，她的家族也备受礼遇，她的母亲科尔沁太妃多次来朝，皇太极都用盛大的礼节迎送，还赐大量金银珠宝，让其每次都是满载而归。
崇德八年（1643年），皇太极因海兰珠的去世太过伤心，走完了自己南征北战的一生。她的侄女布木布泰（孝庄）想立自己的儿子福临为帝。孝庄利用哲哲的仁厚，说服皇长子豪格放弃皇位，并取得了大贝勒代善的支持。
同年，福临即位，改年号为顺治，哲哲和孝庄都被尊为皇太后。明朝灭亡后，清廷将都城迁往北京，哲哲也跟随顺治到了北京。
顺治六年（1649年），哲哲病逝，时年五十一岁，顺治为她举行了隆重的葬礼。第二年，顺治将她的梓棺运回盛京，与皇太极合葬在昭陵。
哲哲的一生虽然短暂，与皇太极的爱情也是稍纵即逝，但她始终平淡如水，赢得了皇太极的尊重、家族的荣耀。在她死后多年，雍正和乾隆被她的故事打动，在她的谥号后面分别加了“哲顺”和“慈僖”。