光绪二十七年（1901年），李鸿章病死。十月，袁世凯接替李鸿章成为了直隶总督兼北洋大臣，至此以后“北洋派”这个称呼开始出现。对于袁世凯而言，他毫不避讳地称自己是李鸿章政治衣钵的继承人，甚至以此为荣。
袁世凯是李鸿章的继承人，同样北洋派的根基也是传承于李鸿章的淮系。清朝灭亡后，北洋系成为了中国军阀势力的总称，以袁世凯为核心，其骨干主要来自小站练兵时期北洋新军的将领们。在窃取了辛亥革命胜利果实后，北洋军阀的势力遍及全国，因此当时的北京政府又称为北洋政府。
1916年，袁世凯复辟帝制失败后郁郁而终，北洋系中无人有足够的威望来统领整个北洋军阀集团，内部开始出现纷争，结果分裂成了以段祺瑞为首的皖系、冯国璋为首的直系和以张作霖为首的奉系。
谈起北洋系就不得不说说北洋军，我们知道李鸿章时代有北洋水师，但却没有北洋军的说法。真正的北洋军是袁世凯在小站练兵时，将定武军扩编为新建陆军时才出现的。这支新式部队采用近代德国的陆军制度，并全部采购了新式武器。
1899年，袁世凯在镇压义和团时趁机扩大实力。1901年，张之洞在南京编练的自强军又被袁世凯收入囊中，成为了后来北洋军的一部分，到了1905年，袁世凯编练出了六镇北洋新军，这是清政府精锐中的精锐，其人数为7万余人，这些人成为了后来北洋军的基础。
1912年，袁世凯整编全国军队，全国共三十多个师及五十多个旅，加上杂牌部队，人数为120万人，而袁世凯嫡系的北洋军约占总兵力的一半以上。
民国成立后，袁世凯对北洋系混乱的军制进行了调整，这也是北洋军阀对近代中国军事制度的一个贡献。当时，全国各地的军阀编制混乱，有新军、旧军之分。袁世凯以大总统的名义发布命令，调整全国军队编制，镇原来的“镇”为“师”，随后又调整了师一级的编制。
此后，陆军以师为战略单位，每个师辖步兵旅二个，骑兵、炮兵各一个团，工兵和辎重兵各一个营。步兵旅下辖二个团，每团又分三个营和一个机枪连；骑兵团比较特殊，分为四连制的甲种团和三连制的乙种团；炮兵团由三个营（三个连，每个连六门炮）组成；工兵营和辎重营均为三连制。
与此同时，袁世凯还率先在陆军中实行了军衔制，将军官分为了3等9级，和现在的军饷制度基本相似。军队的编制制度和军衔制度的实施标志着中国军队走向近代化，此后，全国各地的武装编制都以此为样本，直到袁世凯死后，各地军阀又再次陷入了混乱。
民国政府成立后，政治统治方面，北洋系在独裁上的道路一直保持着强势，袁世凯病死后，北洋系分裂，从中分化出来的各派军阀你方唱罢我登场，中国陷入了军阀混战的局面。1928年发生的“东北易帜”，标志着北洋军阀时代的终结。但军阀混战时代依然没有结束，但名字变了，我们称为国民党军阀时代。