倭寇的侵扰其实很早就有，甚至纵穿三个世纪，最开始在十三世纪初是对高丽进行侵扰，为此高丽专门与日本进行商谈，而在元朝时期，元朝与日本之间的战争，元朝失利，也影响到了中日之间的关系，日本人仇视蒙古人，渐渐日本人也开始向辽东半岛、山东半岛等地发动侵扰，但并没有形成规模，到元朝末年，刘暹率军反击下，倭寇大败，侵扰活动暂停了一段时间。
明朝建立之后，倭寇再次出现，而明朝可以倭寇侵扰分为两个时期，分别为前期和后期，困扰明朝四十余年的倭寇问题就是明朝倭寇后期，戚继光抗倭就是出现在这一时期。
明朝倭寇前期
按理我们应该说明朝后期倭寇，为什么要说前期呢？其实明朝的倭寇产生跟前期有一定的关系。
明朝建立之后，朱元璋为了专心对付北元和其他起义军残余势力，与日本人修好，并告诉日本元明鼎革之际（改朝换代），可是此时的日本正处于南北朝时期，明朝刚刚接触的是日本南朝，等关系真正修好的时候，日本北朝已经灭掉南朝，使得南朝很多武士、政客和浪人被迫流浪在海上，盘踞在海岛上，成为了倭寇的一股不小的力量，再加上张士诚南方残余势力与日本南朝合作，使得明朝沿海不断受到侵扰，但明朝与日本北朝有着共同的目标，于是联合共同清剿倭寇。
后来，日本北朝掌权者更换之后，不再与明朝共同清剿倭寇，明太祖于是下令“寸板不许下海”，标志着遏制中国人对外交往的海禁政策出台，这一政策不仅没有减少倭寇的出现，反而增多，后续朱元璋又发布“以倭寇仍不稍敛足迹，又下令禁濒海民私通海外诸国”和“禁外藩交通令”，这些政策都没有遏制倭寇的出现，反而增加了走私的出现。
倭寇增多，成为了明朝一大隐患，直到永乐十七年的望海埚之战，明辽东总兵刘江率师全歼数千来犯之倭后，倭寇才稍稍敛迹。
明朝倭寇后期
明朝前期倭寇从洪武到永乐的57年间，倭患次数共为94次，年平均不到2次；永乐以后到嘉靖之前（1425～1522年）近百年间的倭患记录次数仅为17次；但是嘉靖年间一朝的45年间，倭患次数猛增到628次，占明时期倭患次数的80?嘉靖时期的倭寇困扰明朝四十余年，史称嘉靖倭乱。
到嘉靖时期，海禁加上爆发的争贡之役，与日本正式中断一切贸易，这一政策也引爆了倭寇之乱。
倭寇之乱之所以出现，主要有四个原因：
1、日本因为内战导致很多人失业和破产，被迫沦为海盗；
2、日本商品奇缺，很多需要从明朝进口，断交阻止了商品流通，明朝物品运回日本，差价能够在十倍之上；
3、日本室町幕府已名存实亡，失去了对全国局势的控制，各诸侯自相为政，从而掠夺明朝资源；
4、明朝有一大批的商人、破产农民、渔民等，在日本居住，勾结当时的日本倭寇，成为其助力，或者说是走上了海盗之路。
这些都是嘉靖年间爆发倭寇之乱的原因，但嘉靖年间的“倭寇”一词，就有着不小的争议，并诞生了“假倭寇”一说。
假倭寇其实就是指得中国海贼，或者成为海盗的中国人以及少数外国人，因为当时走私或者通倭与“倭寇”同罪。
明朝倭寇后期，其实倭寇官方说法已经为“倭人占十分之三，中国人占十分之七”，由此可见此时的倭寇大乱，明朝人占到很大一部分，尤其是以王直、陈东、徐海、曾一本等人为首的大团体倭寇组织，甚至蔓延至整个明朝沿海线，他们以“假倭寇”的名义，来伪装自己和保护自己，因为当时的沿海居民，在海禁的管控之下，要么忍饥挨饿，要么铤而走险进行海上走私，而大部分人选择了后者，从而使得倭寇迅速蔓延，出现“民寇一家”的现象。
难怪万历年间的六部尚书谢杰说到：“海滨人人皆贼，有诛之不可胜诛者，是则闽浙及广之所同也。”
随着倭寇的猖獗，全国上下对倭寇十分仇恨，已经严重威胁到了明朝沿海百姓的生活，于是出现了俞大猷、戚继光等抗倭英雄，在十几年的努力下，才将已经根深蒂固的倭寇全部荡平。
而真正的日本倭寇在丰臣秀吉统一日本之后，发布“八幡船禁止令”（禁止海盗行为）的影响，日本海盗数量急剧减少。
总结：在明朝的清剿之下和日本禁止令颁布之后，“真假”倭寇基本消失，最后一次记载是在天启四年（1624年），其余再无记载倭寇之事，其实“真假”倭寇也全都是为了生存和利益，才会出现在历史的舞台。