刑讯逼供的滥觞。雍正八年湖北麻城涂如松案：八名人证在酷吏高仁杰刑审过程中“立毙杖下”，涂如松更是饱受重刑，只求速死。甚至署理麻城知县汤应求也因坚持原谳，而被“连用夹棍，使其求生不得、求死不能”。乾隆元年河南郑州强盗轮奸案，刘氏被施以竹板敲手之刑，“求死不得，只好供认卖奸”。嘉庆二十一年山东泰安徐文诰案，被严刑逼供的徐文诰，“两膝溃烂，筋骨皆现，蛆毬出入如弹丸”。刑讯逼供之滥觞，不一而足。清代审判“务得输服供词”“据供以定案”。清末修律大臣沈家本，虽然后期主张废除刑讯，亦不讳言曾对犯人“分班拷讯”，有时甚至“拷至日暮”。在清代，掌嘴、笞杖、夹棍、拶指，均是合法刑讯手段；法定之外的酷刑亦层出不穷。重刑之下，“畏刑甚于畏死”，又何以“刑狱平”？
任重而位卑的仵作。乾隆五十年海昇杀妻案：刑部仵作李玉接受贿赂后，“虽然认出乌雅氏脖颈上的伤痕并非致命伤，仍然以自缢喝报”。都察院西城仵作王国泰二次尸检亦不敢翻刑部之案，直至乾隆皇帝震怒，另调大兴县仵作第三次检验，方报“显系踢死”。嘉庆十四年江苏淮安李毓昌案，仵作听从知县命令，“用水将血迹洗去”，并将尸体草草处置，在尸格单上填报自缢完事。道光元年刑部舞弊案，宛平县仵作被买通，验尸时便将致命伤隐匿不报，只喝报说“内损身死”。道光四年浙江德清徐氏案，前后仵作两次蒸检结论均是自缢身亡，直至另调外省仵作检验，方验明“实系被掐身死”。命案之要，首在验尸。仵作之职，对于推勘定谳至为重要。正所谓“狱事莫重于大辟，大辟莫重于初情，初情莫重于检验”。但以仵作地位之卑微，极难秉公勘验。仵作与娼优隶卒同属贱役，不仅薪俸微薄，而且地位低微，易被贿赂和操纵。一旦检验出错，又责罚极重，所谓“工食本微，获咎复易”。
考绩与议处制度疏漏。清代地方司法之恶，以讳盗诬良最为昭彰。对于辖内强盗入室抢劫，甚至杀伤事主的案件，地方官吏极为抵触据实立案上报。如若不能压服事主，就往往讳盗为窃或讳盗诬良。诬良又通常是将罪名诬陷给事主的家庭成员。郑州强盗轮奸案就是河南地方官隐匿盗情，层层罗织，而致无辜者十余人被拟为死罪。道光年间四川遂宁胡氏姑嫂案，亦是知县执意讳盗，重刑逼认胡氏姑嫂谋夫杀兄。讳盗诬良之肇因，首要是清代官员的考绩制度。地方官如果不能在限期内破获强盗案，就有“疏防”之罪。侦缉逮捕强盗的期限仅为四个月，以当时刑侦技术条件，可知捕盗破案之难。依清代议处制度，疏防处分不仅直接针对地方州县官，而且向上连带知府、道员和绿营副将。因此，地方官讳盗诬良，上司往往察而不发。
司法与行政混沌一体。清代地方司法与行政合一，《清史稿》云：“知县掌一县治理，决讼断辟，劝农赈贫，讨猾除奸，兴养立教。凡贡士、读法、养老、祀神、靡所不综。”瞿同祖称州县官是“一人政府”，司法与行政职权混沌一体，刑名钱谷都有关考绩晋升。州县官职掌司法，查勘检验、缉凶捕盗、监禁人犯、审理词讼、执行判决等职权集于一身。州县官虽然科举出身，饱读诗书，对律例却不熟悉，而是依赖刑名幕友。幕友代批呈词、代拟判决，却又无权参加庭审，只是依赖幕后聆听和阅卷。至于缉凶捕盗，更是全凭县衙捕快。捕快虽是公人，但其为非作歹，“甚于盗贼”。清代名吏方大湜论捕役有八害，以豢贼分肥为最。
形同虚设的监督体系。清代地方审转体系，本为层层监督设计，以避冤狱，但当时的司法监督体系形同虚设。“救官不救民者，上控之案，使冤得申，则官之祸福不可测；使不得申，即反坐不过军流耳。而官之枉断与否，则非所计也。”蒙冤事主一方只得远赴京师控告，以求上达圣听。郑州强盗轮奸案，系经县府司省多轮审理并由巡抚拟定，当事人亲属只能进京控诉。乾隆先是派出刑部侍郎吴应棻、内阁学士伊尔敦为钦差大臣覆审，后又遣令刑部尚书孙嘉淦会同河道总督白钟山审理此案。泰安徐文诰案更是历经一次部驳、两次京控，方由嘉庆委派钦差平反冤案。清代刑事冤案，标在官吏舞弊，而本在制度设计。“满朝朱紫贵，尽是读书人。”星夜赶科场的士子英才，素有修身齐家治国平天下的抱负。可惜，有的人却随宦海沉浮，依违积习，吏治废弛，终是制度之弊。究问刑事冤案，如俗谚云：“盐打哪咸，醋打哪酸。”如果刑讯逼供通行、司法职能不分、监督体系虚设的制度不求改变，刑事冤案定然不可避免。