先写结论：
1、国内的大型枢纽站基本上能保证有规律发车，但整点发车不是所有大站都能保证;
2、国内线路普遍偏长，车底交路比较复杂，因为高铁降速的原因导致时刻表越来越乱;
3、小站因为经停、跨越车次不同，距离也不是平均分布的，所以无法保证有规律发车;
4、国内线路上跨线车越来越多，对于成网的线路来说，要做到完全有规律非常困难;
展开来说每一条：
第一条：国内的大型枢纽站基本上能保证有规律发车，但整点发车不是所有大站都能保证
其实北京南 - 上海虹桥的 Gnn 车次就是完全规律的：
G11 8:00
G1 9:00
G13 10:00
G15 11:00
G3 14:00
G17 15:00
G19 16:00
G21 17:00
实际上北京南的大部分车都是有规律的，基本做到按 5 分钟发车间隔的空挡排图，对齐到 5 分钟发车的例子有：
G103 7:05
G471 7:10
G261 7:15
G57 7:25
G177 7:30
G11 8:00
G381 8:00
G31 8:30
G109 8:35
G111 8:40
G165 8:45
G1 9:00
G113 9:05
G41 9:15
G13 10:00
G119 10:05
G265 10:10
G181 10:45
G15 11:00
G123 11:05
G125 11:10
G33 11:15
G411 11:20
G127 11:35
G4287 11:40
G6787 12:55
G29 13:35
G137 13:40
G59 13:45
G3 14:00
G43 14:05
G17 15:00
G35 15:05
G143 15:10
G145 15:30
G475 15:35
G19 16:00
G147 16:05
G195 16:10
G37 16:15
G149 16:25
G151 16:30
G21 17:00
G153 17:10
G157 17:45
G159 17:50
G201 17:55
可能有人会说实际好像不是，京沪上有很多不整 5 分钟发车的，请看第二条。
第二条：国内线路普遍偏长，车底交路比较复杂，因为高铁降速的原因导致时刻表越来越乱
国内大部分车底都是复用的(套跑)，比如 G1 次车底的交路信息是 G1-G142-G179-G196，虽然能保证 G1 次是整点发车，但回来的 G142 就不好保证了，因为到站后要整备，要占用站台(太长太短都不行)，要组织上下客(中国旅客大部分都是长途旅行，所以组织上下客的时间比国外要长的多)。
因为这些原因，导致了某些车底只能单方面对齐时间，还是以京沪高铁为例，京沪高铁的普遍现象是，上午发的车基本上都是对齐到 5 分钟，下午发车就没那么有规律了，因为下午的车有不少都是要折返的。
并且最早的高铁时刻表都是按照 350km/h 排图的，但降速以后运行时间也发生了变化，导致原本能对齐时间的变得不对齐，这也是一个重要因素。
降速对城际线路时刻表影响特别大，我记得原来京津城际线路都是对齐到 5 分钟的，后来完全混乱了，历史时刻表可以参考这里：京津城际铁路，比如第一班 C2001 本来是 6:30 发车，现在是 6:13
第三条：小站因为经停、跨越车次不同，距离也不是平均分布的，所以无法保证有规律发车
这一点不少回答里都讲了，因为中间站间距不均匀，无法做到有规律发车，而车速又是固定的，这里就不展开说了。
第四条：国内线路上跨线车越来越多，对于成网的线路来说，要做到完全有规律非常困难
国内高铁正在逐步成网，跨线车非常多，很多车次都是后加进去的，比如哈尔滨(沈阳)- 上海虹桥(青岛)的车，要跨越多条线路，只能在时刻表上见缝插针，如果想要保持时刻表的整齐，唯一的方法可能就是大规模调图了，但未来如果又新接入一条线，可能还需要再大规模调图一次，所以新加的车很多都是不整点整分对齐的。
如果未来高铁网络基本定型了，那么时刻表可能会慢慢恢复到对齐的情况，但这也只是可能而已。
其实不仅仅是高铁，普速车过去也都是对齐的，只不过国内高铁的发车间距是 5 分钟，比较容易看出规律，普速线路是 7 分钟发车间距，规律不那么明显。北京站过去在京沪线上跑的 Z 字头的车，发车时间是 19:00/19:07/19:14/19:21/19:28/19:35，所以很多线路原来可能都是有规律的，因为国内近些年铁路也在发展，所以时刻表经常改变(不像很多国外线路都已经定型很多年了)。
补充
如果题主希望的是时刻表非常有规律，停站很精准，至少现阶段是不太可能的，因为新增一个线路，添点跨线车，时刻表就毁一次，所以只能等到未来线路建设稳定下来以后才可能见到稳定的时刻表。
时刻表无规律的另一个问题是缺车，中国铁路的一个明显特征是旅客乘坐距离较长，导致上下客整备时间长，各个路局只能尽可能的多开车，这样时刻表是不可能有规律的。典型的例子是郑开城际，只有一组车底，还兼做线路检测(DJ 车，不能载客)，这样时刻表就不可能有规律了。
目前看到的最有规律的就是 G7001~7029.