蒙古帝國自成吉思汗率領下，通過西征後蒙古帝國雄踞北方，此時滅南宋只是時間問題了。歷史上，除了成吉思汗威名，其孫子忽必烈也是一個有作為的皇帝，而且嚮往中原，想融入中原，建立元朝後，開啓了一個歷史朝代。
1260年，忽必烈在與阿里不哥爭位中取勝，成為蒙古大汗，建元“中統”。忽必烈建立的元朝完全取決於中國傳統。元就是《易經》中“大哉乾元”，因此忽必烈取名為“大元”，這與忽必烈手下漢臣有很大關係。
1276年，元朝攻佔了南宋的臨安，標誌着南宋滅亡。1279年，崖山海戰後，南宋末帝跳海身死，元朝統一南北各政權，也結束了五代十國的分裂局面，成為一個大一統的朝代。
元朝是我國曆史疆域最為廣闊的地區，特別是元朝體制很先進，設中書省、左右丞相和平章政事，地方設行省，這為後來明朝體制奠定了基礎。元朝經濟、貿易及海貿發達，不亞於宋朝。元朝的元曲在歷史上也佔有一席之地。而且與國外交流頻繁，各國使節、傳教士、商旅等來中國很多，馬可波羅是最有代表的一位。但忽必烈最初建立元朝，想以中原皇帝那樣，讓各藩屬國來朝貢，便有的國家就拒絕，其中就有日本。因此忽必烈在建元之初就發動了“元日戰爭”，雖然失敗了而且記載較少，但改變了地區形勢。
忽必烈之所以發動征伐日本的戰爭，主要因為忽必烈多次派使者到日本，要求日本效仿高麗國稱臣納貢，被日本拒絕。1267年，忽必烈就派高麗人趙彝為元朝使節，到日本宣旨，但日本沒有理睬。1268年，忽必烈又派出蒙古使臣，這次使節團規模很大，但日本依舊沒理。兩次使節碰釘子後，忽必烈又多次通過高麗送信，再陸續派使者到日本，甚至以戰爭威脅日本，要求日本臣服元朝。當時日本是權臣北條時宗把握大權，他拒絕臣服元朝。忽必烈此時正是勢頭旺盛之時，怎麼能忍受日本之辱，因次發動徵日之戰。
兩徵日本1.一徵日本。
1268年，忽必烈派使節被日本拒絕後，他就想征伐日本。但由於準備不充足，直到1274年，元朝才組織兩萬五千人的軍隊，從朝鮮率船隊向九州島進攻。元軍的兩萬多人，實際上是一個雜牌軍，既有高麗人，也有北方漢人，還有女真人、契丹人、蒙古人。元軍統帥是忽敦，副統帥由漢將劉復亨、高麗人洪茶丘擔任。
元軍船隊到博多灣後，佔領對馬島和壹歧島，然後兵分三上在九州上岸並向日本內陸進攻。元軍主力部隊登陸點選在長崎，另兩路是策應部隊。日本見元軍來襲，日本鎌倉幕府調集部隊正規軍迎戰，便在九州沿海各鎮，只能讓武士和民兵參加了。日軍第一次與元軍作戰，據史料記載，第一次元日戰爭，持續二十多天，劉復亨在激戰中陣亡，元軍損失大半，元軍退到海灘上用回回炮防守，但已經無濟於事。此時元軍後勤供應出現問題，將士所用的箭已經沒有了，根本抵掃擋不住日軍箭射，只得登船撤到朝鮮。
第一次元日戰爭，元軍以失敗告終。
2.二徵日本。
忽必烈第一次徵日，用兵數量少，也是帶有試探性的徵日，主要以探虛實。在忽必烈眼裏，雖然徵日失敗，但元軍數量少，也沒想必須打贏。因此，忽必烈經過準備，於1281年，再次派兵征伐日本。
此時忽必烈火已經基本完成全國的統一，可以有大量兵力投入到徵日戰爭中。這次徵日與第一次徵日不同，兵分兩路從江浙和朝鮮兩地同時出發，而元軍有五千多艘大小船隻參與徵日，軍隊有二十多萬，其中蒙古人佔了四分之一，比第一次徵日數量要多。其他為漢人與高麗人以及新歸降的南宋軍隊。
因為元軍中的蒙古兵數量增加，成為徵日主力。因此，這一次忽必烈勢在必得。6月初，元軍即展開登陸戰，登陸點在九龍山與上次登陸點並不遠。但元軍卻遇到更加頑強的抵抗。高麗統帥洪茶丘被俘殺，蒙古幾名指揮官也陣亡。這次戰爭打了一個多月，遠征軍損失超過三分之一。日軍此次防範更加嚴密，在海岸邊已經構築了堅固的防禦工事，元軍就是突破不了防線。7月下旬，元軍又因糧草與箭支用完才撤退。第二次徵日再次失敗，而且敗得比上次還要慘烈，因為遇到了颱風，使元軍的船隻遭受重創，連撤回都困難。這就是第二次徵日戰爭中所説的“神風”。
元軍兩次徵日戰爭均以失敗告終，但從史料記載中，有很多疑團不解。
第一大疑團：為何選在台風季節徵日？
元軍第一次徵日時間是1274年10月，這個時間段應該是秋末季節，雖然第一次未遇到颱風，但此季節是颱風經常發生的季節。而元軍第二次徵日時間是1281年6月到7月，屬於夏季時間，也是颱風季節，第二次元軍徵日在敗退時遭遇了劇烈的颱風，使元軍撤退受到重創，一些元軍被俘殺。即使忽必烈不懂颱風知識，但高麗人及我國沿海的漢人瞭解颱風規律，完全可以避開台風季節征伐日本。
第二大疑團：為何沒有糧草及箭支供應？
從兩次徵日失敗的原因看，元軍都因為糧草及箭支用盡才被迫撤離。那為什麼元軍只帶戰爭用的糧草，而不設置供應船呢？這個謎團令人不解，第一次徵日時，元軍完全可以從朝鮮用不多的後勤供應船隻，源源不斷的向前錢供應糧草和箭支。對於這一謎團，第一次可理解，元軍試探性進攻，第二次就是太大意了，也與忽必烈輕視日本有關，認為二十多萬元軍，足以滅掉日本。
還有人不理解，為何元軍登陸日本成功後不採取在中原作戰時就地取糧方式呢？主要因為戰爭激烈程度太強，元軍根本沒有深入日本腹地，沿海並無多少居民點，日本那時人煙稀少，屬於荒蠻地帶，即使深入腹地，也不會取到足夠的糧草。
第三大疑團：為何不偷襲日本？
元軍兩次徵日，都是轟轟烈烈開始，這就給了日本充分的戰爭準備。既然日本準備了，忽必烈完全可以選擇其他登陸點，以偷襲的方式進行。非要面對日本設置好的防禦陣地登陸。本來元軍適合陸地征戰，登陸作戰並不是他們長項，失敗也屬必然。但如果偷襲效果是否理想點呢？
第四大疑團：為何不運戰馬過去？
蒙古騎兵世界有名。蒙古帝國的崛起靠就是其厲害的騎兵，特別是成吉思汗西征，騎兵優勢作用突顯。忽必烈滅金、夏、宋騎兵也是主要力量，為什麼不增加船隻運戰馬過去呢？有人説海上運戰馬容易受驚。可以採取其他方式讓戰馬安靜過去，隨後展開騎兵突襲，也完全有可能。從元軍徵日失敗中，我們看到，元軍不善於貼身近戰，這不是元軍優勢，而回回炮也沒有發揮作用。
元軍兩徵日以失敗告終，關於失敗的原因，後來人們總結了很多原因，比如兵力不足、糧草供應困難以及遭遇颱風等原因，都是元軍失敗的原因。但主要原因，還是忽必烈重視程度不夠，即使兩次徵日失敗，忽必烈也認為無所謂。
但元軍兩次伐日，卻改變了東北亞局勢。因為元軍徵日後，讓日本害怕，日本為防止元軍來襲，動用全國力量修建防禦設施，甚至重兵把守元軍可能登陸地點。日本在長期防禦壓力下，自身走向崩潰。
據史料記載，日本幕府借元軍入侵之由，繼續掌握日本大權，並沒有還權於天皇跡象。而且日本因為不斷加強九州的防務，勞民傷財。由於元日戰爭的原因，海上貿易也停止，造成了日本經濟困難。執政的幕府沒有財力犒賞防元軍的日軍，國內矛盾不斷激化，1333年，日本鎌倉幕府滅亡。
雖然日本歷史上對於戰勝元軍有些自豪，其實日本之後進入亂世，如果此時元軍再次征伐日本必然成功。但忽必烈也轉入鞏固元朝統治的事情。此時東北亞格局已經很明瞭，元朝雖然徵日失敗，但依舊成為新霸主，日本進入亂局，根本無法撼動元朝。