第四次十字軍攻陷君土坦丁堡以及拉丁人對拜占庭居民的剝削壓迫引起希臘人的極大反感和仇恨，廣大的東正教信徒對由威尼斯人組成的君土坦丁堡教會十分憎惡，他們以各種形式展開鬥爭。在原拜占庭帝國領土各地形成的希臘人政權中，尼西亞城成為最大的拜占庭人流亡中心，並逐步發展成為推翻拉丁帝國、取君士坦丁堡、恢復拜占庭人統治的鬥爭中心。君士坦丁堡陷落時，許多拜占庭貴族高官紛紛攜帶家眷和金銀細軟逃離危在旦夕的首都，來到海峽對面的小亞細亞地區。
科穆寧王朝皇帝阿萊克修斯三世的女婿、拉斯卡利斯家族的塞奧多利（Theodore Laskaris，11204-1221年在位）於城破之際，在聖索非亞教堂被人們推舉為皇帝。而後，新王朝便倉皇向東撤出君士坦丁堡，先在布魯薩城（Brusa）暫避風頭，後得到擔心拉丁人勢力東擴的突厥蘇丹的支持，在尼西亞定居下來。由於拉斯卡利斯王朝的勢力發展迅速，並公開宣佈繼承拜占庭帝國傳統，該政權有時被稱為“尼西亞帝國”。
拉斯卡利斯王朝的實力範圍在小亞細亞西部沿海地帶，以薩卡里亞河（the Thakaria the Mendriew）為其東界，其西臨愛琴海。王朝按照所控制的領土的自然地理狀況，將版圖大體分為兩大地區，即以大教長駐地尼西亞為首府的北部地區和以南菲宏（Nym phaion，今圖爾古特附近）皇宮為首都的西南部地區。隨着尼西亞主朝實力的增強，其疆界向東推進到安卡拉以西，向西控制了博斯普魯斯海峽和達達尼爾海峽及愛琴海東部沿海，並將勢力擴張到色雷斯地區王朝的金庫設在馬格尼西亞（，今馬尼薩），皇室和朝廷住在南菲宏，海軍基地設在斯米爾納 4（ Symirna，伊斯米特）。
拉斯卡利斯王朝統治五十七年，四位皇帝先後在位。據史料記載，該王朝有波斯血統，原為小亞細亞軍事貴族塞奧多利娶科穆寧王朝公主後，以皇室成員身份參與帝國政治鬥爭，被擁立為皇帝。他死後由女婿即位，長女伊琳尼的丈夫約翰·瓦塔基斯三世（JohnⅢ l Vatatzes，1222—1254年在位）時期最大限度地擴張了王朝的疆域。其子塞奧多利二世（Theodore II Laskaris，1254-1258年在位）統治時間雖短，但已經完成了推翻拉丁帝國的準備工作，可惜英年早逝。王朝統治在其子約翰四世（John V Laskaris，1259-1261年在位）時期中斷。
尼西亞流亡政府建立之初面臨拉丁帝國的追剿攻擊。當時，在小亞細亞地區已經存在幾個拜占庭人殘餘勢力建立的獨立政權。1204年，拉丁帝國皇帝鮑爾温的兄弟亨利和根據第四次十字軍東侵時的分贓協議分得尼西亞地區的路易斯（Lewis）伯爵，率領拉丁騎士出兵小亞細亞，並在今巴勒克埃西爾（Palikesir）附近打敗塞奧多利的拜占庭軍隊。此後，拉丁帝國軍隊橫掃馬爾馬拉海沿海地區，將比塞尼亞地區（Bithynian）的城鎮全部攻佔。但是，在尼西亞王朝生死存亡之際，色雷斯希臘人和保加利亞人起義迫使拉丁帝國軍隊回師西向，從而使尼西亞政府獲得喘息的機會。1205年4月，希臘保加利亞聯軍在亞得里亞納堡戰役中全殲拉丁帝國軍隊，皇帝鮑爾温被俘，路易斯伯爵陣亡，拉丁帝國受到致命打擊，尼西亞政府從此擺脱了拉丁騎士的威脅。
拉斯卡利斯王朝首先統一小細亞地區各個希臘人小政權，其中有盤在菲拉德菲亞地區的塞奧多利·曼卡法斯（Theodore Mankala）米萊圖斯城（Mi，今拉附近）周圍地區的薩巴斯·阿塞德努斯（Sdm）今大門德雷斯河的曼努埃爾（）和地中海沿海的大衞·科寧（Dand Cameos）等。他們先後接受了尼西亞政府的統一領導。而後，拉斯卡利斯王朝致力於恢復拜占庭政治制度，建立中央和地方的統治機構，按照拜占庭帝國舊制全面整頓政府各部、教會，軍隊和法庭。博學的米哈伊爾·奧托利亞努斯（Michael Ottolianu）被任命為大教長。1208年他為塞奧多利正式加冕為帝，宜稱拉斯卡利斯王朝為拜占庭帝國合法繼承人。這樣尼西亞政府就成為拜占庭反抗拉丁帝國的政治和宗教中心。
1206年，拉丁帝國新任皇帝亨利（Henry of Haenault，1206—1216年在位）再次入侵小亞細亞，但因保加利亞人進攻色雷斯地區而被迫撤軍，並於1207年與尼西亞政府訂立和約。為了清除拉斯卡利斯王朝勢力，1209年，亨利與尼西亞帝國東部的突人羅姆蘇丹庫斯魯（Kai- Khusru）簽訂秘密同盟。1211年，羅姆蘇丹國軍隊對拉斯卡利斯王朝發動進攻，在突人軍隊中，有800名拉丁騎士為中軍前鋒，前拜占庭皇帝阿克修斯三世也充當土軍的指揮官。
雙方在敏德爾河流域的安條克附近進行決戰，塞奧多利大獲全勝，擊斃蘇丹，活捉其岳父阿萊克修斯。這次勝利徹底解除了尼西亞帝國東部威脅，極大地提高了拉斯卡利斯王朝的地位。1214年，尼西亞帝國和拉丁帝國在南菲宏訂立邊界條約，劃定以薩卡里亞河上游和蘇蘇爾盧河為兩國分界線。從此，尼西亞帝國的疆域基本穩定，拉斯卡利斯王朝遂着手進行富國強兵的內政改革。
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