第四次十字军攻陷君土坦丁堡以及拉丁人对拜占庭居民的剥削压迫引起希腊人的极大反感和仇恨，广大的东正教信徒对由威尼斯人组成的君土坦丁堡教会十分憎恶，他们以各种形式展开斗争。在原拜占庭帝国领土各地形成的希腊人政权中，尼西亚城成为最大的拜占庭人流亡中心，并逐步发展成为推翻拉丁帝国、取君士坦丁堡、恢复拜占庭人统治的斗争中心。君士坦丁堡陷落时，许多拜占庭贵族高官纷纷携带家眷和金银细软逃离危在旦夕的首都，来到海峡对面的小亚细亚地区。
科穆宁王朝皇帝阿莱克修斯三世的女婿、拉斯卡利斯家族的塞奥多利（Theodore Laskaris，11204-1221年在位）于城破之际，在圣索非亚教堂被人们推举为皇帝。而后，新王朝便仓皇向东撤出君士坦丁堡，先在布鲁萨城（Brusa）暂避风头，后得到担心拉丁人势力东扩的突厥苏丹的支持，在尼西亚定居下来。由于拉斯卡利斯王朝的势力发展迅速，并公开宣布继承拜占庭帝国传统，该政权有时被称为“尼西亚帝国”。
拉斯卡利斯王朝的实力范围在小亚细亚西部沿海地带，以萨卡里亚河（the Thakaria the Mendriew）为其东界，其西临爱琴海。王朝按照所控制的领土的自然地理状况，将版图大体分为两大地区，即以大教长驻地尼西亚为首府的北部地区和以南菲宏（Nym phaion，今图尔古特附近）皇宫为首都的西南部地区。随着尼西亚主朝实力的增强，其疆界向东推进到安卡拉以西，向西控制了博斯普鲁斯海峡和达达尼尔海峡及爱琴海东部沿海，并将势力扩张到色雷斯地区王朝的金库设在马格尼西亚（，今马尼萨），皇室和朝廷住在南菲宏，海军基地设在斯米尔纳 4（ Symirna，伊斯米特）。
拉斯卡利斯王朝统治五十七年，四位皇帝先后在位。据史料记载，该王朝有波斯血统，原为小亚细亚军事贵族塞奥多利娶科穆宁王朝公主后，以皇室成员身份参与帝国政治斗争，被拥立为皇帝。他死后由女婿即位，长女伊琳尼的丈夫约翰·瓦塔基斯三世（JohnⅢ l Vatatzes，1222—1254年在位）时期最大限度地扩张了王朝的疆域。其子塞奥多利二世（Theodore II Laskaris，1254-1258年在位）统治时间虽短，但已经完成了推翻拉丁帝国的准备工作，可惜英年早逝。王朝统治在其子约翰四世（John V Laskaris，1259-1261年在位）时期中断。
尼西亚流亡政府建立之初面临拉丁帝国的追剿攻击。当时，在小亚细亚地区已经存在几个拜占庭人残余势力建立的独立政权。1204年，拉丁帝国皇帝鲍尔温的兄弟亨利和根据第四次十字军东侵时的分赃协议分得尼西亚地区的路易斯（Lewis）伯爵，率领拉丁骑士出兵小亚细亚，并在今巴勒克埃西尔（Palikesir）附近打败塞奥多利的拜占庭军队。此后，拉丁帝国军队横扫马尔马拉海沿海地区，将比塞尼亚地区（Bithynian）的城镇全部攻占。但是，在尼西亚王朝生死存亡之际，色雷斯希腊人和保加利亚人起义迫使拉丁帝国军队回师西向，从而使尼西亚政府获得喘息的机会。1205年4月，希腊保加利亚联军在亚得里亚纳堡战役中全歼拉丁帝国军队，皇帝鲍尔温被俘，路易斯伯爵阵亡，拉丁帝国受到致命打击，尼西亚政府从此摆脱了拉丁骑士的威胁。
拉斯卡利斯王朝首先统一小细亚地区各个希腊人小政权，其中有盘在菲拉德菲亚地区的塞奥多利·曼卡法斯（Theodore Mankala）米莱图斯城（Mi，今拉附近）周围地区的萨巴斯·阿塞德努斯（Sdm）今大门德雷斯河的曼努埃尔（）和地中海沿海的大卫·科宁（Dand Cameos）等。他们先后接受了尼西亚政府的统一领导。而后，拉斯卡利斯王朝致力于恢复拜占庭政治制度，建立中央和地方的统治机构，按照拜占庭帝国旧制全面整顿政府各部、教会，军队和法庭。博学的米哈伊尔·奥托利亚努斯（Michael Ottolianu）被任命为大教长。1208年他为塞奥多利正式加冕为帝，宜称拉斯卡利斯王朝为拜占庭帝国合法继承人。这样尼西亚政府就成为拜占庭反抗拉丁帝国的政治和宗教中心。
1206年，拉丁帝国新任皇帝亨利（Henry of Haenault，1206—1216年在位）再次入侵小亚细亚，但因保加利亚人进攻色雷斯地区而被迫撤军，并于1207年与尼西亚政府订立和约。为了清除拉斯卡利斯王朝势力，1209年，亨利与尼西亚帝国东部的突人罗姆苏丹库斯鲁（Kai- Khusru）签订秘密同盟。1211年，罗姆苏丹国军队对拉斯卡利斯王朝发动进攻，在突人军队中，有800名拉丁骑士为中军前锋，前拜占庭皇帝阿克修斯三世也充当土军的指挥官。
双方在敏德尔河流域的安条克附近进行决战，塞奥多利大获全胜，击毙苏丹，活捉其岳父阿莱克修斯。这次胜利彻底解除了尼西亚帝国东部威胁，极大地提高了拉斯卡利斯王朝的地位。1214年，尼西亚帝国和拉丁帝国在南菲宏订立边界条约，划定以萨卡里亚河上游和苏苏尔卢河为两国分界线。从此，尼西亚帝国的疆域基本稳定，拉斯卡利斯王朝遂着手进行富国强兵的内政改革。
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