李秀成《自述書》中提到，天京陷落時，城內能打仗的士兵只有3000餘人，剩下的都是老弱病殘，沒有戰鬥力。換句話説，太平天國主力軍團並未參與天京保衞戰，湘軍入城後斬殺多人，基本都是平民；30年後，譚嗣同遊歷南京，居民對湘軍之暴行依然十分痛恨。
主力軍團並未參加天京戰鬥，他們都在哪裏呢？扶王陳得才20萬大軍在湖北，後被僧格林沁八旗馬隊團滅；侍王李世賢、康王汪海洋等率30萬大軍轉戰江西、福建、廣東，戰鬥力比較強悍。天京陷落之際，李世賢、汪海洋等駐軍並浙江、江西交界處，因京城沒有足夠糧食，他們並未投入戰鬥，實力保存完整。
30萬大軍在手，李世賢、汪海洋起初打了不少勝仗，悍將偕王譚體元在射獵凹設伏，摧毀湘軍營壘15座，陣斬總兵丁得勝。如此，左宗棠只好再次掛帥出征，主持閩浙軍務，圍剿南方太平軍，與李世賢、汪海洋部作戰。
左宗棠大軍壓境，太平軍老毛病又犯了，就是相互內鬥，爭奪最高指揮權。起初，李秀成女婿紀王黃金愛投奔汪海洋，而汪海洋卻找個理由殺了他，説黃金愛是張松，是湘軍混進來的叛徒。那麼，黃金愛是叛徒嗎？非也，黃金愛資格老，汪海洋為樹立威望，故而殺之。
1865年7月，李世賢在漳州戰敗，化妝成和尚，晝伏夜出，去投奔汪海洋。結果呢？汪海洋乘着夜色偷襲，將李世賢及其親信全部處死，然後説侍王叛變，堵住眾人嘴巴。
清軍追尾堵截，汪海洋卻誅殺同僚，真讓人寒心。殺李世賢無疑是最大錯誤，因為李世賢是洪秀全後期重新組建“五軍主將”制時的左軍主將。此時，韋俊早已叛變，陳玉成、李秀成已死，楊輔清則下落不明，只有李世賢有資格號令全軍。
李世賢一死，“五軍主將”不復存在，太平軍內部更加混亂，無法團結一致作戰，失敗乃早晚之事。幸運的是，汪海洋轉戰江西時得到一支強大生力軍，就是南下投靠天平天國的“霆軍”，鮑超麾下悍將黃矮子起義，倒戈一擊，與曾經隊友作戰。
黃矮子起義，原因很簡單，清朝拖欠餉銀，“霆軍”半年沒領到錢，在金口譁變，黃矮子帶部分軍隊南下投奔汪海洋，與清朝作戰，充當開路急先鋒。
1865年12月，汪海洋突破汀江防線，從福建殺入廣東，沿途清軍聞風喪膽。黃矮子率起義“霆軍”一路拼殺，攻佔嘉應州（梅州），這是南方太平軍佔領的最後一座城市。
起初，汪海洋只想在嘉應州過年，並休整部隊，然後突圍去北方聯合“捻軍”，直接威脅清朝京師安全。誰知，左宗棠速度也很快，太平軍還沒站穩腳跟，湘軍就殺到嘉應州城下，圍攻汪海洋。
此時，左宗棠親自督師作戰，鮑超、劉典、康國器、黃少春、席寶田等悍將悉數出動，清軍圍城兵力8萬，聲勢十分浩大。其中，鮑超戰鬥力最強，號稱湘軍第一猛將，一生大小戰鬥500餘次，身受108處傷疤，卻未曾一敗。
湘軍重兵圍攻，王海洋決定搶先下手，派軍隊從西門殺出，破壞湘軍防禦工事。左宗棠早已預料汪海洋會來這招，於是在工事附近埋伏。誰知，帶頭的黃矮子太過兇猛，硬是將埋伏湘軍擊敗，搞得左宗棠很沒面子。
此後，黃矮子經常帶兵出戰，斬殺清軍無數，太平軍士氣高漲。湘軍作戰不利，左宗棠只好採取“長圍戰術”，挖掘兩道壕溝，構築柵欄，修築炮兵陣地，並日夜轟炸。
消耗戰，汪海洋打不起，因為太平軍沒有糧食。為此，汪海洋決定提前突圍，從福建北上浙江、安徽，進入中原。突圍戰鬥時，汪海洋一馬當先，勇猛無敵，劉典軍團被殺退，湘軍死傷2000餘人。接着，太平軍主力殺出，全部投入戰鬥，清軍防線岌岌可危。
此時，叛徒丁太陽告知清軍汪海洋位置，劉典讓“洋槍隊”朝着黃旗下齊射，“槍炮齊施，子如雨注”，汪海洋頭部中彈，不治身亡。主帥殞命，太平軍無心作戰，只好撤入城從長計議。
汪海洋死後，眾將推舉偕王譚體元主持大局，組織人馬突圍。可惜，叛徒奉王黃十四將突圍路線告知清軍，太平軍途徑黃沙嶂時遭遇埋伏，譚體元掩護主力撤退，親自斷後，與湘軍展開激戰。
湘軍人多勢眾，譚體元力戰不支，縱馬跳下懸崖，摔斷了腿。清軍搜索隊將其擒拿，押往廣州凌遲處死。
接着，湘軍乘勢追殺，宗王汪起潛、周王汪麻子力戰而亡。東平王何明亮被圍攻，後率3萬餘人投降，包括家屬。
何明亮投降，卻並未換來部下性命安全，清軍將730餘位太平軍高官查出，全部處以斬首之刑，何明亮本人也被斬首。至此，太平天國主力全軍覆沒，史學家羅爾綱先生言：嘉應州戰敗，標誌太平天國滅亡。
此時，北方遵王賴文光、首王範汝增還在繼續作戰，但兵力不多，只能藉助“捻軍”，也是不成氣候。
參考書目：《太平天國戰爭全史》