1853年春，太平天國定都天京（南京）之後不久，決計北伐、西征。北伐軍由天官副丞相林鳳祥、地官正丞相李開芳等率領。林、李是自出廣西以來，直下兩湖，橫掃三江，一路打先鋒的虎將。其所統率的北伐軍有九個軍，約2萬人，也是以老弟兄為骨幹的精鋭部隊。
他們於5月初自浦口登陸北上，經皖北、河南、山西，突入清朝的畿輔直隸，於10月末進抵天津附近。他們在天京出發時奉到的指示是：以北京為目標，但要先到天津地區“扎住”，報迴天京，等候“再發兵來”。他們便在天津以西運河線上的獨流、靜海屯守了3個月。至1854年2月，南撤迎接援軍，3月至阜城。同時，北伐援軍從安慶出發，3月末到達臨清，距阜城只200多里了，不想克城之後又復潰敗退去。阜城太平軍因被包圍不得消息，也失去了向南突圍接應援軍的時機。至5月初突圍移屯連鎮（屬吳橋縣），這時才得到援軍到達臨清的消息。於是林鳳祥留守連鎮，李開芳分兵南下。上年太平軍一路北上，人數有所增加。到屯踞獨流、靜海時，大約增至4萬人。而自南撤以來，形成被追擊的被動局面，部隊損失大半。所以這次李開芳分兵南下，只帶經過挑選的以廣西老弟......
太平天國北伐軍馮官屯之戰被稱為天平天國最悲壯的一戰！此次奮戰，因戰略決策之失誤，缺乏創新作戰意識，加上援軍來遲，艱苦奮戰兩年後，全軍覆沒。
1854年5月5日，太平軍北伐軍由阜城突圍東走，佔領東光縣的連鎮。連鎮橫跨運河，分東西兩鎮，分別由林鳳祥、李開芳率部據守。當天，僧格林沁即率馬隊追來，不久步隊也趕到，又將北伐軍緊緊包圍。北伐軍為了“另擇一處”牽制清軍，便商定由李開芳率領經過挑選的健卒六百餘人騎馬突圍南下。5月28日，李開芳率隊自東連鎮突圍成功，過吳橋，入山東境，29日襲佔高唐。勝保在殲滅北伐援軍後，於5月19日返抵連鎮外圍，得知北伐軍突圍南下，立即率馬隊跟蹤追擊。
此時，留守連鎮的太平軍僅有六七千人，而僧格林沁則擁軍二三萬人。清軍在連鎮四周挖掘深壕，構築土城，壕深寬各二丈餘，土城高一丈五六尺，厚八九尺，上安抬槍、火炮，每隔一丈支帳篷一座，設兵十名，嚴密圍堵，企圖將太平軍困死。可是圍攻數月，清軍不但未能取勝，反而損兵折將，士氣越來越低，以致僧格林沁不斷受到清廷申斥。太平軍方面，也由於久據連鎮，糧食匱乏，僅以黑豆充飢，及至年底，糧食幾盡。於是，僧格林沁在加緊軍事進攻的同時，乘機開展誘降活動，北伐軍前後出降者達三千餘人。
1855年（咸豐五年）2月17日，太平軍放棄西連鎮，集中力量防守東連鎮。林鳳祥利用僧格林沁的誘降陰謀，於2月18日派蕭鳳山（原系清朝縣丞）等九十餘人詐降清軍，以便聯絡降眾為內應，配合守軍出擊，打破清軍的圍困。但這項計劃被清軍識破，詐降的九十餘人全部被害。3月7日，清軍對東連鎮發起總攻，集中炮火轟擊木城，北伐軍將士拚死抵抗。林鳳祥在督戰時身受重傷，士氣大受影響。不久，木城被攻破，清軍紛紛突入。太平軍將士與敵人展開白刃戰，大量殺傷清軍。最後，太平軍大部陣亡，其餘或被俘，或從運河潛逃。林鳳祥受傷後藏於地道深處，後被清軍搜獲，解送北京，慷慨就義。
李開芳率領的六百餘人（突圍途中擴充近千人）佔據高唐的當天，勝保即率馬隊三百名趕到，不久大隊清軍麕集高唐城外，使這支太平軍又陷入重圍。李開芳得知援軍潰敗，早已退出臨清，而高唐城高池深，糧草尚多，遂組織居民在城外立柵築壘，開掘壕溝，並在城內挖掘地道多處，直通城外，準備依城固守。這時，勝保擁兵萬餘，先後用雲梯、呂公車攻城，均未得逞，便改用臨時鑄造的重炮轟擊。太平軍利用壕溝地道作掩護，保存自己，並於黑夜搶修被敵人轟塌的城牆。以後，清軍又改取挖地道、埋地雷的辦法，也未能破城。太平軍憑藉堅固的防禦工事，利用夜暗襲擊敵營，前後三十餘次，斃傷不少清軍。
高唐久攻不下，勝保先後受到拔去花翎和革職留任的處分。留守連鎮的北伐軍被殲後，清廷便命僧格林沁移師進攻高唐，勝保被解京問罪。僧格林沁於3月11日選精兵八千餘名，抵達高唐外圍，使圍城清軍增至二萬餘人。此時，李開芳得知林鳳祥部已覆沒，決意突圍南返。僧格林沁從俘獲的太平軍人員中得到李開芳等急欲突圍的情報後，便於3月17日夜密令南面清軍分開隊伍，故作疏防之勢，誘使太平軍由此突圍。李開芳沒有識破敵人的詭計，於當日午夜率部突出，向南急走。僧格林沁以馬隊五百餘名銜尾緊追，李開芳部遂入據離高唐約五十里的茌平縣馮官屯。
馮官屯有三村相連，外有高牆。太平軍佔據後，又掘壕立柵，嚴密防守。18日，僧格林沁率馬隊趕到，首先佔據西邊二村，然後在四面安放大炮，向馮官屯轟擊，將房屋盡行轟塌。太平軍在屯內挖掘縱橫交錯的壕溝、地道和地窖，待敵人進至鳥槍射程以內時，通過工事射孔開槍射擊，清軍始終無法攻入屯內。最後，僧格林沁決定採用惡毒的水灌法，強迫大批民工挖一條全長一百二十餘里的水渠（歷時月餘），引運河水至馮官屯。4月20日，開始放水浸灌，屯內平地水深數尺，壕溝地洞被淹，糧草火藥盡濕。這時，僧格林沁一面用大炮轟擊，一面對太平軍展開誘降活動。5月31日，清軍圍攻益急，太平軍糧彈告罄，陷於絕境。李開芳率八十餘人突圍，被清軍俘獲（一説降於清軍），後解送北京，於6月11日遇害。至此，這支由數萬精鋭組成的北伐軍，經過兩年多艱苦卓絕的奮戰，終於全軍覆沒。
失敗原因
北伐軍及其援軍的全部覆沒，這是太平天國自金田起義以來在軍事上所遭到的最嚴重的失利和挫折，對整個太平天國革命戰爭所帶來的影響甚大，教訓也極為深刻。究其原因，主要有以下幾點。
第一，戰略決策錯誤。太平天國的領導者在剛剛佔據金陵一隅之後，就以區區二三萬之眾，遠離後方，進軍數千裏，深入清王朝的腹心地區，冀圖控制一二個外圍要點，堅守待援，然後再增兵攻佔北京，這完全是一種輕敵冒險的戰略決策。戰略上的這種錯誤決策，又未能及時察覺和改正，以致前方將士雖然英勇善戰，也難以挽回失敗的命運。
第二，援軍派出過遲。洪秀全等決定待北伐軍到天津扎住之後，再發援兵，這在當時的交通、通信條件下，顯然失之過遲。如果後續部隊早日派出，與先遣部隊互相策應，即使不能直下京津，也可與河北、山東、河南、安徽等地蓬勃發展的人民革命運動相結合，建立革命基地，與敵人進行爭奪中原的鬥爭。這樣，北伐軍和援軍仍有獲勝的希望。
第三，機械執行指令。北伐軍打到天津外圍之後，即遵照出發前洪秀全等給予的指令，在靜海、獨流停止待援，從而失去了根據實際情況機動作戰的特長，陷入了被動挨打的困境。在從靜海到馮官屯十五個月的被迫南撤過程中，一味單純地進行陣地防禦作戰，雖然善於迅速構築各種野戰工事，但畢竟經受不住清軍大炮的連續轟擊，以致始終處於被敵軍追趕、包圍的不利狀態。林鳳祥、李開芳等如能根據前線實際情況機斷行事，並通過機動作戰，有計劃地伏擊尾追之敵，給敵軍以殲滅性的打擊，北伐軍或不致全軍覆沒。
北伐軍是失敗了，但這支遠離天京孤軍遠征的隊伍，在地形、氣候、民情均不適應的情況下，忍着飢餓和寒冷，與優勢的敵軍進行了近兩年的艱苦奮戰，大部分將士最後英勇犧牲或慷慨就義，發揚了大無畏的英雄氣概，在太平天國革命戰爭史上寫下了極其悲壯的一頁。英雄們的鮮血沒有白流。他們的長驅北伐，不但在政治上擴大了太平天國革命的影響，推動了北方人民的起義，而且牽制了數萬清軍，在一定程度上減輕了天京周圍和西征戰場的軍事壓力。