天正10年（1582年），織田信長消滅了甲斐的武田氏，統一天下指日可待。
這時負責中國攻略的羽柴秀吉軍面對國安芸毛利氏40000大軍，向信長髮出援兵請求。
得到羽柴秀吉求援的消息，織田信長命令光秀返回其屬地阪本城並準備出戰。
而在隨後的幾天裏由明智光秀負責招待長年與武田勝賴交戰的德川家康。當時織田信長召喚德川家康到安土城晉見，據説由於光秀辦事疏忽，被信長解除了招待的負責人職務。
5月26日，光秀領軍來到丹波龜山城，做好了出戰的準備。隨後他參拜了愛宕神社，並留下了“時在今日，天下當傾”（時は今 天が下知る 五月哉）”的名句。
天下當傾，這句連歌已經體現了光秀謀反的意圖。
天正10年的6月1日，信長援軍35000人出陣，其中包括出陣出雲、石見的明智光秀軍。
而信長自己僅帶不到100人，從安土城出發。如果信長把自己的親信部隊帶上，可能就不會身死本能寺了吧！
當夜織田信長下榻京都本能寺，召來國手日海和尚（即本因坊算砂）和鹿鹽利玄對弈為戲。據説此局下出了罕見的三劫連環無勝負局，包括信長在內，觀者皆驚。
當日晚間，信長召來長男信忠歡宴，宴後信忠返回妙覺寺就寢。
此時已有謀反之心的明智光秀回到居城和手下重臣齋藤內藏介利三、明智左馬介光春等商議，認為自己取代信長的時機已經成熟。
當夜，明智軍13000餘人出陣。
第一隊大將明智左馬介光春以及四天王但馬、村上和泉、三宅式部、妻木主計3700人。
第二隊大將明智治左衞門以及藤田伝五郎、並河掃部介、伊勢與三郎、松田太郎左衞門約4000人。
本隊總大將明智光秀，還有明智十郎左衞門、荒木山城守、荒木友之丞、諏訪飛騨守、齋藤內藏介、奧田宮內、御牧三左衞門3200餘人。
6月1日半夜，明智軍到達京都。明智左馬介光春攻織田信長泊宿的本能寺，明智治左衞門攻二條城和織田信忠泊宿的妙覺寺，明智光秀坐鎮三條堀河。
本能寺更是被重重包圍，第一重四天王但馬，第二重村上和泉，第三重三宅式部；且本能寺周圍所有的出口都有2~300人負責把守。
6月1日子時，明智軍完成包圍工作。聽到四周的動靜後，小姓們開始騷亂。信長最初還以為是侍衞們吵架，剛才爬起身準備斥責，（就像當初今川義元遭遇偷襲時一樣）忽聽鐵炮發射之聲，陣陣鳴響。
“定然有人反叛，去，看看叛者是誰？！”信長命令小姓森蘭丸説。
森蘭丸出去了一會兒，匆匆跑回稟報：“是桔梗旗印，像是惟任日向守的部隊！”信長大驚：“光秀嗎……”“一定會失敗”
知道明智光秀謀反後，織田信長親自上陣，率小姓眾奮戰，但始終是寡不敵眾。
織田信長見大勢已去，切腹自殺，但奇怪的是在本能寺內竟然沒有人找到信長的屍體。
信忠率本隊1500人前往救援其父失敗，於京都二條城內自殺。就是這短短兩三個小時改變了整個戰國的歷史。
光秀之謀叛，普遍認為是臨時起意，策劃時間並不很長，但即便如此，以後事倒推，似乎也隱藏着許多不為當時人重視的蛛絲馬跡。
對於信長最後的死亡，各種記載都大相徑庭。
《信長公記》説：“信長公取弓放箭，僅僅放了兩三發之後，弓弦崩斷；再以長槍應戰，結果肘部為敵長槍所傷。信長公自知不免，遂命令身旁的女性逃出。此時，御殿上已經烈火熊熊，難以見到信長公最後的身影，料想他已在御殿深處自盡。”
從明智方的角度來看。
《翁草》中記載説：“信長公身穿白色單衣，先用弓箭迎敵，因弓弦崩斷，便尋槍來戰。一個二十七、八歲的着紅衣的女中取來去鞘的十文字槍，信長公持槍躍下廣庭，與三人廝殺。三人一直把信長公逼到房間內，房間內的蠟燭還沒有熄滅，信長公的身影映在障子上。安田作兵衞（即前面提到過的天野源右衞門）用長刃的槍照此影穿透障子刺去，刺傷了信長公的右腹。信長公遂入寢殿自盡。”
信長在本能寺殞命的時候，其長男織田信忠就下榻在不遠處的妙覺寺中，與本能寺直線距離不過600米。當時明智軍並沒有包圍妙覺寺，信忠從匆匆趕來的京都所司代村井貞勝父子處得到謀叛的消息，立刻趕往京都二條御所。據説，信忠認為：“謀這等大逆的賊黨們，必定已把守了各個要道路口，一旦途中遭遇就不妙了，還是不要作徒勞的移動。”因此沒有及時逃往安土或其它堅固的城堡，這是織田信忠最大的失誤。
而豐臣秀吉接到信長斃命的噩耗後，立即向毛利講和，六日率兵東上，與其他信長家臣會合，兵力膨脹至三萬五千，十三日在山崎之戰中擊敗明智光秀。據説光秀在當天深夜逃往近江途中，被醍醐（京都市伏見區）附近村民視為敗走武士，而遭劫殺。然而，明智光秀跟織田信長一樣，死後均不見屍體，以為佐證。
明智光秀在弒君後第七天，由於各地大名均不理不睬，只得又親筆寫了一封信給老友兼親家公的細川藤孝，懇求細川伸出援手。
內容提及發動本能寺事變的主因在於想提拔女婿細川忠興以及其他人，別無二意；併發誓將在五十日、百日內平定近畿諸國，之後隨即隱退。雖然這是一張永遠無法兑現的空頭支票，但字裏行間洋溢著孤獨、悲涼情懷。
倘若明智光秀沒有發動本能寺事變，他應該是位任何明君都夢寐以求的名臣，不但允文允武，且智勇足備。只是，也或許是過於賣力，反倒令他在不知不覺中患上不為人知的憂鬱症吧。
本能寺事變的最大受惠者是豐臣秀吉。豐臣秀吉始終是明智光秀的競爭對手，無奈事事都比光秀略遜一籌。本能寺事變後，信長眾臣均陷於無能、混亂狀態，只有豐臣秀吉保持冷靜，面不改色自戰場馬不停蹄趕回京都為主君報仇。事後又巧妙地立信忠嫡子為繼任者，掌握了織田政權。