總督之名創制於明朝，不常設。清朝正式成為定製，為地方最高行政長官，總理一至三省軍民要政，有節制文武之權。從宋代起，軍權和政權，特別是財權，往往都是分開掌管，防止坐大。清朝怎麼敢常設總督呢，就不怕有居心者趁機割據嗎？
其實不然，清朝集權到了巔峯，地方軍政體制中有三個原因讓總督完全沒有能力違背中央的意思：一是行省的地理原因，二是八旗的威懾作用，三是權力分散相互制衡。
一、地理條件
唐朝以前，行政區域的劃分都是按照山川地理的走向而形成的。
比如，唐將全國分為十道，一些邊地擁有很好的地利。隴右道完全掌握了河西走廊和西域，只要守住東邊的喇叭口軍隊就很難進入；劍南道擁有現在的雲南四川及漢中等地，擁有蜀道難的優勢；而嶺南道擁有現在的廣東和廣西，完全佔據着五嶺以南。
這樣就容易在地利上形成封閉的地理環境，從而逐漸做大。事實上，唐末五代，也確實是這些地方最容易形成地方割據政權。
到了元朝，這件事開始改變，或許是帝國幅員遼闊，元朝的統治者，把不同的地理揉和成一個行省，而把一個山川形勝分給不同的行省。
後面的明朝和清朝統治者發現這個是防止地方權力做大的好辦法，於是，到了清朝，各行省和地理形勢已經完全被切割。
四川是一個最典型的栗子，川蜀地區只要把漢中大門一關，再守住重慶上游，外軍就很難打進來了。於是，清朝將秦嶺以南的漢中地區劃歸陝西省，這樣如果四川有人反對中央，從漢中就能輕易地突破防線，進入巴蜀盆地腹地。而四川，就再也跳不動了。同時，四川南部還深入雲貴高原腹地，現在的四川攀枝花地區，到昆明比到成都近幾乎一半的路程。這樣雲貴高原也被四川掐住了脖子，難以形成地理上的整體。
還有嶺南，清朝將嶺南分為廣東廣西兩省，還將與兩廣文化地理接近的文山地區劃給雲南，於是兩廣和雲南共同擁有了五嶺的地利。
不僅如此，清朝還將文化淵源完全相同的區域切割開，將文化習慣不同的兩塊地方強行組合成一個省份。
比如江蘇，蘇南和蘇北擁有完全不同的文化和習慣，中間挎着長江，這樣江南和江北誰也別想逃出中央的手掌心。再比如安徽，到現在安徽滁州一帶還是習慣有啥事去南京，而不是安徽省會合肥。
於是，各省地方相互擁有着對方的咽喉部位，各地難以形成地理上的獨立王國，大大降低了各省獨立的可能性。
可能有人説，總督是一至數省，然而八大總督區，除了兩廣總督是有些共同的地利以外，陝甘總督、兩江總督、閩浙總督、湖廣總督，沒有一個擁有共同的地利，四川因為一向容易割據，竟是單獨設置了總督。
二、八旗軍的威懾
八旗軍確實在清朝建立以後開始腐敗，但八旗軍在清建國以後從歷史的視覺中消失的太乾淨了。因此，實際上，八旗並不是腐敗的那麼快，沒有戰鬥力了，而是八旗很少出現在前台，他們都躲在幕後。
他們駐紮在重要的大中城市，但並不與人民和政府接觸，而是單獨生活在旗人區，被稱為“滿城”。之所有沒有出現在大眾的視野中，是因為他們的任務不是作戰，而是監視。
他們的監視對象最主要是綠營。而總督手中的軍權，主要就是調動綠營軍的權力。
雖然綠營在全國約有60萬主力部隊，遠遠多於八旗20萬的兵力。但清朝統治者對綠營的管理採取分權、帶兵和作戰調動權分開，使八旗有了監察綠營的可能。加上統治者賦予的特權，八旗具備無可撼動的實力。為了保證八旗真正的優越性和獨立性，八旗的經濟、教育、婚姻、刑訟等等全部由中央或者專門的機構管理，地方政府包括總督沒有任何染指的可能性。
雍正就曾説，八旗駐防制度是“隱隱然有虎豹在山之勢”。到了乾隆時期，八旗駐防制度進一步完善，在全國約15省會城市和水陸要衝都有駐軍。
隨着八旗的墮落和腐敗，綠營戰鬥力實際上也在降低，所以，也並不存在綠營碾壓八旗的時候。
這種情況下，總督如果有想法，就不得不考慮這一支一直躲在幕後的神秘力量。
三、權力的制衡
即使如此，清朝統治者們還不滿意。
唐代節度使攬軍隊管理權、作戰權、財賦、行政權於一身，而最終將唐帝國肢解。
這給了後代統治者足夠的教訓。宋代開始便將職、權、差進行了分離，雖然這導致了行政效率的低下，但皇帝們還是比較滿意的。到了明代，朱元璋將行省行政、監察、駐軍大權分為布政使司、按察使司、都指揮使司，並且將軍隊人事權收歸兵部，作戰指揮權收歸大都督府，徹底斷絕了地方獨立的可能性。
清朝沿制，但置巡撫主管一省軍政於上，又數省置總督。但這並不意味着總督擁有絕對權力。首先，巡撫和總督並沒有直接的上下級關係。雖然總督為正二品，一般還加兵部尚書或都察院右都御史，為從一品；而巡撫為從二品，一般加兵部侍郎或右副都御史。但巡撫和總督並沒有明確的上下級從屬關係，而且督撫都有單獨上奏皇帝的權力。事實上，很多巡撫壓制或者抗衡總督，比如胡林翼、曾國荃、沈葆楨等著名的巡撫往往能抗衡總督。
其實總督主管還是在軍事，但在軍事上，總督也沒有絕對權力。首先，總督一般由文官充任，他們沒有軍旅經驗，很少有獨立的野心，軍隊中根基不穩難以割據；另外，總督雖名義上可以節制境內所有綠營兵，但實際上綠營兵的統屬十分複雜，巡撫、提督也有節制綠營之權。西部省區如四川、新疆等地，八旗駐防將軍如成都將軍、伊犁將軍也有節制綠營的權力。
因此，總督實際上只能調動直屬的一部分官兵，並不能對巡撫提督形成絕對優勢。
綜上所述，清朝總督想要有獨立的想法並付諸實施，是相當難的。即使到了後期清廷風雨飄搖的時候，總督都難以獨立，直到清廷滅亡，地方割據才慢慢出現。