努爾哈赤為了加強與明朝的鬥爭，與蒙古科爾沁貝勒莽古思進行聯姻。起初莽古思和努爾哈赤的關係並不好，莽古思曾和弟弟明安、叔伯兄弟翁果岱，海西女真的葉赫等部落組成“九部聯軍”，合攻努爾哈赤，但沒能成功。
後來，隨着建州女真的日益強盛，再加上努爾哈赤一直向莽古思示好，莽古思終於答應與其結盟修好。就這樣，莽古思將自己十六歲的女兒哲哲嫁到女真，成為四貝勒皇太極的福晉。
萬曆四十二年（1614年），哲哲出嫁那天，努爾哈赤讓皇太極親自出城迎接。皇太極一行人，北行三百餘里，到達奇山城。皇太極在這裏殺牛宰羊，舉行了隆重的迎親儀式和結婚儀式。婚後，二人相處得很好，唯一的遺憾是哲哲未能給皇太極生下一子。
天命十一年（1626年），努爾哈赤去世，經過激烈鬥爭，皇太極成為後金大汗，哲哲也成為他的正宮福晉。此後，經過皇太極十年的努力，後金強大數倍，在崇德元年（1636年）稱帝，定國號為“大清”，改女真為滿洲。皇太極稱帝后，效仿明朝制度欽定后妃名號，封哲哲為皇后，賜其冊文、金印。哲哲也由此成為大清第一位皇后。
由於自己沒能為皇太極生下一子（生了三個女兒），科爾沁部又先後將她的兩位侄女（布木布泰、海蘭珠）嫁給皇太極。面對姑侄三人同侍一夫的場景，哲哲用自己的大度化解了一切，和自己的兩個侄女相處的很好。
那會的皇太極獨寵海蘭珠，哲哲受盡冷落，但在他心中哲哲始終是正妻的位置。或許是出於愧疚，皇太極對她的家人十分照顧。
崇德二年（1637年），哲哲母親科爾沁大妃來朝，皇太極舉行了隆重的宴會招待她，對科爾沁家族進行了封贈，封哲哲母親為和碩福妃，追封哲哲已故的父親莽古思為和碩福親王。
哲哲當皇后期間，也是盡心盡力。當時，滿蒙聯姻較為頻繁，蒙古各地納貢朝賀、訂立盟約、送女出嫁、迎娶公主，哲哲率領眾后妃迎來送往，所有環節都誠意滿滿，讓遠道兒來的人們盡興而歸。正是因為哲哲的事無鉅細，皇太極即使再寵海蘭珠，也還是讓哲哲穩居後位。
由於哲哲的後位穩固，她的家族也備受禮遇，她的母親科爾沁太妃多次來朝，皇太極都用盛大的禮節迎送，還賜大量金銀珠寶，讓其每次都是滿載而歸。
崇德八年（1643年），皇太極因海蘭珠的去世太過傷心，走完了自己南征北戰的一生。她的侄女布木布泰（孝莊）想立自己的兒子福臨為帝。孝莊利用哲哲的仁厚，説服皇長子豪格放棄皇位，並取得了大貝勒代善的支持。
同年，福臨即位，改年號為順治，哲哲和孝莊都被尊為皇太后。明朝滅亡後，清廷將都城遷往北京，哲哲也跟隨順治到了北京。
順治六年（1649年），哲哲病逝，時年五十一歲，順治為她舉行了隆重的葬禮。第二年，順治將她的梓棺運回盛京，與皇太極合葬在昭陵。
哲哲的一生雖然短暫，與皇太極的愛情也是稍縱即逝，但她始終平淡如水，贏得了皇太極的尊重、家族的榮耀。在她死後多年，雍正和乾隆被她的故事打動，在她的諡號後面分別加了“哲順”和“慈僖”。