商鞅是秦孝公的兒子秦惠王殺的。不過説起來，其實是秦孝公策劃了商鞅之死。為什麼這麼説呢？
秦孝公在去世之前，曾想傳位於商鞅。這件事在《戰國策》中有記載：“孝公行之八年，疾且不起，欲傳商君，辭不受。”
秦孝公這個做法是非常反常的。我們知道，由於親緣的先天原因，每個帝王都只想傳位給自己的兒子，連傳位給自己的兄弟都不太願意，更別説傳位給旁人了。就算在堯舜禪讓時期，從堯舜的本心來講，他們也是想傳位給自己兒子的。只不過當時的生產力水平極為低下，必須賢能的人主持政局，才能讓部落存活下來，所以才會有禪讓。一旦生產力水平得到了提到，比如禹啓時代，禪讓制就無法推行了。
歷史上也出現過帝王主動想把皇位（王位）讓位大臣的想法，但這些帝王，大都是昏君，而且都不成功。比如戰國時期，燕王噲就曾把國君之位讓給宰相子之。但是當時燕王噲年老昏庸，只想玩樂，不理朝政，才在其他人的蠱惑下幹了這件蠢事。最後還造成了他的兒子太子平造反，引發了一場戰爭，嚴重削弱了燕國的實力。
漢哀帝也想把皇位傳給他的男寵董賢，漢哀帝也是明顯的昏君。
秦孝公不是昏君，就算他違揹人的天性，大公無私，把國君之位傳給商鞅，他也明白，這樣做，將會造成怎樣嚴重的後果。
再説了，秦孝公也沒有道理把國君之位傳給商鞅。一者，秦孝公不相信堯舜禪讓之道。講堯舜禪讓之道的，是儒家學派。秦孝公重用法家的商鞅，追求霸業，就是他不喜歡儒家學派的表現。二者，秦國當時並不需要一個挽救危難於即倒的人物。秦國變法以後，十分強大，根本不需要這樣的強勢人物出現，也缺乏堯舜禪讓時期那樣嚴酷的環境。三者，太子秦惠王並非昏君，其實是個很有能力的人。根本不用讓別人來主持政局。
所以説，如果《戰國策》的記載沒有錯的話，秦孝公的做法是很讓人費解的。
唯一的可能，就是秦孝公在策劃商鞅之死。為什麼這麼説呢？
第一，商鞅變法後，已經在國內建立了巨大的威信，秦孝公擔心自己去世後，商鞅會利用這個威信做大。商鞅制定了嚴酷的法律，並嚴格執行法令，依靠法令的高壓，不但讓全秦國的老百姓都怕他，連王公貴族都怕他。包括太子，他也曾用法在他身上。可以説，這樣一個人，在秦孝公去世後，他要做大，是很容易的。因此，秦孝公在去世前，才主動讓位給商鞅。當然了，商鞅是肯定不敢接受的。商鞅不接受，這就相當於給商鞅套了一個緊箍咒，意思是，我已經傳過位給你，你卻不要，那以後你就別想要奪位了。
秦孝公的這個做法，和後世劉備對諸葛説“君才十倍曹丕，必能安國，終定大事。若嗣子可輔，輔之；如其不才，君可自取”這個話，其用意是完全一樣的。
第二，秦孝公想把商鞅和秦惠王的矛盾激化。
商鞅曾經因為嚴格執法，得罪了當時還是太子的秦惠王，可以説，商鞅和秦惠王已經有了矛盾。現在秦孝公再提出把國君之位傳給商鞅，這樣，將讓秦惠王和商鞅的矛盾變得更大，更不好調和。秦惠王上台後，一定就會首先收拾商鞅。
第三，秦孝公想把改革產生的怨氣全部推給商鞅。
我們知道，任何一個改革，既有紅利，同時也會產生矛盾，產生很多怨氣。商鞅變法，讓秦國富裕、強盛起來。但是，也因此造成了很大的怨氣，尤其是讓自己的利益被割讓的王公貴族很不滿。這個怨氣，必須要找一個人來當替罪羊，全推到他身上。對於秦孝公來説，他自然不願意把怨氣堆在自己兒子頭上，因此就只能堆在商鞅頭上。
因此，秦孝公提出把國君之位傳給商鞅，這就是一個把矛盾堆積在他頭上的表現。
可惜商鞅並不是一個明白人，又太貪戀富貴。以至於秦惠王上台以後，立即拿他開刀。可能商鞅被車裂的時候還在想，要是秦孝公活着，他斷不至於如此。沒想到，他的那一天，其實是秦孝公早就策劃好的。
（參考資料：《戰國策》《史記》）