建文帝的心慈手軟最終葬送了自己的江山，燕王反後，建文帝仍念及叔侄之情，不願背上殺叔的罪名，曾囑咐手下大將萬不可傷害燕王，結果這道詔命幾次救燕王於危難之中，燕王打進南京城後，建文皇帝倉皇逃亡，從此下落不明，朱棣登基之後，為了儘快找到建文帝，曾多次派人暗中打聽，據説當年他派鄭和下西洋其中一個主要目的就是為了找到建文帝，了卻自己這塊心病，關於建文帝的下落歷史上有很多種傳説，按朱棣篡改正史的説法是建文皇帝死於宮中大火：
“宮中火起，帝不知所終。燕王遣中使出帝后屍於火中，越八日壬申葬之。”。《明史·恭閔帝本紀》
“上望見宮中煙起，急遣中使往救，至已不及，中使出其屍於火中，還白上，上哭曰，果然，若是痴呆耶！”（《太宗實錄》）
“棣遣中使出後屍於火，詭雲帝屍，越八日壬申，用學士王景言，備禮葬之。”（《補本》）
“上入宮，忽火發，皇后馬氏暴崩，程濟奉上變僧服遁去。燕王遂入宮……因指燼中後骨以為上！”。（《明史紀事本末·建文遜國》）
然而這種説法並不可信，因為在民間還有很多建文帝曾經留下的遺蹟，而當年的朱棣為了及早登基只能宣佈建文帝已死，來使自己登基順理成章，那麼朱允炆到底去哪裏了呢？最終又在哪裏去世的呢？被燕王朱棣趕下皇位的朱允炆真的甘心平淡過完此生嗎？真的像後世傳聞那樣削髮為僧從此不問世事了嗎？清代的著名學者趙翼就曾經提出：建文帝出亡之後浪跡西南。而在前幾年考古學家在安順崖壁上發現了一塊高大的紅崖天書，這塊紅崖天書高6米，長10米，是用鐵紅色顏料寫成的文字。
數百年來據説無人能夠看懂這塊天書上所寫的內容，因為天書上的字十分奇怪，彷彿是用了多種書法混合而成的筆跡，然而在前幾年經過專家們的苦心研究終於破解了紅崖天書的內容，這塊天書大約寫於公元1406年，也就是建文皇帝出逃的第四年，其中內容就是建文皇帝寫的《伐燕詔檄》，
全文直譯為：“燕反之心，迫朕遜國。叛逆殘忍。金川門破。殺戮屍橫，罄竹難書，大明日月無光，成囚殺之地。須降伏燕魔，作階下囚。丙戌（1406年）。甲天下之鳳凰（御製）。”
朱棣篡位之後，對宮內勢力進行了大清洗，連建文皇帝身邊的宮女也不放過大加殘殺，建文帝的忠臣方孝孺、黃子澄等人的家眷也慘遭蹂躪，
“齊泰姊及外甥媳婦，又黃子澄妹四個婦人，每一日一夜，二十餘條漢子看守着蹂躪……奏請聖旨，奉欽依：“由他！”
可見朱棣剛剛登基時對方孝孺和黃子澄恨到了何種程度，而建文帝聽聞此事也不禁怒火中燒，在萬分憤怒之下才在安順的崖壁上寫下了這樣一段《伐燕詔檄》，後來在《中國名勝詞典》上記載：建文帝1403年到雲南避難，並在獅子山附近的寺廟中削髮為僧。
在寺內大殿的柱子上還留有當年建文帝留下的一副對聯 ：“僧為帝，帝亦為僧，數十載衣缽相傳，正覺依然皇覺舊；叔負侄，侄不負叔，八千里芒鞋徒步，獅山更比燕山高。”這副對聯道盡自己祖孫三代的辛酸往事，也證明建文帝當時並非像後人所説的那樣安心念佛，只是迫不得已以出家為掩護，來從事反燕鬥爭，後來復國無望，或與朱棣派來的使者達成了協議才放棄了奪回帝位的想法，如今600多年已經過去了，建文帝和朱棣早已化為了兩具枯骨，究竟誰是誰非只能留給後人去評論了！
參考文獻：《明實錄》《明史·恭閔帝本紀》 《中國名勝詞典》