雲南的沐王府實際上根本沒有自己專門的私家軍班底。或者説原先有部分很少的親兵，但在明朝幾百年的刻意打壓後，在明末已經不復存在。所以，沐王在清軍入關的時代，只能依靠明朝的雲南駐軍和土司兵作戰。
由於雲南位於傳統帝國邊界的西南極遠處，明朝對於雲南的統治在一開始就是比較鬆散的。甚至在朱元璋奪取天下的早期，根本不準備直接派兵進入雲南。但因為雲南本地還有堅持抵抗明朝的元朝梁王勢力，逼的朱元璋派出藍玉和沐英這樣的大將進軍。依靠集中打擊那些元朝的支持者，才初步獲得了雲南的統治權。
當然，由於元朝的寬鬆政治制度，雲南在明朝進入前就不是一個統一的行政單位。除了梁王勢力外，還有之前大理國的段氏王族後裔，繼續保留了領地和很大權勢。在他們之下，又有眾多地方上的土司。有的甚至也很有勢力。
所以，明朝一方面學習了元朝對雲南的統治模式，一方面又加以改進。作為入滇大將的沐英被冊封為世代鎮守西南的異姓王爺。他也就成為了明朝打掉梁王勢力和段氏殘餘之後的本地封建聯盟首領。但這個所謂的首領，是直接聽命於明朝中央的。他的私家班底非常有限，所需要的部隊也以明軍在西南部署的衞所為主。在需要的時候，還可以從四川和貴州兩地調兵。
於是，雲南的沐王府就發展成為一個四不像的東西。表面上是地方土司之間的首領，在實際上卻是明朝安插在當地的一個權力楔子。他們的主要職責是打壓和限制地方土司領的發展。同時，為了防止沐王府實力太過擴大，其仰仗的兵力和維持系統都來自中央分散在地方的權力機構。這就註定了沐王府勢力存在很大的脆弱性。
朱棣篡位後，一方面加強對全國的控制，一方面也着手削弱地方藩王的實際力量。雲南的沐王府也成為了針對目標，需要忍受大量來自朝廷的太監監視和限制。由於沐王府的力量源泉是自上而下，所以對這樣的安排是毫無抵抗力的。沐王府的後代們，除了王位繼承人外，也經常以士人的身份做官或帶兵。但他們的職務和地位許可，都源自中央而不是自己的王府。
隨着明朝統治機器的早衰，沐王府的實力也就隨之迅速下降。在明英宗時代的麓川戰爭中，沐王府表現的就好像一個配角。除了幫忙招募一些土司部隊外，沒有其他大的用處。相反，還有一位王爺在亂軍中戰死。戰後，明朝的太監權勢又進一步擴大。沐王府本來就地位尷尬，現在也不得不屈從於宦官之下。
到了清軍入關的年代，沐王府已經完成淪為了一個擺設性機構。從明朝的腐敗墮落體系內，王府不再能獲得應該有的支持。在離心離德的土司當中，王府也不再有威懾力和號召力。其掌握的軍事實力，無論是實際上的還是理論上的，連保護雲南本境都難。
隨着永曆皇帝也逃到昆明，沐王府則在當地失去了也名義上的最高位置。隨之而來的還有眾多外省人的朝官和歸降的農民軍殘部。前者握有筆桿子，後者掌握槍桿子，沐王府則卻連土司都調動不了。最後，隨着末代王爺沐天波的被殺，整個沐王府也就徹底中斷了。