黑番茄着重含有大量的花青素，能在人體內產生強烈的生物學效應 特抗癌。相比普通番茄，多了花青素，其他的營養成分跟普通番茄沒有實質差別。平時多食用一些還能預防血管老化，加快血液流動，對動脈硬化和中風也有一定的預防作用。
黑番茄中含磷、鉀、鈣、鎂、鋅、鐵和硒等礦質元素，其中磷、鐵含量較高，磷含量更超出普通番茄 8 倍以上。黑番茄含有豐富的微量元素鐵和鋅，還有一些微量元素硒，能有效提高記憶力，也能促進人類智力發育，經常食用可以讓人們的變得越來越聰明。
黑番茄含有多種植物化學物如黃酮類化合物、多糖、花青素、番茄紅素等。黑番茄中含有大量的花青素和較多的茄紅素，而茄紅素對於抗癌、抗氧化、提高免疫力等有一定作用，植物固醇則能降低血清膽固醇。黑番茄中含有豐富的膳食纖維，膳食纖維具有很強的持水性，它吸水後使腸內容物體積增大，大便變鬆變軟，通過腸道時會更順暢更省力，加快大便排泄，排除體內的毒素。女性不想老太快，可常吃黑番茄，排出毒素，燃燒脂肪，延緩皺紋生長。