但高興了沒多久的李世民，很快就遇到了件麻煩事，如何處置王世充手下頭號名將單雄信。
對於王世充和竇建德，李世民根本不必過於操心，更不敢過分介入。畢竟，王世充和竇建德，都是老大級別的人物，自然要對接唐朝的老大李淵。李世民若過深介入，純屬糊塗，授人以口實。
但單雄信卻不同，是當年威震天下的第一勢力，瓦崗軍的首領之一，號稱飛將。後來瓦崗軍失敗，老大李密投降唐朝。其手下名將，單雄信、秦瓊、程咬金，就都投奔了王世充。其中，單雄信最被王世充看中，被封為了大將軍。
而且就在一年前，單雄信單槍匹馬，直撲李世民而來。眼看李世民就要死於單雄信馬下時，單雄信的好兄弟李勣瘋狂趕來，用兄弟情義感化單雄信，這才使得單雄信退走，放過了李世民。
如今救過李世民的李勣，為了救單雄信，再一次東奔西走，上書給李淵替單雄信求情，天天來找李世民。秦瓊等人的態度，雖未見於史書中，但想必當時，也會為單雄信説好話。
畢竟，誰都明白，李世民一直求賢若渴，如單雄信這等人才，正是求之不得。可哪料，李世民卻跟李淵是一個態度，堅決殺掉了單雄信！
莫非是李世民記仇？根本不是。李世民之所以非要殺掉單雄信，是由於這兩個方面的原因導致的。
其一、單雄信的人品
單雄信雖將才難得，又威震江湖。可惜其人品卻有問題，歷來被鄙視。須知，最初的瓦崗山，是由三大原始股組成，分別是：翟讓、單雄信和李勣（徐茂公），這三人關係非常密切。後來隨着李密上山，翟讓認識到自己能力不夠後，讓位給了李密。
哪料，李密卻依然擔心翟讓影響太大，所以密謀殺掉了翟讓。當時在場的，自然還有單雄信和李勣。李密的意思相當清楚，不服我，連你們也殺掉。結果單雄信當場就跪了，表示臣服李密。
後來李密失敗後，單雄信又毫不猶豫地轉投王世充。所以單雄信如此“有奶就是娘”的做派，豈能讓李世民放心？
須知單雄信投降，不比秦瓊等人，因為他一直是首領級別的，地位從來都是高過秦瓊和程咬金等人。這就又引出了第二大原因。
其二、瓦崗山勢力和關隴集團勢力的隔膜
瓦崗軍，在隋末唐初之時，曾威震江湖。連李淵當時都要軟下身段，寫信給李密表示：你的瓦崗勢力才是老大，我老了，不行了。而真正能代表瓦崗勢力的只有三個人，一個是李密，一個是單雄信，這兩人死後就是李勣！
單雄信包括李勣，是代表着瓦崗軍的軍力。因為他是瓦崗大將軍（五虎大將之首），李勣雖也是大將軍，卻排在他之後。
再看李世民，他屬於關隴集團勢力，對瓦崗勢力一直存有戒心的。因為除了殺單雄信外，李世民對另一瓦崗勢力的首領李勣，直到臨死前還在試探。
他把李勣外放，並對兒子李治説：“若李勣有所不滿，那就殺了他。若他聽話，我死後你就把他召回來，如此就算對他有恩，可以駕馭他了”。
其三、總結
通過上面這兩個原因就可以推測出，若李世民留下單雄信，就等於留下一個不知何時就要炸響的雷。
首先，留下單雄信，就必須要給予重任和很高的地位。如此一來，尉遲恭等跟着李世民出生入死的人會服氣嗎？
其次，留下單雄信，讓秦瓊、程咬金等這些，已經心悦誠服跟着李世民混的前瓦崗人，如何想？地位在秦瓊等人之上？秦瓊、程咬金會不服氣？若在其下，單雄信能答應？
其三，單雄信和李勣關係太密切，一旦留下單雄信，萬一哪天這兩人若聯了手，再反了大唐，那後果可就不堪設想了。
這其實，就是李世民非殺單雄信的真正原因。且從事後看，李世民殺單雄信真是太精明瞭。
因為就在5年後，即公元626年，李世民發動了玄武門之變。從整個過程來看，果然瓦崗勢力沒有跟李世民一條心，因為李勣就選擇了袖手旁觀！
倘若當時單雄信活着，以單雄信有奶就是孃的人品，一準會被太子李建成策反，而拉攏過去。倘若一旦出現了這種情況，本就驚險萬分的玄武門之變，就極有可能以李世民的失敗而告終了。