殺菌劑之間能否混用及殺菌劑與其他藥劑能否混用取決於藥劑作用機理、內吸傳導性、防治對象的互補性，藥劑混合後有無拮抗作用，混劑儲存過程中及配製的藥液理化性能是否穩定，對非靶標生物是否安全等。
配製一種殺菌劑的藥液後加入另一種殺菌劑或其他農藥（殺蟲劑、植物生長調節劑）或肥料，如果出現絮狀沉澱或出現變色、分層、鼓氣泡等現象，説明殺菌劑不能與這些農藥或肥料混用。混劑或混用通常有以下三種方式：
1、保護性與內吸性殺菌劑混合使用。例如，精甲霜靈 代森錳鋅、霜脲氰 代森錳鋅、烯酰嗎啉 代森錳鋅、噁唑菌酮 代森錳鋅提供內外雙重保護，即廣譜性的保護性殺菌劑代森錳鋅在植物表面殺死分生孢子（或遊動孢子）減少病菌侵入植物組織，從而起到預防發病作用，而精甲霜靈、霜脲氰、烯酰嗎啉、噁唑菌酮可被植物組織吸收，抑制已侵入植物組織的病菌萌發的分生孢子（或休止孢）芽管伸長或附着孢生長、菌絲生長，從而起到治療作用。這種模式的混用往往有增效作用，同時擴大殺菌譜，這也是應用最多的混用方式。
2、不同作用機理或作用方式的殺菌劑混合使用。如吡唑醚菌酯、嘧菌酯等QoI類殺菌劑為呼吸作用抑制劑，對孢子萌發具有較強抑制作用，與苯醚甲環唑、咯菌腈、啶菌惡唑等菌絲生長抑制劑混用也可起到增效作用。
3、相同作用機理的藥劑混合使用。例如苯醚甲環唑和丙環唑均為病原真菌甾醇生物合成抑制劑，苯醚甲環唑 丙環唑製成的混劑30%愛苗懸浮劑是利用丙環唑和苯醚甲環唑在速效性上的互補性而配製的；多菌靈和乙黴威均為病原真菌有絲分裂抑制劑，影響有絲分裂所必需的紡錘絲中微管蛋白的合成，多菌靈 乙黴威配製成的50%萬黴靈可濕性粉劑是利用多菌靈與乙黴威之間存在着負交互抗性關係而配製的。相對以上兩種情況，這類混劑的使用比較少見。
需要使用混劑或混用的幾種情況
1、殺蟲劑與殺菌劑現混現用。有時在一個作物上同時發生一種以上病害，需要噴施兩種不同的殺菌劑，有時還會病蟲併發，需要噴施殺菌劑、殺蟲劑，為節省噴藥次數，將兩種殺菌劑或將殺菌劑與殺蟲劑混合使用也未嘗不可。例如，在保護地栽培的黃瓜上常常同時發生粉蝨或蚜蟲和霜黴病、灰黴病等，通常將防治粉蝨或蚜蟲的藥劑（吡蟲啉）與防治霜黴病的藥劑（精甲霜靈·代森錳鋅）或防治灰黴病的藥劑（異菌脲、煙酰胺、咯菌腈等）混用。在保護地栽培的作物上也會同時發生粉蝨和葉黴病、灰黴病、晚疫病等，可將殺蟲劑與殺菌劑現混現用。
2、殺菌劑與植物生長促進劑混用。為了達到防病的目的或增強植株抗病性，促進植物生長或培育壯苗，也可將殺菌劑與植物生長促進劑混用。例如菜農普遍將生長素2，4-D與防治灰黴病的殺菌劑（咯菌腈、嘧黴胺等）混合後塗抹番茄花蕾（或稱蘸花）。
3、殺菌劑與植物生長調節劑或微肥的混施。含有植物生長或發育所必需的多種微量元素、植物生長調節劑的葉面肥與殺菌劑也可混用，但要注意殺菌劑與生長調節劑之間的相互影響，最好預先經過仔細的試驗比較，確證沒有副作用再混合使用。
4、有機硅等許多表面活性劑與殺菌劑現混現用。為改善藥液在作物表面的濕潤性、增加藥劑的滲透性而提高效果，可採用桶混助劑，一般的加用量為0.05%-0.10%。有機硅表面活性劑使用時的加入量約為0.03%，由於在水中易於降解，只能現混現用。
不能混用的幾種情況一般不能將相同類型的殺菌劑混用，例如，惡霜·錳鋅與精甲霜靈·代森錳鋅，甲霜靈·代森錳鋅與金雷，嘧菌酯與醚菌酯、吡唑醚菌酯、吡唑醚菌酯·代森聯，氟吡菌胺·霜黴威與霜黴威，苯醚甲環唑與腈菌唑、四氟醚唑、乙嘧酚，烯酰嗎啉·代森錳鋅與烯酰嗎啉、氟嗎啉，異菌脲與乙烯菌核利、腐黴利，多菌靈與甲基硫菌靈（甲基託布津）。含代森錳鋅的混劑不能再與代森錳鋅混用，銅製劑一般不能與鹼性農藥混用，與福美類和代森類殺菌劑混用有拮抗作用。
混用製劑研究重點
近年來隨着保護地種植面積的不斷擴大，温、濕度條件極適宜病菌的滋生和蔓延，引起病害在寄主植物上不斷侵染而造成周年發病，導致農業生產遭受嚴重損失。從目前田間發病情況來看，卵菌綱病害(霜黴病、疫病)、灰黴病及白粉病已成為危害農業生產的最嚴重的病害，因此，研製和開發防治這三種病害的殺菌劑混劑應是今後殺菌劑混劑開發的重點。
1、防治卵菌病害的殺菌劑混劑
目前市場上防治卵菌病害的藥劑主要有甲霜靈、甲霜錳鋅、代森錳鋅、百菌清、殺毒礬、可殺得、乙磷鋁、普力克、克露等，防治藥劑種類雖然很多，但這類病害的特點是極易對某一單一藥劑產生抗藥性，因此，常年使用的一些老品種已基本上失去了生命力，今後應重點開發丙烯酰胺類化合物(烯酰嗎啉、氟嗎啉)、惡(咪)唑類化合物(惡唑菌酮、Cyamidazosulfamid、咪唑菌酮)、氨基酸類衍生物Iprovalicarb、酰胺類化合物(Zoxamide、Ethaboxam、Flumetorver)、甲氧基丙烯酸酯類化合物(嘧菌酯、苯氧菌酯、Trifloxystrobin、苯氧菌胺、SYP-Z071)與多位點保護性殺菌劑(代森錳鋅、福美雙、百菌清、銅製劑)的混劑，緩解內吸性殺菌劑的抗性問題，延長藥劑的使用壽命。
2、防治灰黴病的殺菌劑混劑
近年來隨着保護地種植面積的不斷擴大，灰黴病已從次要病害上升為當今作物中最重要的病害之一。由於灰葡萄孢屬真菌產孢量大，繁殖速度快，發病週期短，因此極易對單一藥劑產生抗藥性。1980年代以前開發的用於防治灰黴病的殺菌劑(苯並咪唑類、硫代氨基甲酸酯類、二甲酰亞胺類、三嗪胺類)，由於多年連續使用，都已產生了比較嚴重的抗藥性。
1980年代以後特別是1990年代開發的殺菌劑，氨基甲酸酯類(乙黴威)，三唑類(環庚唑、環菌唑)，吡咯類(拌種咯、氟咯菌腈)，嘧啶胺類(嘧菌胺、甲基嘧菌胺、環丙嘧菌胺)，吡啶胺類(氟啶胺、環啶酰胺、PEIP)，甲氧基丙烯酸酯類化合物(SSF-126、SYP-Z071)，環已酰胺類化合物Fenhexamid，吲哚羧酸酯OK-9601，天然產物Zopfiellin，都是對灰黴病非常有效的藥劑，在這些藥劑尚未產生抗藥性之前選擇與多位點保護性殺菌劑(代森錳鋅、福美雙、百菌清、銅製劑)製成混劑，無論是對殺菌劑品種的保護，還是對殺菌劑的抗性治理都有積極的意義。
3、防治白粉病的殺菌劑混劑
白粉病是麥類和蔬菜病害中最重要的病害之一，由於白粉病菌繁殖率高，生活週期短且一個季節可繁殖多代，因此其病菌羣體數量驚人，再加上產生的粉孢子可藉助空氣大範圍傳播，並可多次重複侵染寄主植物，一旦條件適宜，很容易引起白粉病的發生流行。在白粉病的防治上，一直以來基本上都依賴三唑類殺菌劑粉鏽寧，由於多年來連續單一使用該藥劑。
在我國大部分地區都已發現了三唑酮抗性菌株，不過抗性基本上還處於發生初期，因此儘快研製開發三唑類殺菌劑混劑已是當務之急，將三唑類殺菌劑與多位點保護性殺菌劑(硫磺、代森錳鋅、福美雙)混配，可有效地延緩抗藥性的發展。另外，1990年代中期剛推出的兩類殺菌劑(甲氧基丙烯酸酯類、苯氧基喹啉類)是防治白粉病的高效藥劑，因此我們在引進或開發這類新藥的同時應抓緊其與多位點保護性殺菌劑的混劑的開發，以延續抗性的發展，延長藥劑的使用壽命。
殺菌劑幾種常用桶混組合
1、黃瓜霜黴病、白粉病、灰黴病發生較重時：68.75%氟吡菌胺·霜黴威懸浮劑 10%苯醚甲環唑水分散粒劑 50%咯菌腈可濕性粉劑或50%煙酰胺（啶酰菌胺）水分散粒劑 嘉美金點；
2、番茄晚疫病、灰黴病、葉黴病、早疫病發生較重時：68%精甲霜靈·代森錳鋅水分散粒劑 32.5%嘧菌酯·苯醚甲環唑懸浮劑或世高 卉友或煙酰胺 嘉美金點；
3、番茄灰黴病、黃瓜灰黴病、草莓灰黴病、辣椒灰黴病發生較重時：50%煙酰胺水分散粒劑 25%吡唑醚菌酯乳油 嘉美金點；
4、防治白粉病、灰黴病、霜黴病、晚疫病：56%嘧菌酯·百菌清懸浮劑、32.5%嘧菌酯·苯醚甲環唑懸浮劑、嘧菌酯 苯醚甲環唑 百菌清、苯醚甲環唑 百菌清 嘉美金點；
5、抗病毒和增加作物抗病性：抗病毒藥劑 嘉美金點。
桶混液中施用濃度1、為了同時防治兩種以上的病害或病蟲兼治，桶混的兩種成分均應全量施用。例如，日光温室中同時發生霜黴病和灰黴病，按照推薦濃度，可將68.75%氟吡菌胺·霜黴威懸浮劑600倍液和25%煙酰胺水分散粒劑1500倍液和嘉美金點1000倍液現混現用。
2、為了防治一種病害而將兩種殺菌劑混用時，內吸劑使用濃度可比推薦濃度低，保護劑按推薦濃度，以延緩靶標菌對內吸劑抗性的發生。例如，以80%代森錳鋅可濕性粉劑與25%嘧菌酯懸浮劑和嘉美金點混用，三種藥劑的稀釋濃度可分別為500倍、2000倍（25%嘧菌酯推薦濃度為1500倍）、嘉美金點1000倍。