萬曆作為皇帝是奇葩，為廢長立幼的事，和文官集團鬥了一輩子，甚至後來不理朝政達數十年之久。後來發生的明朝三大奇案，也與此不無關係。所以，後人認為，明朝實際滅亡在萬曆手中，透過歷史的霧霾，我認為，這話是有一定道理的。萬曆夢寐以求地要立福王為太子，遭到了生身母親李太后的強烈反對。而萬曆能當皇帝，與李太后的堅決支持慼慼相關。有一次萬曆理屈詞窮時，口不擇言：“長子出身卑賤乃宮女所生”，李太后寸言不讓，立即還擊：“你也是宮女生的，我也出身卑賤“。
再就是皇長子繼承帝位是朱元璋定下的規定。萬曆就是這個規定的受益者。所謂的“嫡庶之別”“長幼之分”在歷朝歷代都是大事。萬曆在這件事情上確是有些很為難。再有一個可能就是萬曆原本就不想立福王立太子，如果萬曆真想立福王。只要萬曆以皇后無出的名義廢掉皇后。立鄭貴妃為皇后，立福王也不是一件難事，這應該是萬曆以此打壓文官集團的一種的手段，只不過到後來有些玩過了弄崩了。爭國本”事件持續長達15年，在此期間，無數大臣被貶斥。到最後已經不是太子爭，而是“權力”的爭奪。
保皇派的觀點是，萬曆皇帝立誰為太子，是萬曆皇帝的家事,由皇帝個人做主即可，文武百官並不具備參與權利，立長派的大臣卻認為，太子是國家的未來和前途，廢長立幼有為封建禮法，稍有不慎，可能動搖國之根本，則導致天下大亂，一開始的萬曆皇帝對這些，跟自己唱反調的立長派非常反感，但是久而久之萬曆皇帝也實在是疲於應付，在這之中，顧憲成成為了立長派的領軍人物，，顧憲成是出了名的清正嚴明，從不趨炎附勢，溜鬚拍馬，絕對稱得上是清流中的清流，不過對於這種認死理的大臣萬曆皇帝也感到非常的無奈，本來前途一片大好的顧憲成也因為繼承人之爭被免職勸退回了老家。
萬曆皇帝28年不上朝的原因，其中一個就是文武百官們不允許他立自己喜歡的女人鄭貴妃之子為太子。